از 1357/9/28 به بعد، گزارش شنود مکالمات آیت‌الله صدوقی به ثبت نرسیده و اقدامات ساواک یزد در جریان نقل و انتقال اسناد به شرح زیر گزارش شده است:
« به منظور انتقال اسناد و مدارک این سازمان در مواقع ضروری به محل امن، با رئیس شهربانی یزد مذاکره و اتاقی به همین منظور در شهربانی یزد در نظر گرفته شد، لیکن با توجه به اینکه در یزد پادگان نظامی وجود نداشته و نیز اماکن شهربانی و ژاندارمری جوابگوی اسکان کارمندان و خانواده آنان نمی‌باشد بنابراین تامین محل امنی برای آنان مقدور نمی‌باشد. مستدعی است مقرر فرمایند با توجه به تلگراف شماره 26/1122ج- 57/8/10 و اینکه اکثر کارمندان این سازمان شناخته شده و مورد تهدید می‌باشند دراین‌باره نظریه ابلاغ فرمایند.»
وضعیت کارمندان ساواک یزد در روزهای پایانی حکومت شاهنشاهی پهلوی، چنین گزارش شده است:
«روحیه کارمندان با تهدیدات مداوم که به عناوین مختلف از طرف گروه‌های مخرب انجام می‌شود، بسیار مشوش می‌باشد، زیرا در شرایط فعلی آنان با وحشت و نگرانی مایحتاج روزانه خود را تهیه می‌نمایند و با توجه به آزادی مطبوعات و درج مقالات تحریک‌آمیز علیه ساواک بر شدت تهدیدات هر روز اضافه می‌گردد. چنانچه کارمندان و خانواده آنان در وضع فعلی مورد حمله عوامل مخرب قرار گیرند و مجروح شوند به طور قطع آشوبگران با تهدیدات دامنه‌دار حتی از مداوای آنان در بیمارستان‌های شهر ممانعت می‌نمایند و تاکنون نمونه‌هایی از این وضعیت در مورد معالجه پرسنل‌های مصدوم نیروهای انتظامی به وقوع پیوسته که آنان به تهران اعزام شده‌اند. در شرایط فعلی کسب خبر از وضعیت منطقه به وسیله عوامل این ساواک به حداقل رسیده و حتی منابع از ملاقات و تماس تلفنی خودداری می‌نمایند. با عرض مراتب فوق تصمیم گرفته شد. ظرف روز جاری به تدریج پرونده‌ها و مدارک به شهربانی و ژاندارمری انتقال داده شود تا چنانچه اجرای طرح اضطراری لازم شد مشکلاتی از نظر حفاظتی پیش نیاید و در صورت لزوم کارمندان نیز در شهربانی مستقر شوند.»
در گزارش نوبه‌ای اطلاعاتی شماره 38 فرمانداری نظامی چنین آمده است:
«ساعت 0010 مأمور کلانتری 1 یزد چند تیر هوائی شلیک و اظهار داشت که چند نفر قصد حمله به شهربانی را داشتند. ساعت 0900 تظاهرکنندگان یزد به ساختمان ساواک حمله و آن ر‌ا محاصره نمودند که پس از تیراندازی مأمورین، ساختمان از محاصره خارج و کارمندان و اسناد آن به ژاندارمری  تخلیه گردید. در این درگیری 3 نفر غیرنظامی کشته و 16 نفر زخمی شدند. اعتصاب و کم‌کاری در سطح استان کماکان ادامه دارد.»
در 12 بهمن‌ماه 1357ش، امام خمینی(ره) با استقبال توصیف‌ناشدنی مردم ایران به میهن بازگشت. آیت‌الله صدوقی(ره) در تلگرافی خطاب به والری ژیسکاردستن، رئیس‌جمهور وقت فرانسه، نوشت:
«حضرت والری ژیسکاردستن رئیس‌جمهوری فرانسه. پاریس
اکنون که رهبر بزرگ ملت ایران حضرت آیت‌الله امام خمینی پس از سال‌ها تبعید به میهن خود بازگشته‌اند، لازم می‌دانم سپاس فراوان خود را از جناب عالی و ملت بزرگ و رشید فرانسه به خاطر میهمان‌نوازی و تسهیلاتی که در مدت اقامت معظم‌له در فرانسه نسبت به ایشان انجام گرفته است، تقدیم داریم ملت ایران از اینکه هنوز برخی از سیاست‌های بزرگ جهانی نتوانسته‌اند ندای حق‌طلبانه مردم را بشنوند و هنوز مفهوم واقعه یک انقلاب ملی را درک نمی‌کنند در شگفتی و تأسف است. امیدواریم پیوند معنوی میان دو ملت فرانسه و ایران بر اثر اقامت چند ماهه امام خمینی در میهن شما هر چه استوارتر و برادرانه‌تر باشد.
جامعه روحانیت یزد
محمد صدوقی»
آیت‌الله صدوقی پس از پیروزی انقلاب اسلامی
پس از پیروزی انقلاب اسلامی، در 22 بهمن 1357ش، آیت‌الله صدوقی در جایگاه‌های مختلفی به انجام وظیفه پرداخت. عضویت در مجلس خبرگان قانون اساسی، نمایندگی امام و امامت جمعه شهر یزد؛ مبارزه با تندروی‌ها و انحرافات فکری؛ سازماندهی کمک‌رسانی به جبهه‌های نبرد حق علیه باطل و حضور در عملیات غرور‌آفرین بیت‌المقدس و فتح خرمشهر.
آیت‌الله صدوقی، برای شهادت در راه خدا، از قبل اعلام آمادگی کرده و در پیام شهادت اولین شهید محراب، آیت‌الله مدنی(ره) گفته بود:
«مکتبی که با خون علی‌ها پایه‌گذاری شده، باید با خون امثال مدنی‌ها آبیاری شود... و همه ما آمادگی برای این چنین مسائل داشته و داریم.»
سرانجام روز جمعه یازدهم تیرماه سال 1361 ش فرا رسید. ماه مبارک رمضان بود و آیت‌الله مبارز پس از پایان نمازجمعه در محراب نماز در سن 75 سالگی، به آرزویش که شهادت در راه خدا بود، رسید. امام خمینی(ره) درباره این شهادت فرمود:
«چه کسی اولی به شهادت است در عصری که استکبار جهانی و فرزندان خلف آن در داخل و خارج، اسلام عزیز را تهدید می‌کنند، از امثال شهید بزرگوار ما و فقیه متعهد و فداکار اسلام شهید صدوقی عزیز رضوان‌الله علیه؛ شهید بزرگی که در تمام صحنه‌های انقلاب حضور داشت و یار و مددکار گرفتاران مستمندان بود و وقت عزیزش صرف در راه پیروزی اسلام و رفع مشکلات انقلاب می‌شد و برای خدمت به خلق و انقلاب سر از پا نمی‌شناخت.»
وسلام علیه یوم ولد و یوم یموت و یوم یبعث حیا