حرکت فدائیان اسلام «یک حرکت اسلامى و ضد استعمارى و ضد استبدادى بود و حرکت مغتنم و بزرگى بود. منتها این‌ها مظلوم و غریب بودند. کار این‌ها آن روز خیلى دشوار بود.» حرکتی که تأثیر زیادی بر آیت‌الله خامنه‌ای که آن زمان طلبه‌ای نوجوان بود گذاشت: «همان‌وقت جرقه‌های انگیزش انقلاب اسلامی ‌به وسیله‌ نواب صفوی در من به وجود آمده و هیچ شکی ندارم که اولین آتش را مرحوم نواب در دل ما روشن کرد.» پایگاه اطلاع‌رسانی رهبر معظم انقلاب در آستانه‌ سالروز شهادت سیدمجتبی نواب صفوی و یارانش، در گزارشی به روایت دیدار رهبر انقلاب در دوران نوجوانی با این روحانی مؤمن و مبارز و شجاع و تأثیرپذیری ایشان از این شهید عزیز می‌پردازد.
« بازجو: متوجه باشید که این‌جا محل وعظ و خطابه و یا بحث درباره‌ اصول دین و توحید نیست. از شما درباره‌ اعمال خلاف فدائیان اسلام که به رهبری شما مرتکب شده‌اند، سؤال شد. بنابراین از تشریح وظایف دینی افراد خودداری کنید. چون هر کسی وظائف دینی‌اش را انجام می‌دهد. پرسیده شد تاریخ تأسیس فدائیان اسلام چه وقت بود؟
متهم: ما جز دین خدا، فرمان و حکمی نداریم و بحمدالله مسلمانیم و ان‌شاءالله خلاف دستور خدا عمل نکرده‌ایم و نمی‌کنیم. و اما تأسیس ظاهری فدائیان اسلام - با توجه به اینکه هر مسلمان صادقی، فدائی اسلام است- از وقتی است که با دین و معارف خدای عزیز آشنا شدم و حس فداکاری در راه دین خدا در من پدید آمد. تشکیل ظاهری فدائیان اسلام از سال ۱۳۲۱ (ﻫ.ش) بوده است؛ به یاری خدای توانا. سید مجتبی نواب صفوی.» (متن بازجویی از شهید)
پس از تأسیس جمعیت فدائیان اسلام و اعدام انقلابی احمد کسروی (مورخ ضد دین)، نواب صفوی و یارانش به منظور جذب جوانان مذهبی و اجرای تبلیغات دینی همواره به نقاط مختلف ایران سفر می‌کردند. این سفرها تا آخرین روزهای زندگی‌ نواب ادامه داشت. آخرین دور این سفرها را در بهمن ۱۳۳۱ و هنگامی شروع کردند که نواب صفوی پس از بیست ماه بازداشت به میان یاران خود برگشته بود. بهانه‌ این دستگیری و زندان طولانی او تعجب‌برانگیز بود؛ متهمش کرده بودند که چندین سال قبل، با نطق شدیداللحنی در شهرستان ساری، باعث شده مردم مسلمان به هیجان بیایند و شیشه‌های مشروبات الکلی بعضی مغازه‌های مشروب‌فروشی را بشکنند. صاحب مغازه‌ها شکایت کرده بودند و حالا باید کیفر آن را پس می‌داد. دلیل اصلی دستگیری نواب ‌اما ترس مصدق از او بود.
از فردای روز این آخرین آزادی، علاقه‌مندانش دسته‌دسته به دیدارش می‌آمدند و آمادگی‌شان را برای مبارزه در راه اهداف جمعیت اعلام می‌کردند. نواب و یارانش در روزهای پایانی سال ۱۳۳۱ به شهرهایی مانند ری، قم و کاشان رفتند و برگشتند. در اواسط فروردین ۱۳۳۲ نیز همراه ۳۰ تن از یارانش، تهران را به مقصد مشهد ترک کرد. اتوبوس آنها در شهرهای بین راه توقف‌هایی کوتاه داشت تا مردم بتوانند سید مجتبی را -که سودای برقراری حکومت اسلامی را در سر داشت - از نزدیک ببینند و سخنانش را بشنوند. حتی پان‌ایرانیست‌ها نیز به پیشواز نواب می‌آمدند.
عصر روز بیست‌و‌یک فروردین ۱۳۳۲ نواب و همراهانش، با استقبال صدها علاقه‌مند که چندین کیلومتر دورتر از شهر آمده بودند، وارد مشهد شدند. آنها در حالی به حرم مطهر رضوی مشرف شدند که جمعیت بسیاری در مسیرشان ازدحام کرده بودند و پیوسته صلوات می‌فرستادند. طی دو روزی که نواب در مهدیه مستقر بود، اقشار و گروه‌های مختلفی به دیدار او ‌آمدند. او در این دیدارها معمولاً حضار را به اتحاد و یگانگی می‌خواند و مردم را از گذاشتن کلاه شاپو و تراشیدن ریش منع می‌کرد. ملاقات‌کنندگان هم با ذبح گاو و گوسفند و گرفتن عکس‌ با او احساساتشان را ابراز می‌کردند.
با آنکه نواب صفوی در سخنرانی‌هایش از ارشاد و تبلیغ دینی فراتر نمی‌رفت، باز هم گروهی از فعالان مذهبی شهر نتوانستند نگرانی خود را پنهان سازند. آنها از او خواستند اظهاراتی در مورد سیاست نکند، زیرا با این کار او، ممکن بود آرامش این شهر مذهبی و آرام مختل شود و اشخاص مشکوک و ماجراجو از آن موقعیت سوءاستفاده کنند. نواب اما در پاسخ می‌گفت: من منظور خاصی جز تبلیغ دین ندارم و برای زیارت آمده‌ام.
رهبر فدائیان اسلام در روزهای آخرین توقفش در مشهد، علاوه بر دیدار با مردم، به مدارس علوم دینی رفت. به منازل برخی علما هم رفت و با آنان دیدار کرد. نواب در این سفر «کربلایی محمدکاظم کریمی» - نابینایی که به صورت معجزه‌آسا حافظ قرآن شده بود - را به همراه خود آورده بود تا وی را به‌عنوان شاهدی بر حقانیت دین به همگان معرفی کند. به این ترتیب سفر نواب به مشهد، سرانجام در پایان فروردین بدون «هیچ اتفاق سوئی» پایان یافت. حکومت اما از تأثیر عمیق نواب بر جوانان بی‌خبر بود. یا خبر داشت و کاری از دستش برنمی‌آمد.
سیدعلی‌آقای چهارده‌ساله هم آوازه‌ نواب را دورادور شنیده بود و تصویری متناسب با سن خود از او در ذهن داشت؛ مردی بلندقد، پرهیبت، چهارشانه و حماسی. جاذبه‌ای پنهان او را به سوی نواب می‌کشاند که قرار بود در مهدیه‌ علی‌اصغر عابدزاده سخنرانی کند. به گوش آقاسیدعلی رسید: «بسیار علاقه‌مند شدم که نواب را ببینم. خواستم بروم مهدیه، ولی نتوانستم [...] بلد نبودم.» (شرح اسم، ص۵۶)
نواب در مدرسه
 سلیمان خان
روزی دیگر شنید که نواب به مدرسه‌ سلیمان‌خان می‌آید؛ همان‌ مدرسه‌ای که سیدعلی در آن‌ درس می‌خواند: «شروع کردیم مدرسه را آب و جارو کردن و آماده‌شدن [...] آن روز جزء روزهای فراموش‌نشدنی من است. [...] وقتی آمد، دیدم که یک آدمی ‌است قدکوتاه و ریزنقش، با یک عمامه‌ مخصوص، به همراه عده‌ای فدائیان اسلام که مسلّح هم بودند، با کلاه‌های پوستی مخصوص‌شان. آنها نواب را به شکل نیم‌دایره احاطه کرده بودند. سخنرانی نواب مثل سخنرانی‌های معمولی نبود. او بلند می‌شد می‌ایستاد و با شعار شروع به حرف‌زدن می‌کرد و همین‌‌طور پرکوب و شعاری صحبت می‌کرد.» (شرح اسم، ص۵۷)
سید نوجوان از لابه‌لای جمعیت خود را به نزدیک نواب رساند و از فاصله‌ کوتاهی محو تماشای او شد. حرف‌هایی می‌شنید که پیش از آن به گوشش نخورده بود: «بنا کرده بود به شاه و دستگاه‌های انگلیس بدگویی‌کردن. حرفش [...] این بود: اسلام باید زنده شود؛ اسلام باید حکومت کند و‌ این کسانی که در رأس کار هستند [...] دروغ می‌گویند.‌ اینان مسلمان نیستند.» (شرح اسم، ص۵۷)
دیداری که تصورات را نسبت به نواب در هم ریخت
این دیدار ، تصورات آقاسیدعلی را نسبت به نواب در هم ریخت، اما شیفتگی باطنی او نسبت به رهبر فدائیان اسلام شکل و شمایل تازه‌ای یافت. تا جایی که حس کرد دوست دارد همیشه با نواب باشد. در‌ این جلسه یکی از اطرافیان نواب، لیوانی پر از شربت آب‌لیمو به دست گرفت و با‌ این تعبیر که‌ «این شربت شهادت است»، به حاضران چشاند. شور و هیجانی درگرفت. نوبت سیدعلی که رسید، باقیمانده‌ شربت با قاشق به دهان مشتاقان حاضر ریخته می‌شد: «وقتی به من شربت داد، گفت بخور؛ ان‌شاءالله هرکسی ‌این شربت را بخورد، شهید می‌شود.» (گفت‌وگو با آیت‌الله خامنه‌ای 1363/10/22) این‌گونه شهادت‌طلبی‌ها در آن روزها خیلی باب نبود. اصلاً مفهوم عام شهادت را بیشتر به حساب شهدای صدر اسلام می‌گذاشتند.
فردای آن روز نواب صفوی به مدرسه‌ علمیه‌ نواب رفت. مردم مطلع شده بودند که فدائیان اسلام به مدرسه می‌‌آیند و آمدند و ازدحام بزرگی برپا شد. مردم و طلبه‌ها و جوان‌ها مثل آهن‌ربا جذب مرحوم نواب مى‌شدند. سیدعلی خود را زودتر از موعد به آن‌جا رساند. دید که مدرسه را فرش کرده‌اند و آماده‌ استقبال هستند. پرس‌وجو کرد، گفتند نواب مهدیه را‌ ترک کرده و در راه است. رفت تا زودتر او را ببیند. دید که از دور می‌آید.
نیم‌دایره‌ای دور نواب در پیاده‌رو درست کرده بودند. پشت سرش هم جمعیت مشتاق زیادی او را همراهی می‌کردند. سیدعلی خود را به او نزدیک کرد و با او همقدم شد: «نواب در حال راه‌رفتن هم شعار می‌داد ... یک منبر در راه شروع کرده بود. [می‌گفت:] ما باید اسلام را حاکم کنیم. برادر مسلمان، برادر غیرتمند، اسلام باید حکومت کند. [...] می‌رسید به افرادی که کروات گردنشان بود، می‌گفت: ‌این بند را اجانب به گردن ما انداخته‌اند، برادر باز کن. می‌رسید به کسانی که کلاه شاپو سرشان بود، می‌گفت‌: این کلاه را اجانب بر سر ما گذاشته‌اند، بردار برادر.» (منصوری، تاریخ شفاهی کانون نشر حقایق اسلامی) سیدعلی می‌دید کسانی را که در شعاع صدا و اشاره‌ دست او قرار داشتند، کلاه شاپو خود را برمی‌داشتند و در جیب‌هایشان مچاله می‌کردند: «یک تکه آتش بود.» (شرح اسم، ص۵۸)
رهبر فدائیان در میان یاران خود به مدرسه رسید. در کنار پایه‌ طاق بلند جلوی مدرسه رو به قبله ایستاد. به دیوار تکیه داد و سخنانش را آغاز کرد؛ در باب توحید و توجه به ذات اقدس الهی. سخنان شورانگیز او مخاطبانش را تسخیر می‌کرد. نه اینکه همه‌اش درباره‌ سیاست حرف بزند، نصیحت هم مى‌کرد: «أکثِرْ مِنَ الزّاد فإنّ الطّریقَ بعیدٌ بعیدٌ و جَدّدِ السفینهًْ فَإنَّ البَحرَ عَمیقٌ عمیقٌ»؛ این جملات را با صوت مى‌خواند و همه را به یاد خدا و قیامت و یاد مؤاخذه‌ الهى می‌انداخت.
معلوم نیست نواب هنگام سخنرانی در مدرسه‌ نواب متوجه سید قباپوش عمامه به‌سری که روبه‌رویش نشسته بود، شده بود یا نه، اما آن نوجوان سراپا مسحور نواب بود. چه‌بسا از خود می‌پرسید که ‌این بشر چطور می‌تواند با همه‌ وجودش، با همه‌ اعضای بدنش، با سر و زبان و دست و پا، با ‌این همه جنبش و خروش سخن براند و حاضران را به وجد آورد؟!
سخنان نواب در حال و هوایی معنوی به پایان رسید. پس از لحظاتی تصمیم گرفت برود. از کنار حجره‌های مدرسه به راه افتاد. با همه خداحافظی و معانقه کرد. هنگامی که به ضلع شمال غربی مدرسه رسید، مؤذن از گلدسته‌ مدرسه اذان گفت. نواب نیز همراه با مؤذن و با صدایی گیرا اذان گفت. آن‌گاه روی زمین حیاط مدرسه به نماز ایستاد. چند تن پشت سرش به او اقتدا کردند و صفی تشکیل شد. در نماز حالتی عجیب داشت؛ ذکر رکوع و سجده‌اش و کلمات تشهدش شنیدنی بود. نمازش که تمام شد، باز راه‌افتاد. با مردم صمیمانه خداحافظی کرد. به درِ مدرسه رسید و از پله‌هایی که مدرسه را به خیابان نادری وصل می‌کرد، بالا رفت. انبوه جمعیت -از جمله طلاب- گرداگرد او در راهرو مدرسه موج می‌زدند. همان‌جور که رو به خیابان و پشت به مدرسه از پله‌ها بالا می‌رفت، برگشت و گفت: «نُوّاب خاصّ امام زمان باشید.» با این جمله‌اش طلاب را به عظمت راه و کاری که در پیش داشتند، متوجه می‌ساخت. سپس چند پله‌ دیگر بالا رفت و باز روی خود را سمت طلاب برگرداند و گفت: «در تهجّدها دعا کنید.» این سخن را طوری ادا کرد که گویی بنا را بر این نهاده که همگان اهل تهجدند و بنابراین بهتر است که در تهجدها دعا کنند.
شور ، بی‌باکی و صراحت نواب
این‌همه شور و بی‌باکی و صراحت و تازگی برای آقاسیدعلی نوجوان گیرا و جاذب بود: «همان‌وقت جرقه‌های انگیزش انقلاب اسلامی ‌به وسیله‌ نواب صفوی در من به وجود آمده و هیچ شکی ندارم که اولین آتش را مرحوم نواب در دل ما روشن کرد.» (مرکز اسناد، خاطرات سیدعلی خامنه‌ای) نواب صفوی در آن سفر، ۹ روز در مشهد ماند. آخرین شب، جمعه‌شبی بود. در آن ایام، حرم مطهر را چند ساعتی در اواخر شب می‌بستند. او اجازه خواست که آن شب را تا صبح در حرم بماند. اجازه دادند و او آن شب را تا صبح در حرم ماند و به عبادت و تهجد پرداخت.
با آنکه نواب سن زیادی نداشت، عالمانی همچون شیخ هاشم قزوینی، شیخ مجتبی قزوینی و علی‌اکبر الهیان تنکابنی نام او را به گرمی می‌بردند. «در همین مدرسه‌ نواب که هنوز آهنگ صداى او را در گوش داشت، دیدنى بود دور هم گردآمدن گروه‌هاى کوچک طلبه در مقام ابراز عصبانیت و نه وحشت از دستگیرى نواب و خطر اعدامش و بعد از شهادت، اگر بدانید که در مدرسه‌ نواب آن روزهایى که من از آن یاد مى‌کنم، همان اوقاتى که مرحوم نواب را دستگیر کرده بودند و صحبت این بود که ممکن است اعدام بکنند و این‌ها چه حالتى داشتند؛ طلبه‌هاى گوناگونى دور هم جمع مى‌شدند، ساعت‌هاى متمادى حرف مى‌زدند؛ البته حرف بى‌فرجام.» (گفت‌وگو با آیت‌الله خامنه‌ای 1363/10/22)
اواخر دی ماه ۱۳۳۴ بود که خبر شهادتش به مشهد رسید. سیدعلی و طلبه‌های هم‌دوره‌ او از خشم و غم منقلب شده بودند. مدرسه نواب آن روز حرف‌هایی را شنید که شاید تا پیش از آن هرگز به گوشش نخورده بود: «علناً توی مدرسه شعار و به شاه فحش می‌دادیم.» (شرح اسم، ص۶۳)
از سایه‌ سنگین کودتای ۲۸ مرداد ۱۳۳۲، دو سال بیشتر نگذشته بود. خبر اعدام نواب و هم‌قطاران او در شهر مشهد موج نداشت. صدایی در پاسداشت خون‌های به زمین ریخته برنخاست، مگر فریاد چند طلبه‌ جوان که از زیر سقف مدرسه‌ نواب آن طرف‌تر نرفت. همچنین زمزمه‌های غمگنانه‌ حاج شیخ‌هاشم قزوینی.
اما طلبه‌ نوجوان مدرسه‌ سلیمان‌خان که حالا دیگر از استوانه‌های انقلاب بود، درباره‌ شهید نواب صفوی نظر دیگری داشت : «یک روحانى جوانى بود، درد دین داشت. از نجف پا شد آمد ایران. دید کسروى این‌جا فساد مى‌کند. کسروى را خودش زد به قصد کشتن که نمرد البته. بعد مُرد. و بعد یک عده‌اى را دور خودش جمع کرد به نام فدائیان اسلام. فدائیان اسلام در روى کار آوردن دکتر مصدق نقش مهمى داشتند و کمک کردند به مرحوم آیت‌الله کاشانى و دکتر مصدق. تا اینکه حکومت دکتر مصدق روى کار آمد. بعد البته میانه‌شان با دکتر مصدق به هم خورد. آنچه که این‌ها مى‌خواستند، او [آن] را دیدند تأمین نشد و مدتى بودند تا اینکه دوران دکتر مصدق هم گذشت. دوران اختناق مجدداً پیش آمد، این‌ها مبارزاتشان را تشدید کردند و تحت تعقیب جدى دستگاه ساواک که آن‌وقت تازه تشکیل شده بود در سال ۳۴، قرار گرفتند و هیچى، این‌ها را گرفتند و اعدام کردند و شهید کردند. حرکتشان یک حرکت اسلامى بود و ضد استعمارى و ضد استبدادى بود و حرکت مغتنم و بزرگى بود. منتها این‌ها مظلوم و غریب بودند. کار این‌ها آن روز خیلى دشوار بود. مردم مى‌ترسیدند دور این‌ها بروند.
مرحوم نواب صفوى و یارانش شخصیت‌هاى برجسته و انسان‌هاى بزرگى بودند و بعد هم با غربت شهید شدند. یعنى شهادت آنها با شهادت فردى که در میدان جنگ، با هیجان و هلهله و تحسین و تشویق بجنگد، چند نفر را بزند و زمین بیندازد و بعد با یک خمپاره شهید شود، فرق مى‌کند. اینکه در دوران اختناق محض، زن و بچه‌ انسانى را تهدید کنند، همه‌ زندگى‌اش در خطر باشد، آرامش نداشته باشد، هر شب یک جا بخوابد و بعد او را بگیرند و ببرند و ماه‌ها شکنجه‌اش کنند -آن هم بدترین شکنجه‌ها- و در تمام این مدت که زیر شکنجه است، همان هیجان و روحیه را حفظ کند و در زندان هم حتى افراد را پیش ببرد و رهبرى کند و درنهایت خودش و نزدیک‌ترین یارانش را اعدام کنند، با شهادت فردى که در میدان جنگ مى‌رزمد و بعد شهید مى‌شود، متفاوت است.» (جلسه پرسش و پاسخ 1360/2/12)