پس از کودتای 28 مرداد 1332 علما و روحانیون مبارز علل شکست مبارزات مختلف در نهضت ملی شدن صنعت نفت یا جنبش تنباکو و یا نهضت جنگل و... را در نداشتن کادرهای انقلابی ارزیابی کردند. آیت‌الله شهید دکتر بهشتی در این باره اظهار داشته است‌:

«...پس از کودتای 28 مرداد جمع‌بندی کردیم که چرا این نهضت به پیروزی نیانجامید و در این جمع‌بندی متوجه شدیم که دو کمبود اساسی داریم؛
1- عدم وجود یک ساخت ایدئولوژیک عمیق و منسجم
2-کمبود کادرهای انقلابی مسلمان
برای رفع این نقائص، 2 برنامه برای پیشبرد نهضت ریخته شد:
اول؛ تبیین و تحقیق در مسائل اسلامی که زیربنای ایدئولوژیک انقلاب و نظام آینده(باشد) و زیر‌ساخت عمیق عقیدتی برای نهضت تدوین شود.
دوم؛ پرورش و تربیت کادرهای مبارزاتی پیگیر برای انقلاب و جامعه اسلامی که لازم بود نیروی اساسی برای انقلاب و نظام اسلامی به طور خاص و برنامه‌ریزی شده ساخته شده و سازمان داده شود...» 1
از طرف دیگر روحانیون مبارزی که در کلاس‌های پرفیض حضرت امام پرورش یافته بودند، به امر ایشان جهت ایجاد تحول عمیق و اساسی در حوزه علمیه قم به عنوان پایگاه اصلی نهضت اسلامی، به برگزاری جلسات متعددی اقدام ورزیدند. یکی از موثرین شخصیت‌های این جلسات تاریخی که طی سال‌های 1338 و 1339 در قم برگزار شد، آیت‌الله علی قدوسی بود. 2
آیت‌الله قدوسی به همراه مدرسین و فضلایی همچون حضرات آیات دکتر بهشتی، مشکینی، شهید سعیدی، ربانی شیرازی، جنتی و... دست به کار یک برنامه‌ریزی جدید برای تربیت طلاب فاضل و آگاه به مسائل سیاسی/‌اجتماعی شدند که این برنامه‌ریزی، به تدریج نظام تازه‌ای را در حوزه ایجاد کرد و اساس کار مدارسی جدید در حوزه علمیه قم شد تا علاوه‌بر پرورش برنامه‌ریزی شده طلاب متخصص در رشته‌های مختلف علوم اسلامی، آنها را جهت فعالیت‌های اجتماعی و مبارزاتی مهیا سازد. برنامه‌ای که اساس کار مدارس تازه‌ای مانند «مدرسه حقانی» شد.
مقام معظم رهبری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در مورد این برنامه‌ریزی انقلابی حوزه و نقش آیت‌الله قدوسی در آن گفتند:
«... آقای قدوسی جزو آن دسته از کسانی بود که معتقد بودند حوزه باید نظم و سازمان لازم را پیدا کند و بی‌نظمی‌های شکل قدیمی حوزه را به هیچ‌وجه نمی‌پسندیدند. لذا «نهضت مدرسه‌سازی» در قم و یا به تعبیر بهتر ایجاد «واحدهای برنامه‌دار» به وسیله جمعی آغاز شد که آقای قدوسی در طلیعه آن بود. بعد از آنکه مدرسه حقانی به عنوان یک واحد مدرسی و مسکن طلاب به وجود آمد... آقای قدوسی با قبول تصدی آن مدرسه و برنامه‌ریزی دقیقی که به کمک شهید بهشتی انجام گرفت، این مدرسه را از شکل یک محل اقامت به یک محل آموزش و تعلیم و تعلم تبدیل کرد و نه فقط خود آن واحد، از لحاظ کمیت و کیفیت رشد زیادی کرد بلکه سرمشقی شد برای واحدهای دیگر در قم و نیز در بعضی از حوزه‌های علمیه دیگر مثل مشهد و تهران...» 3
آیت‌الله قدوسی و جمع علما و فضلایی که قصد اصلاح حوزه را داشتند، برای اجرای برنامه‌های خود، مدرسه نیمه‌ساز حاج علی حقانی را در اختیار گرفتند. پس از اتمام کار ساختمان مدرسه، پذیرش طلاب برای اسکان و تحصیل آغاز شد. در ابتدا طلاب به گونه آزاد پذیرفته و در حجره‌ها اسکان داده می‌شدند. اما بعد از مدتی طبق برنامه منظم و تدوین شده‌ای که توسط آیت‌الله قدوسی و شهید بهشتی و دیگر اعضای گروه اصلاح حوزه تدوین شده بود، طلاب پذیرفته شدند. 4
مدرسه‌ای که به این ترتیب تاسیس گردید، به نام سازنده آن به «مدرسه حقانی» معروف گردید که نقش مهمی در کادر‌سازی نیروهای انقلابی برای نهضت امام، انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی ایفا کرد.
آیت‌الله قدوسی از سال 1345 مدیریت مدرسه را برعهده گرفت. سید محمدرضا طباطبایی از طلاب سال‌های اولیه مدرسه حقانی و اولین مدیر آن در سال‌های پس از انقلاب، درباره مدیریت مدرسه در سال‌های نخستین تاسیس آن گفت:
«... اگر بنا باشد شهید بهشتی را مهندس ساختار مدرسه حقانی بنامیم، شایسته است شهید قدوسی را معمار این بنا نام نهیم... او نه شب می‌شناخت، نه روز... غالبا در هر دو نوبت صبح و عصر قبل از شروع برنامه تا پایان آن در مدرسه بود و به جزیی‌ترین امور، شخصا رسیدگی می‌کرد. او بعضی شب‌ها تا پاسی از نیمه شب در مدرسه می‌ماند و گاهی لباس کار می‌پوشید و در اتاق تکثیر با دستگاه سخت و آلوده‌کننده پلی کپی آن روز به کار تکثیر اوراق درسی و امتحانی می‌پرداخت و با اینکه دیر هنگام و سخت خسته مدرسه را ترک می‌گفت، پگاه روز بعد، پرنشاط در مدرسه حاضر بود. گاهی در دل شب به مدرسه سر می‌زد و به بازرسی و بررسی امور می‌پرداخت...» 5
اسناد ساواک نشان می‌دهد که رژیم شاه، مدرسه حقانی را یک مرکز ضد رژیم شاه می‌دانسته و همواره مراقب فعالیت‌های به قول خودش ضدامنیتی و سیاسی طلاب آن بوده است. اما آیت‌الله قدوسی با دقت و هوشمندی تلاش می‌کرد در عین تربیت کادرهای انقلابی و مبارز از میان طلاب، وضعیت سیاسی مدرسه به گونه‌ای نباشد که ساواک مانع ادامه فعالیت آن شود. سند ساواک نیز دقیقا به همین هوشمندی و سیاست آیت‌الله قدوسی معترف است:
«... شکی نیست قدوسی (رئیس‌مدرسه حقانی) یکی از علاقمندان به خمینی و از خمینیست‌های داغ و دو آتشه به شمار می‌رود... شکی نیست قدوسی با ظاهری بسیار آرام، هیچ نوع فعالیت آشکاری در داخل مدرسه برای خمینی ندارد... با تمام این حرف‌ها و با تمام آرامش و سکوتی که سعی کرده‌اند در مدرسه برقرار سازند، دیده می‌شود که مدرسه حقانی غالبا شاگردان داغ و حماسی و شاگردان خمینیسم دو آتشه تحویل می‌دهد بلکه می‌توان گفت که در حوزه قم، شاگردان مدرسه حقانی در خمینیسم بودن نمونه هستند و در اکثر فعالیت‌ها شرکت دارند و از طرفی نیز اساتید و مدرسین این مدرسه اغلب از علاقمندان خمینی هستند...» 6
رژیم شاه نمی‌توانست حضور روحانیون مبارزی مانند دکتر بهشتی و دکتر مفتح و حضرات آیات جنتی و خزعلی و یزدی و گیلانی و مومن و مشکینی و نوری و... را در جمع مدرسین مدرسه حقانی نادیده بگیرد که هرکدام به جرم حمایت از امام خمینی، پرونده قطوری از بازداشت و حبس و زندان و تبعید در ادارات وبخش‌های مختلف ساواک داشتند. از همین روی ساواک بارها به مدرسه حقانی یورش برد و آنجا را زیر و رو کرد و آیت‌الله قدوسی را بارها مورد بازخواست و بازجویی قرار داد که به دلیل رفتارهای هوشمندانه و با درایت ایشان، مزدوران رژیم شاه به مدارک محکم و مستندی برای تعطیلی مدرسه دست نمی‌یافتند. 7
اما شک و ظن بیشتر ساواک به شخص آیت‌الله قدوسی بود که پیش از این نیز سابقه حضور در تشکیلات مدرسین انقلابی حوزه علمیه قم را داشت و به خاطر آن در سال 1345 همراه دیگر مدرسین مبارز بازداشت و تحت شکنجه قرار گرفت.
رهبر معظم انقلاب، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای درباره آن دستگیری و زندان شهید قدوسی گفته‌اند:
«... در سال 45 بود که به دنبال هجوم به محل کارم در منزل آقای آذری قمی، اساسنامه ما را پیدا کردند. ایشان را بردند زندان و زیر فشار فهمیدند که مربوط به این عده 11 نفر (از مدرسین مبارز حوزه) است و آقای منتظری و آقای ربانی را بردند زندان. من و آقای هاشمی و آقای مصباح یزدی و بعضی دیگر هم فراری شدیم. آقای قدوسی را هم مدتی می‌بردند و از ایشان بازجویی می‌کردند و رهایش می‌کردند. شاید به وسیله ایشان می‌خواستند ماها را کشف کنند که کجا هستیم. بعد هم ایشان را گرفتند و در زیر شکنجه هم بسیار اذیت شدند...» 8
بسیاری از طلاب انقلابی و مبارز نهضت امام از درون همین مدرسه حقانی بیرون آمدند وپرورش یافته اساتیدی همچون آیت‌الله قدوسی و شهید دکتر بهشتی و آیت‌الله مصباح یزدی و آیت‌الله جنتی بودند. طلابی که بعدا هرکدام در مسئولیت‌های مختلف نظام جمهوری اسلامی به خصوص مسئولیت‌های قضایی، منشأ خدمات بسیاری شدند.
آیت‌الله شهید قدوسی در آستانه ورود حضرت امام به وطن، عضو فعال و موثر کمیته استقبال از ایشان بود و پس از انقلاب به حکم امام، ابتدا مأمور ستاد انقلاب اسلامی شهرستان قم شد و سپس ماموریت یافت تا در دادگاه‌های انقلاب تهران حاضر شده و متصدی مقام قضاوت گردد و پس از آن، حکم دادستانی کل انقلاب را به وی دادند.
اما شهید قدوسی در تمام این موقعیت‌ها و مناصب و مسئولیت‌ها، همواره خصوصیات اخلاقی و رفتاری یکسانی داشت. آنچه از میان صحبت دوستان و یاران آیت‌الله قدوسی بیش از همه ویژگی‌ها و خصوصیاتش، بارز به نظر می‌رسید، اخلاص و صداقت و صفای رفتار و سلوکش بود.
شخصیت‌های مهم انقلاب که تقریبا اغلب آنها دورانی را با آیت‌الله قدوسی همرزم و همگام بودند، او را مشهور به نظم و قاطعیت، مسلط بر نفس خود، مصّر بر موازین انقلاب و اسلام،‌ گریزان از شهرت و نام، محتاط نسبت به جان و مال مردم، فرمانبردار محض امام، آینده‌نگر و مدیر و مدبر، رئوف حتی با مجرمین، بی‌نظیر در مدیریت و کادر‌سازی، آموزگار برجسته اخلاق، اسطوره تقوا، نماد ورع و خدا باوری می‌دانستند.
آیت‌الله قدوسی روز 14 شهریور 1360 توسط بمبی که توسط یک عامل نفوذی گروهک تروریستی منافقین در اتاق کار ایشان کارگذاشته شده بود، به شهادت رسید.
حضرت امام در پیامی به مناسبت شهادت ایشان فرمودند:
«... اینجانب سالیان طولانی از نزدیک با او سابقه داشتم و آن بزرگوار را به تقوا و حسن عمل و استقامت و مقاومت و تعهد در راه هدف می‌شناختم... گوارا باد شربت شهادت بر شهدای انقلاب اسلامی... که با دست جنایتکار منفورترین عناصر پلید به جوار رحمت حق شتافتند و افتخار برای اسلام و ننگ و نفرت برای دشمنان دژخیم ملت شریف آفریدند...»
__________________________________
1- «بهشتی و انقلاب»- ویژه نامه صحیفه- ضمیمه روزنامه جمهوری اسلامی- تیرماه 1364
2- همان
3- شهید قدوسی در آئینه توصیف رهبر معظم انقلاب- صداقت و صفای او یگانه بود...- مجله شاهد یاران- انتشارات بنیاد شهید- شماره 38 - دی ماه 1387- صفحه 2
4- تاریخ شفاهی مدرسه حقانی- بهمن شعبان‌زاده- مرکز اسناد انقلاب اسلامی- چاپ اول- تابستان 1384- صفحه 51
5- همان- صفحه 76 و 77
6- همان- صفحات 226 و 227
7- مصاحبه با مهدی حائری تهرانی- آرشیو مرکز اسناد انقلاب اسلامی- 30/9/1372- شماره بازیابی 560
8- شهید قدوسی در آئینه توصیف رهبر معظم انقلاب- پیشین- صفحه4 .