«... در زمان امیرالمومنین، زن در همه جوامع بشری (نه فقط در میان عرب‌ها) مظلوم بود، نه می‌گذاشتند درس بخواند، نه می‌گذاشتند در اجتماع وارد شود و در مسائل سیاسی تبحّر پیدا کند، نه ممکن بود در میدان‌های...»
این جملات، آخرین کلمات سخنرانی حجت‌الاسلام والمسلمین سیدعلی خامنه‌ای، امام جمعه تهران در مسجد ابوذر تهران بعد از نماز جماعت ظهر ششم تیرماه 1360 بود که با انفجاری شدید، قطع شد. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای خودشان آن لحظات را چنین شرح داده‌اند:
«... آن وقتی که بمب منفجر شد... از وقتی که بار اول افتادم زمین... سه بار لحظاتی به هوش آمدم و هر دفعه یک احساسی داشتم... در یکی از این حالات احساس کردم که من دارم می‌روم، یعنی دارم می‌میرم. احساس کردم که مرگ در مقابل من است...»
آیت‌الله خامنه‌ای پیش از آن نیز بارها و بارها برخورد با مرگ و شهادت را تجربه کرده بودند و در طول سال‌های مبارزه و جهاد و مسئولیت، با همه وجود آن را انتظار می‌کشیدند.
نخستین مواجهه در بیرجند
از همان محرم سال 1342 که به امر حضرت امام به بیرجند رفته و مجالس عزای سالار شهیدان حضرت اباعبدالله‌الحسین(علیه‌السلام) را به عرصه افشای جنایات رژیم شاه و انتشار آرمان‌های امام بدل ساختند. همه روزهای دهه محرم 1342 در بیرجند در مسجد مصلای شهر به سخنرانی پرداخته تا روز تاسوعا که بالاخره دستگیر شدند. خود ایشان در خاطرات‌شان به اولین دستگیری چنین اشاره دارند:
«... مرا به پاسگاه پلیس... نزد افسر جوانی بردند. او با لحنی تند و با رگ‌های گردن برآمده به سرزنش و توبیخ من پرداخت. با آرامش به او پاسخ دادم: تو کاری بیش از اعدام من نمی‌توانی انجام دهی... هر کاری می‌خواهی بکن، من آماده‌ام، زیرا وقتی از خانه بیرون آمدم، خود را برای مرگ آماده کردم...»
آیت‌الله خامنه‌ای پس از روزهای پرشور و خونبار نیمه خرداد 1342 از زندان بیرجند به مشهد فرستاده شدند. خودشان توضیح داده‌اند:
«... روز پانزدهم محرم مرا تحت‌الحفظ به همراه 3 مامور پلیس به مشهد فرستادند... ماموران پلیس محافظ، حالت ترس و هراس داشتند. وقتی به مشهد رسیدیم، مرا به یکی از مرکز پلیس تحویل دادند که شب سختی را در آنجا گذراندم... صبح هم مرا به ساختمان ساواک تحویل دادند و از آنجا به زندان اردوگاه مشهد فرستادند...»
سیدعلی خامنه‌ای جوان در آن زندان با برخی جوانان که بعدا به عرصه مبارزات آمدند، هم‌بند شدند از جمله امیر پرویز پویان که در سال‌های بعد از سران گروهک موسوم به چریک‌های فدایی خلق شد و در سال 1350 در یک عملیات مسلحانه به قتل رسید و همچنین حجت‌الاسلام فاکر که در جریان نهضت امام فعال بود و بعد از انقلاب نیز نماینده مجلس گردید.
قزل قلعه؛ دومین شکنجه‌گاه
آقای خامنه‌ای پس از آزادی به زاهدان رفته و در آن دیار به انجام وظایف انقلابی اقدام ورزیدند. این در شرایطی بود که حضرت امام در حبس و حصر به سر می‌بردند و رژیم شاه به شدت در تعقیب یاران ایشان و طلاب انقلابی و مبارز بود.
سلسله سخنرانی‌های حجت‌الاسلام خامنه‌ای در ماه رمضان و در مسجد آقای کفعمی در زاهدان باعث شد تا در نیمه این ماه توسط رئیس پلیس شهر، احضار شوند. در آن احضار پس از آنکه با تهدید رئیس شهربانی مواجه گردیدند، همان جمله‌ای را که در دستگیری اول خطاب به رئیس شهربانی بیرجند اظهار داشته بودند، تکرار کردند که «من خود را برای مرگ آماده کرده‌ام و از آن نمی‌ترسم!»
همان شب آقای خامنه‌ای را دستگیر کرده و صبح زود به مقر ساواک منتقل نمودند. پس از بازجویی‌های خشن و مکرر، عصر همان روز به فرودگاه برده و به همراه دو مامور با هواپیما به تهران اعزام کردند. آیت‌الله خامنه‌ای درباره آن لحظات در هواپیما، فرموده‌اند:
«... در هواپیمایی که مرا به صورت تحت‌الحفظ به تهران می‌برد، به مسائل مختلفی می‌اندیشیدم؛ به آینده این نهضت اسلامی که برپا شده... به برپا‌کننده نهضت، امام خمینی... به پدری که برای ادامه معالجه در تهران به من نیاز داشت و به علت ابتلا به آب مروارید بینایی‌اش را داشت از دست می‌داد، .... به آینده‌ای که در انتظار من بود و....»
آقای خامنه‌ای را از جلوی پلکان هواپیما، سوار اتومبیل ساواک کرده و در یک شب سرد و برفی به زندان قزل‌قلعه بردند. آیت‌الله خامنه‌ای نقل کرده‌اند:
«... در قلعه که در آهنی بزرگ و مهیبی بود و با زنجیرهای آهنی بسته شده بود، باز شد. بعد از این در، در راهروی تنگی که در دو طرف آن، سلول‌ها در کنار هم قرار داشت، مرا وارد یکی از این سلول‌ها (به ابعاد دو در دو) کردند...»
آقای خامنه‌ای روزهای سختی را در زندان قزل‌قلعه سپری نمودند، اما پس از آزادی پرتوان‌تر و استوارتر در میدان مبارزه نهضت امام حضور یافته و نخستین اقدام‌شان، ملاقات حضرت امام در خانه‌ای بود که در قیطریه در آن در حصر به سر می‌بردند.
دستگیری سوم؛ پس از یک سال تعقیب و گریز
حجت‌الاسلام سیدعلی خامنه‌ای پس از تبعید حضرت امام، در تشکیلات انقلابی مدرسین حوزه علمیه قم حضور فعال داشتند، سلسله جلساتی برای تدریس معارف اسلامی مرتبط با نهضت اسلامی برای جوانان برگزار کردند، یک موسسه چاپ و نشر تاسیس نمودند که در آن علاوه‌بر انتشار برخی کتب اسلامی حاوی مضامین انقلابی به انتشار اولین کتاب خودشان یعنی ترجمه اثر معروف سید قطب به نام «آینده در قلمرو اسلام» پرداختند.
کشف تشکیلات مدرسین انقلابی و دستگیری جمعی از روحانیون و علمای حوزه قم و همچنین چاپ کتاب «آینده در قلمرو اسلام» باعث شد تا از فروردین 1345، ساواک در تعقیب آقای خامنه‌ای باشد و ایشان هم با آگاهی به این موضوع، نهایت مخفی‌کاری را به عمل می‌آوردند تا از دسترس ساواک و مزدوران رژیم شاه دور بمانند. این تعقیب و گریز تا 14 فروردین 1346 به طول انجامید تا اینکه در همین روز و پس از مراسم خاکسپاری حاج شیخ مجتبی قزوینی و در میانه راه منزل پدری، توسط ماموران ساواک محاصره شده و برای سومین‌بار دستگیر شدند.
آیت‌الله خامنه‌ای بدون محاکمه و طی روال قانونی، مدت‌ها در سلول‌های انفرادی حبس شدند. در این دوران، ایام رنج‌آوری برایشان گذشت. به‌گونه‌ای که پس از مدت‌ها و ملاقات با خانواده، پسر دو ساله‌شان، پدر را نمی‌شناخت.
دفاعیات پرشور در دادگاه نظامی
آقای خامنه‌ای در مهرماه 1349 برای چهارمین‌بار توسط ساواک دستگیر شدند. این‌بار ماموران ساواک به خانه پدری ایشان، هجوم برده و با به‌هم ریختن منزل، ایشان را دستگیر نمودند. پس از مدتی حبس در سلول و بازجویی‌های خشونت‌بار، کار به دادگاه نظامی کشیده شد ولی با دفاعیات مستدل و محکم سیدعلی خامنه‌ای 31 ساله، حتی در دادگاه تجدیدنظر هم نتوانستند حکمی برایش صادر کنند!
هنوز از آزادی آقای خامنه‌ای مدت زیادی نگذشته بود که در ششم مهرماه 1350، برای پنجمین‌بار دستگیر شدند. باز هم ساواکی‌ها به منزل ریخته و همه اثاث خانه را به هم زدند و آقا را با خودشان بردند. روزهای برگزاری جشن‌های منحوس شاهنشاهی بود و رژیم شاه در هراس از آزاد بودن مخالفان سازش‌ناپذیری همچون سیدعلی خامنه‌ای بود. به‌ویژه آنکه حجت‌الاسلام خامنه‌ای در آن سال‌ها با برگزاری کلاس‌های متعدد و جلسات سخنرانی و... در تشریح آرمان‌ها و اهداف نهضت امام برای جوانان نقش عمده‌ای داشتند.
باز هم سلول‌های انفرادی و این‌بار آقای خامنه‌ای تحت شکنجه‌های وحشیانه مزدوران ساواک قرار گرفتند. ایشان درباره آن شکنجه‌ها گفته‌اند:
«... احساس کردم در حال بیهوش شدنم و هم‌اکنون از این جهان به جهان دیگر می‌روم... نمی‌توانم همه جزئیات شکنجه را بیان کنم، چون فراتر از آن است که در بیان بگنجد... دردآور و ناراحت‌کننده است...»
سخت‌ترین ایام در کمیته مشترک
ششمین دستگیری آیت‌الله خامنه‌ای در دی‌ماه 1353 و پس از سخنرانی‌های مسجد جاوید تهران و دستگیری دکتر مفتح و تعطیلی آن مسجد اتفاق افتاد. ایشان را به سلول‌های زندان مخوف کمیته مشترک ضدخرابکاری منتقل کردند و ماه‌های متمادی زیر شکنجه قرار دادند. آقای خامنه‌ای این دوران را سخت‌ترین ایام زندان‌های خود برشمرده‌اند.
هفتمین دستگیری آیت‌الله خامنه‌ای در دی‌ماه 1356 و بعد از برگزاری مراسم مختلف برای گرامیداشت آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی بود که باز مزدوران ساواک با مسلسل و اسلحه‌های مختلف شبانه به منزل‌شان هجوم برده و در مقابل مقاومت‌شان، آقای خامنه‌ای زیر ضربات اسلحه‌ها و مشت و لگد قرار دادند. خودشان گفته‌اند:
«... شش نفری به من حمله کردند و با خشونت و قساوت مرا به باد کتک گرفتند. در آن هنگام مصطفی که دوازده سال داشت، بیدار شد و از پشت شیشه نازکی که میان من و آنها حائل بود، با حیرت و شگفتی به صحنه کتک خوردن پدر می‌نگریست و فریاد می‌زد. ساواکی‌ها بی‌رحمانه به کتک زدن من با مشت و لگد ادامه دادند و مخصوصا با نوک کفش خود به ساق پای من می‌زدند...»
آقا را به مرکز ساواک مشهد بردند سپس به ایرانشهر تبعید کردند. فعالیت‌های انقلابی آقای خامنه‌ای در ایرانشهر و تبدیل آن دیار به کانون انقلاب، باعث شد تا ایشان را در شهریور 1357 به جیرفت به‌عنوان تبعیدگاه دوم ببرند.
با اوج‌گیری نهضت امام و مبارزات مردم، سرانجام آیت‌الله خامنه‌ای، آخرین زندان و تبعیدگاه‌شان را نیز پشت‌سر گذارده و به‌طور علنی در خط مقدم مبارزه و در کنار یاران امام، پیشاپیش صفوف مردم مسلمان قرار گرفتند.