آشنایی اغلب علما و روحانیون مبارز نهضت امام‌خمینی رحمت‌الله علیه، با آیت‌الله علی‌قدوسی به تشکیلاتی از مدرسین انقلابی حوزه علمیه قم می‌رسید که بعد از 15 خرداد 1342 شکل گرفت و اعضای آن از نخبه‌ترین و برجسته‌ترین علمای حوزه به شمار می‌آمدند. اساتید و روحانیونی از حوزه که با دستگیری و حبس حضرت امام و قیام خونین 15 خرداد متوجه شدند نهضت نیاز به تشکیلاتی منسجم از مدرسین حوزه علمیه دارد که بتواند تحت زعامت حضرت امام، ملت مسلمان ایران را قدم به قدم در مقابل رژیم شاه هدایت نماید. یکی از آن مدرسین انقلابی و مبارز، آیت‌الله علی قدوسی بود.
اما پیش از آن، آیت‌الله قدوسی در زمره مدرسین حوزه بود که در سال 1339 طرح تغییر و تحول حوزه را تدوین کرده و سعی داشتند با برنامه‌های جدید در آموزش طلاب و برپایی مدارس علمیه نوین، آن طرح را عملی سازند.
تاسیس مدرسه منتظریه یا مدرسه حقانی از نخستین و مهم‌ترین اقدامات مدرسین انقلابی حوزه علمیه قم برای جامه عمل پوشاندن به طرح تغییر و تحول در حوزه بود.
در مدرسه حقانی که با حضور اساتیدی همچون آیت‌الله دکتر بهشتی، آیت‌الله مصباح یزدی، آیت‌الله جنتی و آیت‌الله شهید علی قدوسی پایه ریزی شد، علاوه بر انجام تغییر و تحولات یاد شده، مقوله مهم تربیت و پرورش طلاب و روحانیون انقلابی و مبارز هم در دستور کار قرار گرفت تا برای نهضت نوپای امام، کادر سازی انجام گیرد و این نهضت بتواند با کادرهای انقلابی جوان، در میان مردم نفوذ پیدا کند. آنچه 15 سال بعد و در سال‌های اوج‌گیری نهضت که به پیروزی انقلاب اسلامی انجامید، نتیجه خود را نشان داد.
آیت‌الله جنتی درباره مدرسه حقانی و نقش شهید قدوسی در آن می‌گویند؛
«از جمله تصمیم‌هایی که برای اصلاح حوزه گرفته شد، تاسیس مدارس برنامه‌ریزی شده و تشکیلاتی به صورت نمونه در کنار حوزه بود... به فکر افتادند مدرسه‌ای را پیدا کنندکه از سوی هیچ مقامی در آن دخالت نشود و آزاد در اختیار برنامه باشد. از این رو مدرسه منتظریه را که مرحوم حاج علی حقانی با نظارت مرحوم آیت‌الله زنجانی بنیاد کرده بود در اختیار گرفتند و شهید بهشتی با همکاری بعضی دوستان، برنامه ده یازده ساله مفصلی را تنظیم کردند و پس از دعوت جمعی از اساتید برای همکاری، آن برنامه را به اجرا گذاشتند.... در آغاز برای مدیریت مدرسه منتظریه بعضی دوستان انتخاب شدند که در جریان کار معلوم شد، فرد قوی‌تری لازم است. لذا از شهید قدوسی تقاضای همکاری کردند و ایشان هم پذیرفت.»
آنچه شهید آیت‌الله قدوسی را در میان سایر اساتید و مدرسین حوزه برای مدیریت مدرسه حقانی برجسته‌تر می‌ساخت، نظم و تدبیر و قاطعیت ایشان بود. برنامه‌ریزی و دقت در اجرای آن و ایستادن در برابر هر حاشیه‌ای که اصل آموزش را زیر علامت سؤال می‌برد، از ویژگی‌های مدیریت کارآمد شهید قدوسی در مدرسه حقانی بود، آن هم در روزگاری که آموزش حوزه و رفت و آمد و حضور و غیاب طلاب، نظم و نسق خاصی نداشت و چندان بازخواستی صورت نمی‌گرفت.
دکتر حسین حقانی زنجانی، فرزند مرحوم حقانی درباره مدیریت شهید قدوسی برای اجرای برنامه و طرح تربیت طلاب مبارز اظهار کرده:
«... آقای قدوسی در اجرای این برنامه بسیار دقیق بود. اگر طلبه‌ای کوتاهی می‌کرد و به برنامه‌هایی که باید عمل کند، عمل نمی‌کرد، نمی‌توانست قبول کند. فرزند یکی از بزرگان در مدرسه ما بود و به برنامه مدرسه اهتمام چندان دقیقی نداشت. ولی پدر ایشان آن موقع ماهی هفتاد هزار تومان به ما کمک مالی می‌کردند. با این همه یک روز آقای قدوسی آمد و گفت ایشان باید از مدرسه برود.»
حضور شهید قدوسی در مدیریت مدرسه حقانی، فقط در جهت علم آموزی و تربیت انقلابی طلاب موثر نبود، بلکه علاوه‌بر اینها او تقیّد خاصی به تهذیب نفس و اخلاق طلاب داشت.
مرحوم آیت‌الله خزعلی از همراهان شهید قدوسی در این‌باره گفته‌اند: «شهید عزیزمان با ترغیب طلاب به روح تعبد و تحریض به التزام و تعهد، ایمان آنها را راسخ می‌کرد که با نیروی فکر و ریشه دارشدن تقوی و تعهد، خودشان به انحرافات پی ببرند و با آن تعهد ریشه‌دار، به پا خیزند و بدعت‌ها و انحراف‌ها را بشناسند و برآن بشورند.»
اما این ترغیب و تحریض به عبادت و تقوی، از وجود خود آیت‌الله شهید برمی‌خاست. او اساسا در وجودش، چنین تعبد و تقوایی ریشه داشت.
حجت‌الاسلام حسن علی نیّری از شاگردان ایشان در مدرسه حقانی و از قضات انقلابی و همکاران شهید قدوسی در سال‌های بعد از انقلاب، درباره این ویژگی تصریح داشته: «ایشان اهل تقوا و تهجد بود و اخلاص داشت و وقتی صحبت و نصیحتی می‌کرد، حرفش جاذبه داشت. در بعضی از درس‌ها گریه می‌کرد و به‌خاطر آن تغییر حالتی که در ایشان ایجاد می‌شد، طلبه‌ها هم منقلب می‌شدند.»
قابل ذکر است در زمانی بنیاد مدارسی مانند حقانی گذارده و طرح تربیت طلاب مبارز و روحانیون انقلابی و کادر سازی برای انقلاب و نظام آینده آغاز شد که هنوز هیچ چشم‌اندازی از پیروزی انقلاب و تاسیس نظام اسلامی حتی در میان بزرگان نهضت وجود نداشت. اما گویا زمینه‌های این آینده‌نگری در میان مدرسین انقلابی حوزه از جمله شهید بهشتی و آیت‌الله قدوسی به چشم می‌خورد.
همین موضوع ساواک را بسیار حساس کرده بود و براساس اسنادی که از این سازمان مخوف دوران ستم شاهی در دست است، تلاش‌های بسیاری از سوی کارشناسان و ماموران ساواک صورت گرفت برای اینکه بفهمند چه برنامه‌هایی در مدرسه حقانی انجام می‌شود، اما هرگز نتوانستند دریابند که چه بنیاد عمیق و عظیمی در این مدرسه علمیه برای نهضت امام و انقلاب اسلامی پایه‌ریزی می‌شود.
مزدوران ساواک چندین بار به مدرسه حقانی حمله کرده و حتی یک بار، 35 تن از نیروهای ساواک و همچنین شهربانی حدود ساعت 2 نیمه شب به داخل مدرسه ریخته و ضمن ضرب و شتم طلاب به تخریب حجره‌ها و اسباب و اثاثیه طلاب پرداختند. شاهدان ماجرا نقل می‌کنند شخصی به نام محمدی که سرکرده مهاجمین بود با بلندگو فریاد می‌زد:»... پدرتان را در می‌آورم. این‌جا را پایگاه انقلاب کرده‌اید؟ این‌جا را ویران می‌کنم...» اما بعد از دو ساعت گشتن و به هم ریختن کلاس‌ها و حجره‌ها و مکان‌های مختلف مدرسه، به دلیل نیافتن هیچ‌گونه مدرک و سند قابل قبول، ناگزیر، دست از پا درازتر مدرسه را ترک کردند!
حجت‌الاسلام والمسلمین علی سعیدی شاهرودی درباره مخفی کاری و هوشیاری شهید قدوسی می‌گویند: «... آقای قدوسی بسیار تحفظ داشت و اقداماتی که انجام می‌داد، بسیار پنهانی و مخفی بود و ایشان نمی‌گذاشت چیزی لو برود. حتی در زمانی که ایشان در قم دست‌اندرکار مبارزه و تبیین آرمان‌های حضرت امام بودند و یک تشکیلات مخفی را درست کرده بودند،... بسیار محتاط بودند.»
نتیجه حدود 14 سال کار علمی و اخلاقی و مبارزاتی در مدرسه حقانی، تربیت گروهی از طلاب مبارز و انقلابی بود که نقش مهمی را در اوج گیری نهضت و پیروزی انقلاب و اداره نظام جمهوری اسلامی ایفا کردند.
مرحوم حسن حقانی، فرزند دیگر مرحوم علی حقانی، در این باره می‌گویند: «مدیریت آقای قدوسی و تقوا و پشتکار و استقامتشان باعث شد که طلبه‌های خوبی ساخته شوند. من ابتدا فکر می‌کردم که اینها از لحاظ درس و سواد در نویسندگی و امثال اینها خوب هستند. اما بعد که انقلاب شد و طلبه‌های مدرسه چنین نقشی در انقلاب بازی کردند، تازه اهمیت کار را فهمیدم.»
آن مدیریت و نظم و ضابطه‌مندی شهید قدوسی در کانون‌های محوری مبارزه و انقلاب همچون مدرسه حقانی، بعد از پیروزی انقلاب اسلامی هم به نهادها و ارگان‌هایی که مسئولیتش را برعهده گرفت، راه یافت و حالا دیگر او از منظر حکومت اسلامی و به خصوص در منصب قضا و قضاوت و داوری، حساسیت بیشتری احساس کرده و اعمال می‌نمود. در این‌جا دیگر با احکام قضایی و جان و مال مردم مواجه بود.
دکتر حسین مهرپور که در همین دوران با شهید قدوسی همکاری نزدیکی داشت و حتی به قائم مقامی ایشان رسید، درباره این حساسیت‌ها اظهار داشته‌اند:«ایشان بسیار آدم محتاطی بود و مخصوصا در بیت‌المال و مصادره اموال که من دورنمایی از آن را یادم هست، حلال و حرام بودن و اینکه مشروع است یا نه و در مال مردم را گرفتن، خیلی محتاط بود. آدم دقیقی بود و مدیریت خوبی هم داشت. تا جایی که انتقاد می‌کردند که سختگیری زیاد می‌کند. آدم واقعا متدینی بود، خیلی پایبند موازین و مبانی شرع بود.»
حجت‌الاسلام والمسلمین سیدمحسن ترابی؛ مسئول دفتر شهید قدوسی در تایید این خصوصیات شهید می‌نویسد: «هنگامی که به‌عنوان دادستان کل انقلاب مشاهده می‌کند که برخی تحت پوشش دفتر خانه‌سازی برای مستضعفین به کاسبی مشغولند یا تحت پوشش سپاه پاسداران، اعمال ضد انقلابی انجام می‌دهند، با تمام قوا به جنگ آنان می‌رود و بساط‌شان را در هم می‌ریزد کما اینکه وقتی می‌بیند چماق به دستان حزب خلق مسلمان، تحت عنوان حمایت از مرجع تقلید در قم جنایت می‌آفرینند، در مقابلشان می‌ایستد و با حزب خلق مسلمان نیز همان‌گونه برخورد می‌کند که تکلیفش اقتضاء دارد.»
یکی از آخرین افرادی که شهید قدوسی را یک روز پیش از شهادت، زیارت کرد، مرحوم آیت‌الله محمد مومن بود که درباره آن دیدار آخر نوشته‌اند: «چگونه می‌توانم فراموش کنم، آخرین روزی را که در قم خدمتش رسیدم، جمعه‌ای که روز شنبه‌اش شهید شد و به لقاء‌الله پیوست، برای صرف ناهار، افتخار میزبانی او را داشتم. با کمال صفا و اخلاص و بدون هیچ پیرایه و تکلفی، پس از صرف ناهار، روی فرش اتاق خوابید و پس از کمی استراحت، آخرین خداحافظی را با ما کرد و در پی اصلاح امور مدرسه و ارشاد برادران رفت و دیگر او را ندیدم و فردایش به لقاء‌الله پیوست.»
در ساعت هشت و چهل دقیقه روز شنبه ۱۴ شهریور ۱۳۶۰ انفجار بمب آتش‌زایی توسط گروهک تروریستی منافقین در محل دادستانی کل انقلاب و دفتر کار آیت‌الله قدوسی باعث شد، دیوار پشت سر او جدا گشته و وی را از اتاقش در طبقه دوم به کف حیاط پرتاب نماید. پیکر آیت‌الله قدوسی که به شدت مجروح شده بود، تحت عمل جراحی قرار گرفت، اما اقدامات پزشکان موثر نیفتاد و آیت‌الله علی قدوسی به دیدار حق شتافت.
