در پی انتشار نامه آیت‌الله آذری‌قمی به رهبر معظم انقلاب و طلب حلالیت از ایشان، برخی مدعی شدند که این نامه از اصالت برخوردار نبوده و چنین نامه‌نگاری صورت نپذیرفته است.
در همین زمینه خبرگزاری فارس اصل نامه مذکور را با دستخط آیت‌الله آذری‌قمی منتشر کرد.
متن نامه‌ آیت‌الله آذری‌قمی به رهبر انقلاب به شرح زیر است:
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای مقام معظم رهبری انقلاب مقدس اسلامی ایران - دامت برکاته -
پس از سلام و تحیت
براساس یک سوء‌ظن و شدت علاقه به نظام مقدس اسلامی، گرفتار یک تلاطم درونی که مرا بین دو محذور - یعنی دو ترک وظیفه مخیر می‌کرد- ناخواسته مبتلا به ضربه‌ای علیه نظام شدم و از این رنج درونی، سرانجام سحر شب یازدهم عاشورا با توسل به
قمر بنی‌هاشم رها شدم و خداوند مرا نجات داد. اکنون جز رضایت خاطر مبارک و ایتمار به اوامر مبارک را نمی‌خواهم. در عین حال، نه جناب‌عالی و نه آقایان حجازی و محمدی را در مظان استجابت دعا فراموش نکردم. خواسته‌ای هم جز خواسته‌هایی را که جناب‌عالی بپسندید، ندارم. تفصیل مطالب را اگر میل مبارک باشد از آقای مسعودی سوال داشته باشید.
احمد آذری قمی
همچنین ادعای اصالت نداشتن نامه آیت‌الله آذری‌قمی در حالی مطرح می‌شود که آیت‌الله سیّد موسی شبیری زنجانی نیز در کتاب جرعه‌ای از دریا به این نامه اشاره کرده است:
«آقای آذری در جهات سیاسی تند بود. بعد از رحلت آقای خمینی، وقتی مجلس خبرگان آقای خامنه‌ای را برای رهبری انتخاب کرد، ظاهراً وقتی آقای خامنه‌ای از پذیرش این بار سنگین استنکاف کرده و پرسیده بود که چه کسی رهبری من را می‌پذیرد، آقای آذری گفته بود: اولین نفر خود من هستم. ولی چندسال بعد، وقتی با آقای خامنه‌ای اختلاف‌نظر پیدا کرد، با ایشان مخالف شد. اواخر عمر هم از این کار خود پشیمان شد و نامه‌ای به ایشان نوشت به این مضمون که: من بر اثر سوءظن به انقلاب به ناراحتی‌ای درونی مبتلا و سحرگاه یازدهم محرم به حضرت قمر بنی‌هاشم متوسل شدم و خداوند مرا از آن مشکل نجات بخشید.»