آنان راه نفوذ را در تطمیع ناپسری آیت‌الله آقازاده یافتند. آقابکف ادامه داده است: «... تا آن که بالاخره توانستیم با رشوه دادن و فریفتن یکی از تجار به داخل این مرکز قدرت راه پیدا کنیم. این تاجر ناپسری آقازاده رئیس روحانیون مشهد بود....»
روس‌ها با گسترش حضور خود در خراسان به دنبال بهانه‌ای می‌گشتند تا بتوانند این بخش از خاک وطن اسلامی را تصرف کنند و این بهانه را در دادن التیماتوم برای عزل مورگان شوستر آمریکایی یافتند که ریاست کل خزانه‌داری را به تصویب مجلس شورای ملی به عهده داشت.
علمای نجف تصمیم گرفتند همراه هزاران مردم داوطلب برای در اختیار گرفتن زمام امور ایران و بیرون راندن اجانب، از عتبات حرکت کنند. آخوند خراسانی توصیه‌های لازم را از طریق فرزند خویش، میرزا محمد آقازاده به مردم خراسان و شهرها و استان‌های دیگر کرده بود. هیجان عمومی همه را فراگرفته بود و در همین بین، آخوند خراسانی در میان راه بازگشت به وطن به طرز مشکوکی رحلت نمود.
در جریان شورش طالب الحق در مشهد (که توسط روس‌ها برای ورود به شهر طراحی شده بود)، آیت‌الله آقازاده، مشهد را ترک کرد و به تهران رفت و پس از فاجعه به توپ بسته شدن حرم مطهر توسط ارتش روسیه در روز 12 ربیع الثانی 1330 هجری قمری و شهادت تعدادی از مردم در صحن مطهر و تضعیف موقعیت مستبدین در شهر، مجددا به مشهد بازگشت تا اوضاع را بسامان کرده و مردم را در مقابل توطئه روس‌ها متحد گرداند.
وقتی آیت‌الله نورالله اصفهانی، از روحانیون طراز اوّل ایران، در اعتراض به سیاست‌هاى دولت دست به مهاجرت زد، بسیارى از علما از این اقدام حمایت کردند و درصدد پیوستن به او بودند. علماى خراسان به خصوص آیت‌الله آقازاده هم از اقدام علماى اصفهان حمایت کردند. 
در گزارش نصرت الدوله به تیمورتاش آمده است:«از مشهد تلگرافاتی رسیده که آقازاده و آشتیانی از آنجا خیلی اقدام می‌کنند. تلگرافی هم در جواب متحدالمآل به رئیس الوزاء داده‌اند که گویا بد و سخت است ولی هنوز ندیده ام. در هر حال قسمت مشهد محتاج به دستور اکید شماست که باید از آن غفلت نفرمایید.»1
علیه رضاخان
آیت‌الله آقازاده خراسانی، از ابتدا با سلطنت رضا میرپنج به شدت مخالف بود، تلاش‌هاى ایشان و دیگر روحانیون طراز اوّل مشهد، پیش از سلطنت رضاخان برای ممانعت از روی کار آمدن خاندان پهلوی، در سندى به تاریخ 8/11/1303ش (سه ماه قبل از به سلطنت رسیدن رضاخان) کاملا مشخص و معلوم است. این سند که گزارش کنسولگرى ایران در بصره محسوب می‌گردد، به دلیل آمدن حاج آقا حسین قمی به عتبات عالیات تحریر شده بود: «مشارالیه از طرف آقا حاجی میرزا محمّد آیت‌الله زاده خراسانی آمده و مشغول تهییج و تسمیم افکار علما است... و از جمله انتقاداتی که بر دولت حاضره می‌نماید، راجع به فوج پهلوى است و به طبقات اهل علم گفته است دولت می‌خواهد آیین زردتشتی را در مملکت رواج و مذهب اسلام را ضعیف نماید.»2
آیت‌الله آقازاده پس از روی کار آمدن رضاخان نیز همچنان به مخالفت با وی ادامه داد. رضا خان قبل از به قدرت رسیدن با شرکت در مراسمهاى مذهبی و دیدار با علما و مراجع بزرگ شیعه، با ظاهرسازى‌، خود را اهل دین و وفادار به مذهب نشان می‌داد، لذا رابطه بیشتر عالمان دینی با رضا خان، قبل از روى کار آمدن وى، تیره و تار نبود.
آیت‌الله آقازاده نیز همچون برخی از علماى دیگر در جشن تاجگذارى رضا شاه در تاریخ 4/2/1305 هجری شمسی شرکت داشت. در این جشن، نمایندگان روحانیون از ایالات و ولایات گوناگون حضور داشتند. از ایالت خراسان هم آیت‌الله میرزا محمّدآقازاده به این جشن دعوت شده بود.3
گفته شده در مراسم تاجگذارى، رضا خان از آیت‌الله آقازاده خواست تاج سلطنت را بر سر رضا خان بگذارد، و چون ایشان این کار را انجام نداد، رضا خان خود تاج را بر سر گذارد.4
اما عملکرد رضاخان پس از به قدرت رسیدن و مخالفت صریح با احکام اسلامی و محدود کردن عالمان و مراجع بزرگوار شیعه و اجراى طرح ننگین و استعمارى کشف حجاب، باعث رویارویی روحانیون و علما با او گردید. 
آقازاده نیز از سال 1310 هجری شمسی به بعد، از مخالفان سرسخت رضا خان به شمار می‌رفت.5
پانوشت‌ها:
1- علما و رژیم شاه، حمید بصیرت منش، عروج، تهران، 1376ش ص 313 به نقل از: نصرت‌الدوله فیروز، از رویاى پادشاهى تا زندان رضاشاهى، ص 218.
2- همان - ص 444به نقل از: تاریخ پهلوى و زردتشیان، ص 51.
3- علما و رژیم شاه، حمید بصیرت منش، ص 217.
4- زندگى نامه رجال و مشاهیر ایران، ج1، ص 326.
5- همان، ج 1، ص 45.