اقدام حکومت بعثی در محاصره بیت‌ امام‌خمینی(ره) در دوم مهر 1357 ه‍.ش و محدودیت رفت‌وآمد به منزل ایشان، سراسر ایران را در التهاب فرو برد و انتظار بازگشت و درخواست پایان  تبعید امام‌(ره)، به یکی از مطالبات محوری تظاهرکنندگان تبدیل شد.
انتشار این خبر در یزد، اولین تظاهرات در شامگاه دوم مهرماه را به دنبال داشت. این تظاهرات به توصیه آیت‌الله صدوقی(ره)، با آرامش کامل و بدون هیچ‌گونه درگیری انجام شد.
در این ایام، حجم بسیاری از مکالمات آیت‌الله صدوقی صرف هماهنگی و پیگیری اقدامات لازم، در خصوص رفع این حصر بود. رژیم شاهنشاهی که از عکس‌العمل مردم متدین و انقلابی وحشت داشت، برای پیشگیری از حرکت‌های مردمی، اخبار و شایعاتی را درباره رفع حصر در روزنامه‌ها منتشر می‌نمود، آیت‌الله صدوقی هنگام مواجهه با این اخبار با صراحت می‌گفت:
«این که دروغ است، چون دو سه روز است از این حرفها می‌نویسند.»
و در جریان همین اقدامات بود که در سخنرانی خود در مسجد حظیره، توصیه نمود:
«هر صنف، تلگرافی برای حسن البکر بکنید و به این عمل دولت عراق اعتراض نمایید و عنوان کنید این چه کاری است که با رهبر بزرگ مسلمانان می‌کنید؟»
آیت‌الله صدوقی، اخبار بیت‌ امام‌خمینی(ره) در نجف اشرف را به دقت پیگیری می‌کرد و از آن آگاهی داشت. هنگامی که حجت‌الاسلام متین از بندرعباس تماس گرفت و درباره تغییر و تفاوت اوضاع در نجف‌اشرف سؤال نمود، آیت‌الله صدوقی پاسخ داد:
«فعلا زوار را می‌گذارند بروند و بیایند؛ ولی خود آقا هنوز از خانه بیرون نیامده است.»
پس از تصمیم امام‌خمینی(ره) برای خروج از عراق و اتفاقاتی که در مرز کویت مبنی بر ممانعت از ورود ایشان صورت گرفت، مکالمه‌ای بین آیت‌الله صدوقی و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای انجام شد، که بخشی از آن، در اسناد ساواک چنین است:
«نظر من این است که اگر از ناحیه آقای شیرازی و آقای قمی یک عده‌ای فرستاده شوند برای سفارت عراق و سفارت کویت، که بگویند ما چنین انتظاری از کشور شما نداشته‌ایم، خیلی خوب است.
خامنه‌ای: بله، فکر خوبی است.
صدوقی: اگر در سطحی وسیع هم انتشار پیدا کند و اعلامیه کنند، خوب است.
خامنه‌ای: شما به قم هم بگویید.
صدوقی: الان چند تا از آقایان می‌خواهند بروند قم، پیغام می‌دهم.»
متعاقب این پیشنهاد، خود ایشان نیز در روز سیزدهم مهرماه، به نمایندگی از جامعه روحانیت یزد، دو تلگراف به سفارتخانه‌های عراق و کویت مخابره نمود. ایشان در این تلگراف‌ها خروج امام‌خمینی(ره) از عراق بر اثر فشار دولت بعثی این کشور را مغایر اصول ابتدایی مهمان‌نوازی و ممانعت دولت کویت از ورود را اجرای نقشه‌های شوم امپریالیسم خواندند.
سرانجام کشتی این هجرت تاریخی، در فرانسه پهلو گرفت، هنگامی که آیت‌آلله صدوقی(ره) از حجت‌الاسلام‌والمسلمین محمدعلی صدوقی(ره) شنید:
«آقا به پاریس رسیده‌اند و قصد اقامت در آنجا را ندارند و موقتا آنجا هستن، تا یک کشور مسلمان‌نشین پیدا کنند.»
با خوشحالی زائدالوصفی گفت:
«پاریس را مسلمان‌نشین بکنند، نهصد هزار مسلمان که دارد و دست آقا به همه جا باز هست.»
و بلافاصله به مرتبطین و پیروان خود در اطراف و اکناف دستور داد:
«یک تلگراف از طرف روحانیت و یک تلگراف از طرف اصناف به رئیس‌جمهوری فرانسه زده شود که در احترام ایشان کوتاهی نشود و ذکر شود که آنجا محیط سیاسی باز است و ما امید داریم که آقا در این چنین محیطی، حرفهای خودشان را بتوانند به گوش جهانیان برسانند و از این قبیل، در ضمن یکی دو تا تلگراف نباشد؛ فقط از بلوک شما صد تا تلگراف زده شود.»
و خودشان نیز در تلگرافی خطاب به رئیس‌جمهور وقت فرانسه، والری ژیسکاردستن، نوشتند:
«... برای شخص ریاست‌جمهوری محترم لازم به تذکر نیست که حضرت آیت‌الله العظمی خمینی رهبر متجاوز از دویست میلیون مسلمان شیعه بوده و اقدامات معظم‌له در خصوص مبارزه با استبداد و خودکامگی و برقراری نظام دمکراتیک، مورد تأسی بقیه ملت‌های درگیر با استعمار است. رجای واثق دارد که حضرت رئیس‌جمهور و ملت شریف فرانسه که حامی موازین دموکراسی و آزادی‌خواهی می‌باشند، نسبت به میهمان بزرگوار خویش از بذل هرگونه مساعدت و محبت دریغ نخواهد ورزید. لجنه علمای استان یزد.»