همين جا شايسته است ياد کنم از اين سخن استاد معظم، حضرت آیت‌الله صانعي، دامت برکاته، که سالها پيش، در جلسه درس در نقد مخالفت آيت‌الله منتظري با حکم امام خميني(ره)، به اين نکته‌اشاره کردند که اين حکم در مقابله با منطق ترور و عليه آن بود و اين نکته مهم و قابل توجهي است که ايشان به آن توجه دادند.
...از نگاه فقهي همان گونه که در روايات چندي آمده و سيره اميرالمؤمنين(ع) در سه جنگ جمل، صفين و نهروان به خوبي شاهد است و فقهاي ما از گذشته تا حال از جمله آیت‌الله منتظري تصريح کرده‌اند، کساني از مسلمانان که در اقدامي گروهي عليه حاکم و حکومت مشروع اسلامي دست به سلاح ببرند و به جنگ و مقابله با آن بپردازند، هرچند اهل عمل به ظواهر اسلامي مانند نماز و روزه باشند، با شرايطي در شمار باغيان قرار ميگيرند و مشمول احکام آن خواهند بود که به تفصيل در منابع فقهي آمده است. يکي از اين احکام مربوط به چگونگي رفتار با اسيران، زخميان و فراريان گروه باغي از جمله پس از شکست در جنگ است.
فقهاي ما به روشني و با اتفاق نظر در اين موضوع، ميان باغيان زخمي و اسير و فراري که به رغم شکست در جنگ، همچنان داراي گروه و مرکزي هستند که بتوانند گرد آن آيند، مانند سپاه معاويه در جنگ صفين، حتي اگر آن گروه باقيمانده چند نفر هم باشند که توان سازماندهي دوباره را داشته باشند، و ميان کساني که گروهشان کاملاً از هم پاشيده و قدرت سازماندهي دوباره را ندارند يا چنين قصدي ندارند، مانند گروه شکست‌خورده و از هم‌پاشيده جمل و خوارج فرق گذاشته‌اند.
 در فرض نخست همان گونه که در روايت حفص بن غياث آمده، اسيران کشته مي‌شوند، فراريان رها گذاشته نمي‌شوند تا کشته شوند و زخميان نيز کارشان تمام مي‌شود و باقي گذاشته نمي‌شوند؛ چنان‌که اميرالمؤمنين(ع) با برخي اسراي صفين چنين کرد. در صورت دوم، که خطري از سوي اين بازماندگان حکومت و جامعه اسلامي را تهديد نمي‌کند، با فروکش کردن جنگ و از هم پاشيدن کامل گروه باغي، کسي نبايد متعرض آنان شود؛ چنان‌که در هر حال نبايد متعرض زنان و کودکان و سالخوردگاني از آنان که توان جنگ ندارند، شد.
...اينکه حضرت امام خميني(ره) در برخورد با زندانيان موضوع بحث، ميان کساني که همچنان بر موضع خود در وابستگي به سازمان منافقين و حمايت از آن پافشاري ميکردند و ديگراني که بر سر موضع خود نبودند، فرق گذاشتند، به همين ملاک شرعي برمي‌گردد که با وجود بقاي مرکزيت منافقان، آن هم در سايه جاسوسي و مزدوري براي رژيم متجاوز بعثي و همراهي با جنايتکاران حاکم بر عراق و سران ارتجاع منطقه و دشمنان نظام و کشور و در سايه حمايت آنان، آن دسته از منافقاني که سر موضع خود بودند، در شمار دسته نخست بودند و از نگاه فقهي فرقي نمي‌کند که اينان پيش از شروع جنگ بازداشت و اسير شده باشند يا هنگام آن يا پس از آن و اينکه به دليل ارتکاب جرم محاکمه شده باشند يا نه.»
بررسي چندباره پرونده ها
مسئله ديگر، بازبيني دوباره پرونده ها مي باشد. رسيدگي دوباره به پرونده ها از مهم‌ترين مسائل مورد توجه مجريان حکم بود. حجت الاسلام رازيني در مورد مسئله محاکمه دوباره منافقين چنين اظهار مي دارد:
 «يکي از بهانه‌ها اين بود که مثلاً گروهي از زندانيان که حکم‌هاي يکساله داشتند و دوره محکوميت آنها نيز تمام شده بود به دليل اين که همچنان با منافقين در ارتباط بودند از زندان آزاد نشده بودند و صحبت شهيد لاجوردي هم اين بود که اگر اينها را رها کنيم فردا بايد دوباره با صرف هزينه اينها را در خانه‌هاي تيمي دستگير کنيم. بنده آمدم مشخصاً با اين 1000 نفر مصاحبه کردم. تعدادي از اينها فعاليت گروهي داشتند مثلاً در همان زمان که در زندان هم بودند اعلاميه پخش مي‌کردند و زندانيان را تحريک مي‌کردند.
ما گفتيم اينهايي که چنين اقداماتي در زندان انجام داده‌اند را دوباره بازجويي کنيم تا به اقدامات داخل زندان خود اعتراف کنند تا دليل منطقي براي تجديد محاکمه آنها داشته باشيم. بنابراين پس از بررسي‌هاي دقيق و گزارش‌هاي مکتوب با کيفرخواست‌هايي که براي آنها تهيه شد دوباره دادگاه برگزار کرديم و دادگاه دوباره راي داد و کساني که جرمشان محرز شد به حبس‌هاي اضافه 3 سال، 5 سال و... محکوم شدند. تعدادي ديگر نيز با تعهد گرفتن از آنها رها شدند و يک تعدادي بودند که در دست بررسي بودند.»
وی اخيراً در برنامه دستخط، بار ديگر به بازبيني پرونده هاي زندانيان در فرايند رسيدگي، تأکيد کرد:
«مي‌گفتند امام چرا اين دستور را دادند يا به آن قضاتي که اجرا کردند، ايراد مي‌گرفتند که چرا با اين افراد برخورد کرديد و حرف و شبهه اين بود که قبلا حکم درباره اينها صادر شده بود و وقتي حکم صادر شد، دوباره نمي‌توان مجازاتشان کرد. يعني کسي که جرمي مرتکب شد، براي آن جرم دو بار مجازات نمي‌شود. يک بار به حبس محکوم شد و تمام مي‌شود؛ حرف اين بود.
 درحالي‌که اينها ‌اشتباه مي‌کردند. اينها براي جرائم جديدشان رسيدگي شدند و رسيدگي انجام شد؛ يعني در واقع سه نفر قاضي جلسه و هیئتی‌ گذاشتند و حرکات و فعاليت‌هاي آن فرد را بررسي مي‌کردند و بعد نظر مي‌دادند؛ ولي دادگاه خيلي سريع بود و در فرصت کمي اين کار انجام شد؛ چون زماني بود که منافقين خيز جديدي برداشته بودند و آن زماني بود که عمليات مرصاد انجام شد و از عراق دوباره سازماندهي کردند و آمدند که کشور را فتح کنند و شهرهايي را بگيرند و حکومت ايجاد کنند. در واقع آن زمان امام مصلحت ديدند با کادرهاي اينها برخورد شود. کساني که جرائم جديدي در زندان داشتند، با آن جرائم برخورد شود. سه نفر در هر استان مشخص شدند و يک قاضي محکمه... [آنها در زندان] سازماندهي مي‌کردند براي جذب نيروي جديد و براي فعاليت‌هاي جديد و الحاق به منافقين، وقتي مي‌خواهند بيايند. [اين سازماندهي ها] در برخي استانها گسترده بود.»
حجت الاسلام نکونام جانشين وقت دادستان انقلاب در کرمان نيز درباره بازبيني دوباره پرونده ها مي  گويد:
 «به ضرس قاطع مي‌توانم بگويم که اين افراد در قالب شکل رسمي دادگاه محاکمه شدند، پرونده  آنها را بررسي و مطالعه کرده بودند و با آگاهي از وضعيت سابق شان از آنها سؤال‌هاي بسياري مي‌پرسيدند. سؤالاتي از قبيل اين که براي چه زندان هستي؟ چند وقت است زندان هستي؟ محکوميت تان چقدر است؟ در کجا دستگير شدي؟ اتهامات قبلي تان چه بوده است؟ موضع شما نسبت به منافقين چيست؟ تا صحبت در مورد وضعيت فعلي تفکر در مورد سازمان و اعلام مواضع در رابطه با وقايع روز و اينکه آيا از اعمالي که انجام داده‌اند پشيمان هستند يا نه؟
شايد از هر 20 محکوم يکي يا دو نفر بر مواضع خود مانده بود و پافشاري مي‌کردند. بعضي مي‌گفتند که ما به توبه‌اي که کرده‌ايم پايبند هستيم. بعضي از آنها نشاني مي‌دادند که اگر فلان بند را در فلان روز بازرسي کرديد کار ما بود که اطلاع داديم در اين بند فعل و انفعالاتي است. اصلاً عده زيادي از محکومين به زندان، توسط همين کميسيون به خاطر احراز توبه آزاد شدند. اما در اين ميان عدّه‌اي روي مواضع قبلي پافشاري مي‌کردند و آن هم آدم‌هايي که عمدتاً روحيات جنايتکاري و تروريستي در آنها تبلور و نمود داشت. جلسات محاکمه، جلسات طولاني و بعضاً چند نوبته بود؛ يعني اين که مطرح شود که فقط يک سؤال مي‌کردند درست نيست. در واقع قضاتي که منصوب و معلوم شدند، از قضات متعهد و بنام کشور و از دادستان‌ها و روساي حقوقدان دادگاه‌ها بودند.
گاهي اوقات با يک نفر، پنج تا ده ساعت صحبت مي‌کردند تا به نتيجه برسند و اصل را بر قبول توبه و محکوميت اوليه مي‌گذاشتند؛ يعني کسي که حکم برايش صادر شده همان باشد؛ در واقع اين هیئت‌، هیئت‌ تصميم گير نسبت به استثنائات بود. کساني که در برابر پرونده قبلي که داشتند دوباره اعلام وفاداري به يک سري اقدامات منافقين مي‌کردند، آن هم نه همه آنها، بلکه عدّه‌اي که از قبل دچار جنايت و خون ريزي شده بودند ولي شاکي خصوصي آنها پيدا نشده بود و از طرفي در متلاشي شدن منافقين در کشور هم همکاري ‌کرده بودند.