مراودات حضرت آقا با آیت‌الله موسی شبیری‌زنجانی
از وقتی آقا قم تشریف آوردند، با اخوی، آیت‌الله موسی شبیری‌زنجانی خیلی زیاد انس داشتند. اصلا آقا همیشه از همان قدیم با علما ولو با وجود تفاوت سنی، زیاد سر و کار و انس داشتند. از وقتی قم آمدند مورد توجه بودند، مورد توجه علما و فضلا بودند. با اخوی هم دیگر خیلی زیاد. الان هم تماس زیاد است. حدود دو سال پیش بود که نهارخدمت آقا بودیم و اخوی نیز آنجا بودند. آقازاده‌هاشون سر سفره بودند. آقا به اخوی فرمودند که پسرهای من که طلبه شدند، به آنها نگفتم طلبه بشوند، خودشان انتخاب کردند و البته من از انتخابشان خوشحال شدم. زمانی که یکی از  آنها به قم آمد، من نگفتم بیاید درس شما، خودش درس شما را انتخاب کرد و من از این انتخابش هم خوشحال شدم.
آیت‌الله خامنه‌ای و آیت‌الله شبیری خیلی با هم صمیمی هستند. آیت‌الله شبیری معتقدند که تضعیف این نظام و تضعیف رهبری جایز نیست. این اعتقاد ایشان هست، اما همان‌طور که آیت‌الله گلپایگانی اگر مطلبی داشتند محرمانه به امام‌(ره) نامه می‌نوشتند، اخوی هم همین‌طور، گاهی خصوصی مطالب را برای ایشان می‌نویسند. یک بار سر مسئله‌ای با اخوی صحبت می‌کردم، اخوی قریب به این مضمون گفتند که ایشان (آیت‌الله خامنه‌ای) خیلی بزرگواری دارند و عدالت ایشان بسیار مناسب است.
* آیت‌الله سیدجعفر شبیری‌زنجانی، به نقل از پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله خامنه‌ای