از دیگر اقدامات آیت‌الله صدوقی در جریان تظاهرات عمومی، هماهنگی با نیروهای نظامی و انتظامی برای پیشگیری از کشتار بیشتر مردم بود. این هماهنگی‌ها که بیشتر توسط شهید دکتر سیدرضا پاک‌نژاد صورت می‌گرفت، در مکالمات ثبت شده، دارای فراوانی قابل توجهی می‌باشد، که نتیجه آن، به وسیله رهنمودهایی به شیوه زیر به مردم انقلاب و مبارزین شهر منتقل می‌گردید:
«شخصی تلفن کرد و گفت: هیئت ما که از آبشاهی می‌آید، مسجد ملا اسماعیل است؟
صدوقی: بله، ولی شعار که می‌دهید، شعار فحش نباشد و شعار حماسی مذهبی باشد و از میدان شاه هم رد نشوید؛ از بازار مسگری وارد شوید؛ خلاصه میدان شاه نروید و شعاری هم که فحش به شاه باشد، ندهید.»
روز بیست و سوم آذرماه (مصادف با روز سیزدهم محرم) نیروهای نظامی، تظاهرکنندگان و مسجد حظیره را مورد حمله قرار دادند:
«در مکالمه‌ای که بین ربانی و سوژه شد، سوژه گفت: ریخته‌اند در مسجد و دارند مسجد را غارت می‌کنند، تمام فرش و اشیای مسجد را غارت کرده‌اند.»
گزارش وقایع روز بیست و سوم، (روز سوم شهدای کربلا) که مردم متدین و انقلابی شهر یزد، طبق سنت دیرینه خود، مراسم دفن شهدا را تدارک دیده بودند، با توجیهاتی که برای حمله به مسجد حظیره تدارک دیده شد، به شرح زیر ثبت شده است:
«از صبح روز جاری، طبق یک سنت دیرینه به عنوان روز دفن شهدا، قرار بود کلیه دسته‌های عزاداری به مسجد ملااسماعیل شهر یزد بروند. ضمنا اطلاعات واصله حاکی بود که اخلاگران قصد دارند با استفاده از فرصت، جمعیت را به طرف میدان شاه که پیکره مبارک اعلیحضرت رضاشاه کبیر در آن قرار دارد، کشیده و پیکره را پایین بیاورند؛ که دستور مراقبت‌های لازم صادر گردید و واحدها از صبح در محل‌های تعیین شده از قبل مستقر گردیدند. از اولین ساعات بامداد، در حالی که مدارس و مغازه‌ها و بازار شهر تعطیل و بانک‌ها و اداره‌ها نیمه تعطیل بود، دسته‌های متعدد عازم مسجد مذکور شدند. در چهارراه امیرچقماق حدود 1000 نفر از دسته‌های عبور کننده، در حالی که پلاکاردهایی با مطالب تحریک‌آمیز حمل می‌کردند، شعارهای ضدملی دادند که ابتدا مامورین انتظامی با بلندگو به آنان اخطار کردند متفرق شوند و چون توجهی نگردید، با استفاده از گاز اشک‌آور نسبت به تفرقه آنان اقدام و چند پلاکارد ضبط شد؛ لیکن دسته‌های اخلالگر و آشوب‌طلب بیشتری اجتماع و در خیابان شاه و چهارراه امیرچقماق و چهار خیابان اطراف میدان شاه (محل استقرار پیکره)، تعداد بسیار زیادی لاستیک آتش زده و از گوشه و کنار شهر به صورت دستجاتی در حالی که شعارهای ضدملی داده و به مامورین انتظامی فحش و ناسزا می‌گفتند، به طرف مامورین شهربانی و ژاندارمری پشتیبان هجوم برده و به پرتاب سنگ و آجر، سه راهی و لوله‌های فلزی حاوی مواد منفجره، همچنین تیراندازی‌های پراکنده از طرف جمعیت به طرف مامورین شهربانی و هنگ ژاندارمری یزد که اکنون آنان نیز وارد عمل شده بودند و ریختن بنزین از پشت بام‌ها به روی آنان و همچنین تیراندازی از مناره مسجد حظیره و  پشت‌بام‌ها توسط آشوب‌طلبان مبادرت نمودند که مامورین شهربای و هنگ ژاندارمری با توجه به وجود سلاح گرم بین بعضی از گروه‌ها، با تیراندازی هوایی مکرر جمعیت‌ها را متفرق نموده و با تلاش فراوان وضع را به طور نسبی آرام ساخته و سپس با توجه به تیراندازی از مسجد حظیره، مسجد را با مراقبت کامل محاصره نموده و عناصر شهربانی و هنگ ژاندارمری وارد مسجد گردیده، لیکن کسی را داخل مسجد مشاهده ننمودند و در بررسی‌های معموله در مسجد، مقدار زیادی اعلامیه و اوراق مضره، شعارهای پارچه‌ای، عکس‌های مقتولین تظاهرات و اغتشاشات برای جریحه‌دار کردن احساسات مردم و تحریک آنان، تعدادی نوار ضبط صوت، یک بمب بسیار قوی، تعدادی سه‌راهی‌های مخصوص ساختن بمب دست‌ساز، مقداری لباس‌های زنانه، تعدادی چوب‌های دستی آماده برای استفاده، میله‌های آهنی و وسائل برنده که همه آنها برای مقابله تهیه شده است کشف و جمع‌آوری گردید و مسجد بدون هیچ‌گونه تخریب تحویل دو نفر از بستگان شیخ محمد صدوقی فرزند ابوطالب شد. در این بین عده‌ای دیگر از اخلالگران مجددا پا در چهارراه امیر چقماق تعداد زیادی لاستیک، همچنین شعبه بانک عمران را آتش زدند که بلافاصله نسبت به خاموش کردن آن از طرف آتش‌نشانی‌شهرداری و ژاندارمری با حمایت مامورین انتظامی اقدام و خاموش گردید و ساعت 15:00 وضع به طور نسبی عادی شد و چند نفر دستگیر گردیدند و تعدادی از اتومبیل‌های شهربانی خسارت دیده است. ضمنا تا ساعت 16:00 با استعلام تلفنی از بیمارستان‌ها و یگان‌های تابعه گزارشی از زخمی یا کشته شدن اعم از اخلالگران یا مامورین واصل نگردید، لیکن بررسی ادامه دارد تا در صورت وجود موردی اعم از کشته یا زخمی، همچنین آمار دستگیرشدگان متعاقبا اعلام شود.