پس از آن علي محمد در حالي كه به خودش دشنام مي‌داد، توبه و اظهار پشيماني كرد.
نبيل زرندي از مهم‌ترين مورخان بهايي مي‌نويسد كه روز جمعه علي محمد شيرازي بر فرار منبر رفت و چنين گفت:
لعنت خدا بر كسي كه مرا وكيل امام غايب بداند.
لعنت خدا بر كسي كه بگويد من منكر وحدانيت خدا هستم.
لعنت خدا بر كسي كه مرا باب امام بداند.
لعنت خدا بر كسي كه مرا منكر نبوت حضرت رسول بداند.
لعنت خدا بر كسي كه مرا منكر انبياي الهي بداند.
لعنت خدا بر كسي كه مرا منكر امامت اميرالمؤمنين و ساير ائمه عليه‌السلام بداند.»
سپس حسين خان دستور داد تا صورتش را سياه كردند و به مسجدي كه شيخ ابوتراب به جماعت در آن نماز برگزار مي‌كرد، بردند تا دست و پاي او را بوسيده و توبه كند.
او در پاسخ به سؤال امام جمعه شيراز گفت:
من نه وكيل قائم موعودم و نه واسطه بين امام غايب و مردم هستم.
بعد از اين جريان، علي محمد مدتي در خانه خود در شيراز حبس بود.
حبس سيد علي محمد براي يارانش سخت و دشوار اما در عين حال فرصتي مغتنم بود تا مبلغانش بر حقانيت او به دليل زنداني شدن و رويارويي در مقابل حاكمان اصرار و مردم را به شورش جهت آزادي‌اش تشويق كنند.
طبيعي بود كه آوازه سيد علي محمد به ساير شهرها هم برسد. وقتي خبر در اصفهان شايع شد، معتمدالدوله منوچهرخان گرجي، والي اصفهان به دلايلي كه شرح آن خواهد آمد، او را نزد خود فرا خواند. در اين زمان بيماري وبا در فارس شايع شده بود و فرستادگان منوچهرخان بدون زحمت سيد علي محمد را به اصفهان بردند. معتمدالدوله او را با احترام پذيرفت و كمي بعد تصميم گرفت تا مجلسي با حضور وي، بزرگان و اعيان اصفهان برپا كند. در اين ميهماني تنها سه نفر از فضلاي اصفهان حضور پيدا كردند. امام جمعه و جماعت اصفهان ميرزا سيد محمد و آقا محمد مهدي پسر حاجي محمد ابراهيم كلباسي و ميرزامحمد حسن پسر ملا علي نوري.
تعبير غلطي است اگر سيد علي محمد را فردي بيسواد يا حتي بسيار كم سواد معرفي كنيم، همچنان كه نمي‌توان برايش هوشي سرشار را قائل شد; چرا كه او در مكتب‌خانه شاگرد موفقي نبود و بارها تنبيه شده بود. علي محمد به دليل رياضت‌ها و خواندن دعاهاي بسيار و مداوم، طبعي ساده، لطيف و تخيلاتي شاعرانه داشت و به همين جهت آمادگي بسياري را در او براي پذيرش افكار تازه قائل شده‌اند، تا جايي كه حتي گفته مي‌شود در فكر و خيالش خللي پيدا شده بود. از طرفي او در 20 سالگي و زماني كه به سوي كربلا عزيمت كرد، در درس افراد مختلف و به خصوص در 26 سالگي كه با محضر درس سيد كاظم رشتي آشنا شد، به قدر كفايت براي مجاب كردن مردم عامي آن روزگار از علم صرف و نحو و اصول فقه آموخته بود كه وقتي ادعاي مهدويت كرد، توانست قرآن به دست بگيرد و با تفسير موضوعات مختلف - اگرچه به غلط - مردم را موعظه كند; او عربي را غلط مي‌نوشت و نمي‌توانست قواعد را درست اجرا كند اما براي مردم آن روزگار كه از نعمت سواد بي‌بهره بودند، اين مسئله پوشيده بود. علي محمد طالب دانستن بود، پس انجيل‌هايي را كه به فارسي ترجمه شده بود خواند، با يهوديان شيراز براي كسب اطلاع تماس گرفت و در صدد شناختن مذهب زرتشت برآمد. براي اطلاع از كتاب‌هايي كه از روي حروف ابجد، علوم مخفي و فرضيه‌هاي فلسفي را حل مي‌كردند ـ اگر چه ناموفق ـ كوشش كرد. اما اين همه براي وي نه تنها سودي نداشت; بلكه باعث شد از راه شريعت خارج و دچار اوهام شود. در مقابل او با همه علم ناقص‌اش، سه دسته از علما وجود داشتند; يا صاحب دانش و علم و قدرت كافي بودند اما فرصت مباحثه با سيد علي محمد را پيدا نكردند يا خود از اين مباحثه امتناع كردند. دسته ديگر; جز وعظ و خطابه چيزي نمي‌دانستند و قدرت كمي در مباحثه داشتند و گروه سوم با وجود داشتن قدري معرفت، خود تحت تأثير جريان شيخيت بودند و حتي به همين دليل نيز تعدادي از آن‌ها به علي محمد پيوستند.
به عنوان مثال، يكي از كساني كه در مقابل علي محمد در جلسه معتمدالدوله منوچهرخان حاضر شد، محمد مهدي كلباسي بود. پدرش از نخستين افرادي بود كه شيخ احمد احسايي بنيانگذار شيخيه و به عبارتي نياي بابيت را تكريم و پس از وفات شيخ سه روز در اصفهان - در حالي كه شيخ از سوي برخي ديگر از علما تكفير شده بود - مجلس عزا برپا كرد.
در ميهماني كه معتمدالدوله براي علي محمد شيرازي برپا كرده بود، بحثي درگرفت و علي محمد شيرازي در پاسخ به يكي از سؤالات آقا محمد مهدي كلباسي در همان وهله نخست اين طوري مي‌گويد كه:
«تو متعلم نقل و كودك ابوجاد هستي و من داراي مقام فؤادم، تو حق نداري از آن چه نداني با من سخن گويي.»
سؤالاتي كه از آن پس در ميهماني حاكم به تبع اين پاسخ و سكوت محمد مهدي كلباسي پرسيده شد، خود گوياي وضعيت حاكم بر جلسه بود. اين اشتباه يا شايد كم‌آگاهي علما بود كه به جاي آن كه به مسئله دعوي امام زماني سيد علي محمد بپردازند، به سؤالاتي عجيب و حتي غير معقول براي امتحان مقام فؤاد بودن وي روي آوردند.
به عنوان مثال يكي از افراد حاضر در جلسه پس از پاسخ علي محمد شيرازي به محمد مهدي كلباسي از او پرسيد:
يكي از معجزات انبيأ و ائمه طي‌الارض است، بفرما كه زمين در آن وقت چگونه طي مي‌شود، مسافت بين دو نقطه به كجا مي‌رود؟ آيا زمين ميان اين دو شهر فرو مي‌رود و آن‌ها به هم متصل مي‌شوند؟ اگر گويي فاصله فرو مي رود، يا آن‌ها طيران مي‌كنند و با جسم بشري بر جستن مي‌كنند، اين نيز با براهين محكم نيست... همچنان در خبر است آسمان‌ها در زمان سلطان جابر، به سرعت سير مي‌كنند و در روزگار سلطنت ائمه هدي، كند سير مي‌كنند، اول بفرما كه چگونه براي آسمان دو گونه سير تواند بود؟ و ديگر آن كه سلاطين بني‌اميه و بني‌عباس سلاطين جابر بودند و با ائمه معاصر، پس در اين صورت لازم است آسمان ما در حالي كه سريع سير مي‌كند، كند هم سير نمايد در يك زمان و اين چگونه ممكن است؟
حاصل جلسه علما با ميرزا علي محمد چند سطر نوشته در زمان آوردن طعام به مجلس بود كه ميرزا حسن، نوشته‌هاي او را برداشت و نظاره كرد و گفت: «در آن خطبه‌اي عنوان كرده و حمد و ثنايي آورده و كلماتي چند مناجات نوشته و از آن چه ما جواب خواسته‌ايم چيزي ننوشته ...»
و به اين ترتيب پس از اين كه خوردن و نوشيدن تمام شد، هر كس به خانه‌اش رفت و مباحثه به پايان رسيد.
در هر حال آن چه از شواهد پيداست، سيد علي محمد نه پاسخ سؤالات جمع حاضر را داد و نه به وسيله مطالب علمي و كلامي ديگري آزمايش شد كه همين مسئله نشان مي‌دهد، سطح معلومات و تفكر برخي افراد معاصر و حاضر در زمان سيد علي محمد - همچنان كه محمد بن عبدالوهاب بنيانگذار وهابيت نيز چنين شانسي را داشت(۱) ـ حداكثر به اندازه دانستن افسانه‌هايي از بني اسرائيل بود! همين مسئله نيز به معتمدالدوله، حاكم اصفهان كه با علما مخالف بود و آن‌ها را سد راه قدرت مطلقه‌اش مي‌ديد، فرصت داد تا سيد علي محمد را تا وقتي زنده بود، در حمايت و امنيت قرار دهد.
اما چرا او كه در اصل گفته مي‌شود، گرجي و ارمني بود، نسبت به سيد علي محمد چنين ارادتي از خود نشان داد؟
ـــــــــــــــــــــــــــــــ
-۱ يكي از دلايل بقا و رشد وهابيت را در عربستان نيز نبود علماي دانا و با معلومات در درعيه و منطقه‌اي كه محمد بن عبدالوهاب در آن جا سكونت داشت، ذكر مي‌كنند. طرفداران وي غالباً از جمعيت اعراب باديه نشين و كم سوادي بودند كه زندگي‌شان به خرافات و جنگ آميخته بود. همين ويژگي را براي بابيت در ابتدا مي‌توان بيان كرد.