در سال 59 آقای سید حسین خمینی که نوه امام بود در زمانی که اختلافات بین بنی‌صدر و شهید رجایی تشدید شده بود، آقای سید حسین خمینی می‌رود در مشهد به نفع بنی‌صدر سخنرانی می‌کند.
مردم به او حمله کردند و می‌خواستند وی را بزنند و او که مسلح بوده، دست به سلاح کمری‌اش می‌برد، بچه‌های کمیته جلوی او را می‌گیرند وبه یک اتاق دیگرمی‌برند. از همانجا مسئولین کمیته با دفتر امام تماس می‌گیرند.
پیغام به امام داده می‌شود که آقای سید حسین خمینی، نوه شما در مشهد از بنی‌صدر دفاع کرده مردم به او هجوم آوردند، دست به اسلحه برده، ما چه کار کنیم.؟ امام به مرحوم آیت‌الله‌اشراقی می‌فرمایند که به مسئولین کمیته مشهد پیغام دهید که سید حسین خمینی تحت‌الحفظ به تهران اعزام شود و اگر دست به سلاحش برد او را با تیر بزنند.
آقای‌اشراقی به دفتر می‌آید و از طریق آقای رحمانی که بعدها نماینده امام در نیروی انتظامی شدند، به بچه‌های کمیته پیغام می‌دهند. ولی بخش دوم پیام امام را آقای‌اشراقی نمی‌دهد و فقط می‌گوید امام گفته آقای سید حسین خمینی تحت‌الحفظ به تهران اعزام شود.
وقتی ایشان پیش امام برمی‌گردد امام می‌پرسد شما دستور من را ابلاغ کردی. ایشان می‌گوید بله. امام گفت آقای‌اشراقی؛ کامل ابلاغ کردی؟ آقای‌اشراقی که نمی‌توانسته دروغ بگوید می‌گوید نه من قسمت دومش را نگفتم. امام به آقای‌اشراقی می‌فرمایند بر می‌گردی مجدد تلفن می‌زنی و هر دو قسمت پیام من را می‌دهید.سید حسین خمینی تحت‌الحفظ به تهران اعزام شود و اگر دست به سلاحش زد با تیر او را بزنید.
سید حمید روحانی؛ روزنامه جمهوری اسلامی
 دهم شهریور ۱۳۷۸ صفحه ۱۳