علامه سید محمد حسین طباطبایی حیاتی پرمرارت و دشوار داشت و هیچ‌گاه از آسیب سختی‌ها و تلاطمات، آسوده نزیست. با این حال همچون رودی خروشان، رنج پیمودن تیه و سنگلاخ را به شوق هم آغوشی با اقیانوس بر خود هموار می‌نمود. 
سید محمدحسین به سال ۱۲۸۱ شمسی در تبریز متولد شد. در پنج سالگی مادر و در
نه سالگی پدر خود را از دست داد و در این سنین که کودکان در آغوش پدر و مادر و در امنیت وجود و گرمای مهرشان می‌بالند، از این دو نعمت بی‌بدیل محروم ماند. وی در آغاز نوجوانی به همراه برادر کوچک‌تر خود سید محمدحسن - این تنها یادگار پدر و مادر - به آموختن علوم دینی روی آورد و به سال ۱۳۰۴ شمسی برای تکمیل تحصیلات به نجف اشرف هجرت نمود و پس از ده سال بر اثر اختلال وضعیت معاش، ناگزیر به مراجعت شد و در زادگاه خود روستای شادآباد تبریز به کشاورزی و کشت و زرع اشتغال یافت. علامه این دوره ده ساله از عمر خود را به علت دوری از حوزه‌های علمیه، دوره خسارت می‌شمارد. سرانجام در فروردین ۱۳۲۵ به قم مهاجرت کرد و ۳۵ سال در حوزه علمیه این شهر به ترویج فلسفه و تفسیر و تربیت نفوس پرداخت تا آنگاه که در ۲۴ آبان‌ماه ۱۳۶۰ به لقاءالله پیوست. 
منتخبی از دیدگاه بزرگانی که خوشه‌چین خرمن علوم او بوده‌اند:
«علامه طباطبایی که یکی از مفاخر کم‌نظیر عالم اسلام بودند، عمری را در راه خدمت به اسلام و معارف اسلامی و تحقیق و تتبّع در این راه صرف کردند. این چشمه جوشان و فیّاضِ دانش و عرفان و تقوای اسلامی، در تعلیم و تربیت شاگردانی که هر یک در عالم اسلام دانشمندی برجسته‌اند، توفیقی کم‌مانند داشته است.» (آیت‌الله خامنه‌ای) 
«علامه انسانی بود وارسته، مهذّب، خوش اخلاق، مهربان، عفیف، متواضع، بی‌هوی و هوس، صبور، بردبار، شیرین‌سخن و خوش‌مجلس. اینجانب حدود ۳۰ سال با استاد حشر و نشر داشتم. در طول این مدت به یاد ندارم حتی یک مرتبه عصبانی شده یا کوچک‌ترین سخن تند یا توهین‌آمیزی را بر زبان جاری ساخته باشد. 
کارهای علمی استاد در یک سطح نبود از یک طرف عالی‌ترین مطالب را در تفسیر می‌نوشت و دقیق‌ترین مطالب فلسفی را برای افاضل طلاب و اساتید دانشگاه و دانشمندان خارجی مانند پرفسور کُربَن فرانسوی بیان می‌کرد و از طرف دیگر حقایق و معارف دین را در سطح پایین حتی برای دانش‌آموزان مدارس به نگارش درمی‌آورد. استاد جز مباحث علمی، اشتغالی نداشت. آنقدر فکر و مطالعه کرد که پزشکان معالج در باره کسالتش گفتند سلول‌های مغزی او به مقدار توانایی خودشان کار کرده‌اند و دیگر تاب تحمل درک مطالب تازه را ندارند یا به تعبیر پزشکی اشباع شده‌اند!
استاد دارای طبعی بسیار لطیف بود و به مناظر زیبا و درخت و سبزه و گل علاقه داشت. به پیامبر و ائمه اطهار سلام‌الله‌علیهم بسیار عشق می‌ورزید و با کمال ادب و احترام از آنها نام می‌برد. در مجالس روضه‌خوانی شرکت می‌کرد و برای مصائب اهل‌بیت شدیداً اشک می‌ریخت. در روزهای آخر عمرش دیگر به امور دنیا توجهی نداشت و در عالم دیگری سیر می‌کرد. از دنیا بریده و به جهان دیگر پیوسته بود. در روزهای آخر عمرش حتی به آب و غذا هم توجه نداشت.(آیت‌الله ابراهیم امینی)
«استاد طباطبایی نقش مهمی در شناساندن اسلام و مذهب شیعه و فلسفه و عرفان اسلامی به جهانیان داشتند و چندین کتاب به درخواست پرفسور کربن در پاسخ‌ سؤالات وی نوشتند و بعضی از آنها به زبان‌های زنده دنیا ترجمه شده است. به حق باید ایشان را بزرگ‌ترین افتخار حوزه علمیه قم بلکه بزرگ‌ترین شخصیت علمی جهان اسلام در این عصر شمرد که در احیای تفکر اسلامی صحیح و مبارزه با انحرافات و بدعت‌ها و شناساندن اسلام راستین که در مکتب اهل‌بیت عصمت تبلور یافته است، تأثیر فوق‌العاده‌ای داشت و همین بس که امروز اغلب رجال علمی و سیاسی و روحانی کشور که چرخ انقلاب عظیم اسلامی را به گردش درآورده‌اند از شاگردان بی‌واسطه یا باواسطه ایشان هستند.»(آیت‌الله مصباح یزدی)
«علامه طباطبایی این مرد بسیار بسیار بزرگ و ارزنده، کسی است که صد سال دیگر تازه باید بنشینند و افکار او را تجزیه و تحلیل کنند و به ارزش او پی ببرند. این مرد واقعا از خدمتگزاران بسیار بزرگ اسلام است. اولا مجسمه تقوا و مجسمه تهذیب نفس است. در تهذیب نفس و تقوا مقامات بسیار عالی را طی کرده است. من سالیان دراز از فیض محضر این مرد بزرگ بهره‌مند بوده‌ام. و می‌توانم ادعا کنم کتاب تفسیر المیزان ایشان از یک جنبه‌های خاصی، بهترین تفسیری است که در میان شیعه و سنی از صدر اسلام تا امروز نوشته شده است.» (شهید مطهری)
«استاد بارها اظهار می‌کرد فلسفه فارابی هم از عمق حکمت متعالیه که خود جمع بین برهانِ مشائی و شهود اشراقی می‌باشد برخوردار است و هم از تحلیل منطقی بوعلی. و می‌فرمود فارابی عصاره‌ای از مجموع بوعلی و ملاصدرا است. اگر اندیشمند باهوشی ضمن تحلیل عقلیِ همگام دل، قدمی به سوی وحی آسمانی در پهنه تفسیر وسیع علامه بردارد، خواهد یافت که اگر استاد طباطبایی را فارابی عصر بنامیم سخنی به گزاف نگفته‌ایم.» (آیت‌الله جوادی آملی)
«با آنکه اسرار الهی در دل تابناک او موج می‌زد، سیمایی بشّاش و گشاده و زبانی خموش و صدایی آرام داشت و پیوسته به حال تفکر بود و گاهگاهی لبخند لطیف بر لب‌ها داشت.
حضرت علامه آیتی بود عظیم! نه فقط از منظر فلسفه و احاطه به تفسیر قرآن کریم و فهم حدیث و پی بردن به عمق معنی و مراد و نه تنها از نظر جامعیت ایشان در سایر علوم و احاطه به عقل و نقل بلکه از منظر توحید و معارف الهی و واردات قلبی و مکاشفات توحیدی و مشاهدات الهی قدسی و مقام تمکین و استقرار جَلَوات ذاتی در تمام عوالم و زوایای نفس.
خط نستعلیق و شکسته ایشان از بهترین و شیواترین خط اساتید خط بود. در علوم غریبه، در رمل و جفر وارد بودند ولی دیده نشد که عمل کنند در علم اعداد و حساب و جُمَل به ابجد و طرق مختلف آن مهارتی عجیب داشتند در جبر و مقابله و هندسه فضایی و مسطح و حساب استدلالی، سهمی بسزا داشتند و در هیئت قدیم استاد بودند. آن‌طور که به آسانی می‌توانستند استخراج تقویم کنند. علامه طباطبایی در ادبیات عرب و معانی و بیان و بدیع و نیز در فقه و اصول استاد بودند و دوره‌هایی از فقه و اصول را نزد استادانی چون مرحوم آیت‌الله نائینی و مرحوم شیخ محمدحسین غروی معروف به کمپانی خوانده بودند و نیز از فقه آیت‌الله اصفهانی بهره‌مند شده‌اند و استاد وحید ایشان در فلسفه حکیم مُتألّهِ معروف، مرحوم آقا سید حسین بادکوبه‌ای بوده است. 
اما معارف الهی و اخلاق و فقه الحدیث را نزد عارف عالیقدر و کم‌نظیر یا بی‌نظیر مرحوم آیت‌الحق حاج میرزا علی آقا قاضی آموخته‌اند و در سیر و سلوک و مجاهدات نفسانیه و ریاضات شرعیه تحت نظر و تعلیم و تربیت آن استاد کامل بوده‌اند. مرحوم قاضی در تفسیر قرآن و معانی آن ید طولایی داشت و مرحوم استاد ما علامه طباطبایی می‌فرمودند این سبک تفسیر آیه به آیه را مرحوم قاضی به ما تعلیم دادند و ما در تفسیر از مسیر و روش ایشان پیروی می‌کنیم. 
از شیخ جواد مغنیه نقل است که می‌گفت از وقتی که المیزان به دست من رسیده است کتابخانه من تعطیل شده و پیوسته در روی میز مطالعه من المیزان است. نیز رئیس انجمن فرهنگی مصر، شیخ فحّام و معاون او در مشهد نزد آیت‌الله میلانی آمدند و از جمله سخنان‌شان این بود که ما تفسیر المیزان را بهترین تفاسیر یافته‌ایم و تا جلد هجدهم آن را مطالعه کرده‌ایم و دو مجلد دیگر آن را نیافته‌ایم... آنگاه آیت‌الله میلانی جلد ۱۹ و ۲۰ المیزان را تهیه کرده و برای آنان فرستادند.
از دیگر برکات علامه، ملاقات و مصاحبت با هانری کربن استاد شیعه‌شناس دانشگاه سوربُن فرانسه بود که متجاوز از بیست سال ادامه پیدا کرد. هانری کربن علاوه بر اینکه مطالب را کاملا ضبط و ثبت می‌نمود و در اروپا انتشار می‌داد و حقیقت تشیع را معرفی می‌کرد، خودش در سخنرانی‌ها و کنفرانس‌ها جدّا دفاع و پشتیبانی می‌نمود. کُربن معتقد بود که در دنیا، یگانه مذهب زنده و اصیل که نمرده است مذهب شیعه است؛ چون قائل به وجود امام حیّ و زنده است. علامه می‌فرمود کربن غالبا دعاهای صحیفه مهدویه و صحیفه سجادیه را می‌خواند و گریه می‌کرد. 
حالات استاد در چندین سال آخر عمر بسیار عجیب بوده است و پیوسته متفکر و درهم رفته و جمع شده به نظر می‌رسیدند و مراقبه ایشان شدید بود و تقریبا در سال آخر عمر، غالبا حالت خواب و خلسه غلبه داشت. در اواخر، حال ایشان روز به روز سخت‌تر می‌شد تا ایشان را به بیمارستان انتقال دادند و دو روز آخر کاملا بیهوش بودند تا صبح یکشنبه هجدهم محرم ۱۴۰۲ برابر با ۲۴ آبان ۱۳۶۰ به سرای ابدی انتقال یافت نماز را بر پیکر مطهرش آیت‌الله گلپایگانی خواند و در جوار کریمه اهل‌بیت حضرت فاطمه معصومه علیهاالسلام در خانه ابدی خود آرام گرفت. عاش سعیدا و مات سعیدا.» (آیت‌الله حسینی تهرانی)
سید ابوالحسن موسوی طباطبایی