مصطفی طی تمام دوران زندگی خود در مسائل سیاسی که سرنوشت ملت و جامعه گره می‌خورد، فعال بود و وقتی به آمریکا رفت فردی نبود که تازه وارد سیاست شده باشد و پیش از رفتنش به آمریکا، تحلیل‌های سیاسی قوی را ارائه می‌کرد. مثلا درباره کودتای عبدالکریم قاسم در عراق و نیت آنها برای به وجود آوردن یک کشور عربی بزرگ، در سال‌های ۱۳۳۶ یا ۱۳۳۷ تحلیل‌های جامعی داشت.
در واقع او با تجربه‌های سیاسی فراوان به آمریکا رفت و بعد از دو سال، فعالیت‌های سیاسی و مبارزه علنی او علیه شاه باعث شد تا بورس تحصیلی و پولی که برای تحصیل وی می‌فرستادند را قطع کنند. در حقیقت به شهید مصطفی برای قطع فعالیت‌های سیاسی‌اش چندین اخطار داده شده بود، اما او توجهی نمی‌کرد، وقتی اخطار‌ها به مصطفی را بی‌تاثیر دیدند پدرمان به ساواک خوانده شد و از او خواستند تا او شهید مصطفی را برای قطع فعالیتش توجیه کند. در آن زمان پدرم به نیرو‌های ساواک گفت که هشدار‌های او هم برای شهید مصطفی کارساز نبوده و او همچنان کار‌های خود را پیش می‌برد. از این روی خانواده ما را تحت فشار گذاشتند و حتی نامه‌های ما به یکدیگر را می‌خواندند، لذا مجبور بودیم در نامه‌های رسمی موارد طبیعی و ساده را بیان کنیم و در نامه‌هایی با اسامی مستعار که با راه‌های گوناگون به هم می‌رساندیم، حوادث و اتفاقات را به یکدیگر اطلاع دهیم.
دکتر چمران علیرغم کسب مدارج علمی و مطرح شدن به‌عنوان دانشمندی برجسته، همچنان برای تامین زندگی خود کار می‌کرد، چرا که بعد از سه سال زندگی در آمریکا ازدواج کرد و صاحب فرزند شد و لازم بود ضمن مدیریت مسائل و فعالیت‌های سیاسی، به اداره خانواده هم بپردازد. البته دانشجویان برای این امور مبالغی را از بین خود جمع‌آوری می‌کردند، اما بیشتر مسئولیت تامین هزینه‌ها بر دوش دکتر چمران بود.
بعد از اخذ دکترا، شهید مصطفی در انجام کار‌های پژوهشی به جایگاهی رسیده بود که آمریکایی‌ها به جایگاهش حسرت می‌خوردند. شهید مصطفی با وجود آنکه بهترین درآمد و مزایا را بابت کارهایش دریافت می‌کرد، اما بیشتر آن مبالغ را به مخارج مسیر مبارزه اختصاص می‌داد. حتی دکتر دو کاروانی که معمولا پشت ماشین‌ها می‌بندند را همانند خانه تهیه کرد و به همراه همسر و چهار فرزندش در گوشه‌ای از خانه ویلایی پدر همسرش زندگی می‌کرد.
هنگامی که دکتر مجتهدی (رئیس‌دبیرستان البرز و اولین رئیس‌دانشگاه صنعتی آریامهر یا همان شریف کنونی) به منظور بهره‌گیری از استادان ایرانی مقیم خارج از کشور، آنها را به ایران دعوت می‌کرد یکی از افراد دعوت شده شهید مصطفی بود. اما وی آمدن به ایران و تدریس را قبول نکرد چراکه معتقد بود با شرایط سیاسی موجود در کشور و فعالیت‌هایش حتما به محض ورود به ایران، دستگیر و اعدام خواهد شد این مسئله در حالی بود که دکتر مجتهدی به او برای تامین حفظ جان و ادامه فعالیتش تضمین می‌داد، اما او عنوان می‌کرد که حتی دکتر مجتهدی هم نمی‌تواند درباره این موضوع تضمینی ارائه کند.
شهید مصطفی در جایگاهی بود که از لحاظ اقتصادی و شانیت، مقامی برتر داشت، اما از این شرایط برای داشتن یک زندگی مرفه استفاده نمی‌کرد و بیشتر به دنبال مسائل سیاسی و مکتبی خود بود تا اینکه پس از حدود ۱۴ سال مبارزه در آمریکا وقتی دید فعالیت‌هایی مثل اعتصاب غذا، تظاهرات مقابل کاخ سفید و... به جایی نمی‌رسد، با تاثیرپذیری از نبرد مسلحانه و پیروزی فیدل کاسترو در کوبا تصمیم گرفت با استفاده از جنگ و تشکیل گروه چریکی، حکومت ایران را سرنگون و حکومت مردمی را جایگزین کند. علاوه ‌بر این بعد از جنگ شش روزه اعراب و اسرائیل و شکست جمال عبدالناصر، تمام اسرائیلی‌ها در آمریکا مسلمانان را مسخره می‌کردند چراکه معتقد بودند در مدت چند روز توانسته‌اند تمام کشور‌های عربی را شکست دهند.
شهید مصطفی که نمی‌توانست این موضوع را تحمل کند تصمیم به خروج از آمریکا گرفت، او می‌گفت: «سرزمین بزرگ آمریکا برای تنفس من بسیار تنگ بود و نمی‌توانستم آن فضا را در کمال رفاه تحمل کنم، همچنین تمام تحقیقات و پژوهش‌های من در آمریکا به دست صهیونیست‌ها می‌افتد که از آن علیه مسلمانان استفاده می‌کنند.»
این مسئله نقطه عطفی بود که باعث تغییر زندگی شهید مصطفی شد و او به مبارزات مسلحانه روی آورد، البته می‌دانست که این مسئله یک علم است و به آموزش نیاز دارد.
 پس از شکل‌گیری انجمن اسلامی دانشجویان در اروپا، با شرکت در اجلاس الجزایر، ایده خود را درباره شکل‌دهی پایگاه آموزشی برای آموزش خود و سایر ایرانی‌ها با آیت‌الله طالقانی مطرح کرد. پس از مشورت آیت‌الله طالقانی با جمعی از جمله «بومدین» رئیس‌جمهور اسبق الجزایر تصمیم به ایجاد این پایگاه گرفت. جمال عبدالناصر از شهید مصطفی دعوت کرد که به مصر برود و در پایگاه آموزشی آنجا آموزش‌های لازم را طی کند. او به مصر رفت و در دوره‌های جنگ‌های معمولی، چریکی و ضدچریکی به صورت علمی و عملی شرکت کرد. در این دوره‌ها تعدادی از فلسطینیان و حتی تعداد محدودی از ایرانیان حاضر می‌شدند البته ایرانیان در مدت کوتاه و به صورت محرمانه در این دوره‌ها آموزش نظامی می‌دیدند. کار به قدری محرمانه بود که سازمان سیا و FBI و ساواک هم متوجه آن نشده بودند. شهید مصطفی بعد از فوت جمال عبدالناصر از مصر خارج شد و به اروپا رفت و در آنجا طی ملاقات امام موسی صدر به پیشنهاد ایشان با خانواده به لبنان رفت.
شهید مصطفی با جایگاه و مرتبه خود می‌توانست در بهترین دانشگاه آمریکایی بیروت یا عربی بیروت تدریس کند، اما او این کار را نکرد او همواره می‌گفت: «برای عشق به شهادت در راه قدس و فلسطین به لبنان می‌روم.»
از این روی با توصیه امام موسی صدر به شهر صور در جنوبی‌ترین شهر لبنان و محل زندگی شیعیان رفت و در آنجا مدیریت یک پلی تکنیک یا مدرسه صنعتی که شیعیان یتیم لبنانی درس می‌خواندند را به عهده گرفت، در واقع دکتر چمران با حضور در یکی از خطرناک‌ترین نقاط (مرز بین لبنان و اسرائیل) بین جمع محرومان شیعه قرار گرفته بود، البته کار او برای تربیت جوانان در پلی تکنیک بسیار هوشمندانه بود، او عاشق جوانان بود و همیشه برای کار‌های خود از آنها بهره می‌گرفت. شهید مصطفی با زندگی در شهر صور و مرز اسرائیل و لبنان هم می‌توانست مبارزات خود علیه اسرائیل را دنبال کند و هم می‌توانست ضمن آموزش به تربیت جوانان بپردازد. از آنجایی که شهید مصطفی می‌دانست مسائل فرهنگی و عقیدتی به زمان نیاز دارند، تربیت دینی، سیاسی و فنی جوانان را به جد دنبال می‌کرد.
او در تمام سرزمین‌های لبنان برای معلمان مدارس، سخنرانی مکتبی مذهبی و سیاسی می‌کرد و از بین آنها نیرو‌هایی را به منظور به وجود آوردن «حرکت المحرومین» جمع می‌کرد، این حرکت برای خدمت به محرومان بود و از یک کار اجتماعی شروع شد. برعکس کاری که متاسفانه ما هنوز در ایران یاد نگرفته‌ایم و نمی‌دانیم چه زمان باید کار‌های سیاسی‌مان را از خدمات اجتماعی شروع کنیم.
شهید مصطفی می‌گفت: «با حضور در لبنان قصد داشتم نیرو‌های ایرانی را برای یک نبرد مسلحانه و چریکی علیه حکومت ظالمانه ایران تربیت کنم که محو مشکلات مردمان آنجا شدم.» البته این مسئله باعث نشد که از تربیت نیرو‌های ایرانی غافل بماند.
۲۲ بهمن ماه هنگامی که انقلاب اسلامی در شرف پیروزی بود نزدیک ۴۰۰ نفر از نیرو‌های شهید مصطفی آماده حضور در ایران و جنگ با رژیم پهلوی بودند، حتی هماهنگ شده بود که دو فروند هواپیمای آنها با تجهیزات و مهمات کامل در جاده تهران- قم به زمین بنشیند و ما به استقبال آنها برویم، اما دکتر چمران می‌گفت: هنگامی که هواپیمای آنها روی باند هواپیمایی نظامی دمشق قرار گرفت سرود پیروزی انقلاب اسلامی را از رادیو شنیدند و با شنیدن آن ‌اشک ریختند که این ‌اشک هم از ذوق پیروزی کشور و هم از ناراحتی زودتر نیامدن به کشور و سهیم نشدن در این رویداد بود. هشت روز پس از پیروزی انقلاب اسلامی شهید مصطفی به همراه ۹۲ نفر منتخب با هواپیمایی لبنانی به ایران آمدند و دکتر دیگر هرگز به لبنان نرفت. حتی هنگام ورود همسر لبنانی‌اش به ایران من به استقبال او رفتم.
 زندگی شهید مصطفی اینگونه رقم خورد؛ او وقتی به ایران آمد بلافاصله کار‌های سیاسی خود را آغاز کرد. حدود دو ماه مسئولیتی برعهده نداشت و فقط به عنوان فردی آگاه به مسائل آمریکا، لبنان، اسرائیل در نقاط مختلف سخنرانی می‌کرد. اولین سخنرانی او در دانشگاه پلی‌تکنیک امیرکبیر بود.
بعد از ورود دکتر چمران به ایران همواره با ایشان بودم و به‌عنوان یک راننده و همراه همیشگی، کنارشان حضور داشتم حتی ۴۰۰ سخنرانی برادر بزرگ خود در نقاط مختلف را در نوار کاست ضبط کردم.
 * مهندس مهدی چمران
رئیس‌سابق شورای شهر تهران
و برادر کوچک شهید دکتر مصطفی چمران