این مرجع تقلید در دیدار رئیس ‌و اعضای کمیته مرکزی آزاداندیشی حوزه‌های علمیه با تقدیر از برنامه‌ریزی برای مسئله آزاداندیشی در حوزه، اجرا شدن با انضباط این کار را امری ضروری دانست.
وی افزود: مسئله آزاداندیشی در حوزه‌ها اصل بوده و بهترین دلیل آن درس‌های خارج و سطح عالی حوزه است که شاگردان با کمال آزادی ‌اشکالات و نظرات خود را در دروس گوناگون مطرح می‌کنند.
آیت‌الله مکارم شیرازی با بیان اینکه رابطه استاد و شاگرد، سؤال و جواب و‌ اشکال کردن جایگاه ویژه‌ای در حوزه دارد، بیان داشت: وقتی علامه طباطبایی المیزان را نوشتند، از من برای ترجمه جلد اول آن دعوت کردند.
استاد درس خارج حوزه ادامه داد: به ایشان گفتم اگر نظرم با شما متفاوت باشد تکلیف چه می‌شود، ایشان فرمود اگر بعد از جواب شفاهی قانع نشدید، ‌اشکال خود و جواب من را در پاورقی بنویسید که این مسئله نشانه آزاداندیشی است.
به گزارش رسا، این مرجع تقلید با تأکید بر اینکه آزاداندیشی افتخاری برای حوزه‌های علمیه است، ابراز داشت: در طول تاریخ حوزه این مسائل بوده البته باید تحت انضباط باشد؛ در زمان امروز گاهی برخی برای آزاداندیشی خط قرمزی قائل نیستند در حالی که خطوط قرمز باید مشخص بوده و نظارت وجود داشته باشد.
وی اظهار داشت: در زمان ما شبهه‌افکنی بیش از هر زمان دیگری است از این رو مراکز آزاداندیشی باید دقت بیشتری داشته باشند که شبهات، جلسات را تحت‌الشعاع قرار ندهد و نتیجه معکوس نشود؛ بنابراین اصل کار در حوزه وجود داشته اما در زمان حاضر احتیاط بیشتری لازم دارد و باید دقت شود.
آیت‌الله مکارم شیرازی خاطرنشان کرد: باید با دقت در این مسئله گام برداشت و عمل کرد، بررسی عملکرد هم باید وجود داشته باشد تا تصمیمات بهتری گرفته شود.