متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
بسم‌الله الرّحمن الرّحیم
درگذشت عالم مجاهد جناب حجت‌‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری رحمهًْ‌الله علیه را به خاندان گرامی ‌و فرزندان ارجمند و همه ارادتمندان ایشان در تهران و آذربایجان تسلیت عرض می‌کنم. این عالم بزرگوار از جمله موفق‌ترین روحانیون فعال در خدمات اجتماعی و هدایت عمومی و اداره‌ حوزه‌های علمیه در تهران و تبریز بودند. تلاش‌ها و زحمات ایشان در دوران طولانی امامت جمعه تبریز فراموش‌نشدنی است و آثار ماندگار آن مرحوم در حوزه‌ علمیه‌ تهران و غیره موجب جلب رحمت الهی به ایشان است ان‌شاءالله. از خداوند متعال مغفرت و علو درجات این عالم بزرگوار را مسألت می‌کنم.
سیّدعلی خامنه‌ای - ۲۷ آبان ۱۴۰۰