حجت‌الاسلام سید حسن خمینی با اشاره به جنگ 12 روزه گفت: مدیریت رهبر انقلاب از عوامل اصلی پیروزی در جنگ 12 روزه بود. 
حجت‌الاسلام سید حسن خمینی، تولیت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی در گفت‌وگو با برنامه راهبرد ضمن اشاره به جنگ 12 روزه اظهار داشت: تردید نکنید که وجود شخص رهبر معظم انقلاب یکی از بزرگ‌ترین عوامل توفیق ما در این مسئله [جنگ] بود؛ هم اینکه ایشان با یک سابقه ۵۰ ساله [تجربه] تمام این مسائل را داشت و  هم درایت، شناخت و مدیریت جنگشان را داشت.
وی در ادامه متذکر شد: اسرائیل بسیار دلش می‌خواهد ما با اعراب و کشورهای منطقه درگیر جنگ شویم. اصلاً منطقه پاره پاره مطلوب اسرائیل است. شما در میانه یک جنگ باید مراقب باشید وارد بازی طرف مقابل نشوید؛ هیجانی و عصبانی‌تان نکنند. 
به رهبر انقلاب اعتماد کنیم
وی در رابطه با حمله به پایگاه العدید توضیح داد: می‌گویند خبر دادند از نظر جهانی زدن العدید به اندازه زدن تل‌آویو در قدرت و ابراز قدرت ایران مؤثر بود. لذا در بزنگاه جنگ واقعاً وجود مبارک رهبر انقلاب یکی از تکیه‌گاه‌های بسیار مهم برای مردم در عبور از این مسئله بود. در شرایط عادی ما ممکن است حرف‌هایی با هم داشته باشیم و در شرایط خاص آن لحظه دیگر حرف یکی است و باید اطاعت‌پذیری شکل بگیرد چون با تشتت به هیچ جا نمی‌رسیم. امروز هم برای عبور از این خواب‌هایی که دشمنان برای ما دیده‌اند باید به ایشان اعتماد کنیم. به مدیریت، فهم بزرگوارانه، تدبیر و شجاعتش اعتماد کنیم که ان‌شاءالله این مسیر را عبور کنیم.
حجت‌الاسلام سید حسن خمینی همچنین تشریح کرد: بیایید به تیم مدیریت کشور که زیر نظر مقام معظم رهبری کار می‌کند و فرماندهی کل قوا در صلح هست در جنگ هم هست، اعتماد کنیم.
تولیت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی در رابطه با دیدگاه‌های مختلف اذعان داشت: عیب ندارد نظر بدهیم. من می‌گویم آقا این غلط است، شما می‌گویید آن غلط است، ولی اولاً پرخاشگری نکنیم.  دوم اینکه بلافاصله من از کجا کشف می‌کنم شما که این حرف را زدی خائن هستی؟ شما یک عقیده‌ای داری و بنده هم یک عقیده‌ای دارم. حق این‌قدر مکشوف نیست که نزد یک نفر باشد نزد بقیه نباشد. بله، وطن‌فروشی در قاموس این ملت نیست؛ در چهارچوب کلان حرف‌هایمان را بزنیم ولی به مدیریت کشور اعتماد کنیم.