جمعی از دانشجویان و اساتید دانشگاه فردوسی مشهد با در دست داشتن پرچم کشورمان در حیاط این دانشگاه علیه فتنه‌گران تجمع کردند. 
جمعی از دانشجویان دانشگاه فردوسی مشهد روز چهارشنبه 6 اسفندماه 1404 در محکومیت اغتشاشگران و عوامل برهم‌زننده نظم دانشگاه برای دومین روز در مقابل دانشکده مهندسی تجمع کردند. در این تجمع که تعدادی از اساتید هم دانشجویان را همراهی کردند، شعارهایی علیه اغتشاشگران سر داده شد.
محکومیت اهانت به پرچم از دانشجویان تا وزیر علوم
واکنش‌ها به اهانت به مقدسات و پرچم ایران از سوی برخی افراد در دانشگاه‌ها همچنان ادامه دارد.
بسیج دانشجویی دانشگاه تهران: این پرچم پایین نخواهد آمد
بسیج دانشجویی دانشگاه تهران در این زمینه در پیامی اعلام کرد: پرچم از راه پرپیچ‌وخمی گذشته بود؛ از کوه‌های کردستان، ساختمان‌های نیمه‌تخریب‌شده دزفول، از آبی اروند، از پل خرمشهر، از نی‌های در حال سوختن هور، از روی دست‌های مجنون‌های جزیره مجنون. پرچم از آب و خاک و باد و آتش گذشته بود و به اهتزاز در آمده بود؛ آن بالای بالا، حالا ولی عده‌ای می‌خواهند پرچم این ‌همه راه ‌آمده را به جرقه‌ای بسوزانند، به کاهی می‌خواهند کوهی را از پا دربیاورند، به بادی بید مجنون ما را بلرزانند، هیهات! این پرچم پایین نخواهد آمد مگر بر روی تابوت ما.
واکنش دبیر انجمن ‌اسلامی دانشجویان مستقل دانشگاه علامه طباطبایی
پویا زینلی‌پور، دبیر انجمن اسلامی دانشجویان مستقل دانشگاه علامه طباطبایی نیز در پیامی در این خصوص اعلام کرد: بی‌حرمتی به پرچم ایران خط قرمزی بود که نباید از آن عبور می‌شد.
مسئولین دانشگاه که تاکنون به مماشات پرداخته‌اند پاسخگو باشند، دیگر عده‌ای بی‌وطن در دانشگاه باید چه کنند تا با آنان برخورد شود؟ به همین پرچم قسم، در صورت تکرار این مسئله در، دانشگاه هیچ چیز نمی‌تواند جلودار غیرت ملی دانشجویان باشد.
آتش‌زدن پرچم نشانه شجاعت نیست
بسیج دانشکده روان‌شناسی و علوم تربیتی دانشگاه تهران نیز در پیامی در این خصوص ابراز داشت: دانشگاه محل گفت‌وگو و تفکر است، هیچ‌کس حق ندارد با رفتارهای رادیکال، صدا‌های مختلف دانشجویان را مصادره کند. آتش‌زدن پرچم و نمادهای مشترک، نه نشانه شجاعت که نشانه ناتوانی در گفت‌وگوست؛ و دقیقاً همان تصویری را می‌سازد که دشمنان این کشور برایش سرمایه‌گذاری کرده‌اند.
درخواست شورای‌عالی انقلاب فرهنگی از دانشگاه‌ها و وزارت علوم
شورای‌عالی انقلاب فرهنگی نیز با صدور بیانیه‌ای اظهار کرد: بی‌احترامی به پرچم مقدس کشور که بر فراز خون پاک جوانان ایران برفراز شده است و خشونت‌ورزی و بی‌اخلاقی از مصادیق رفتارهایی است که حتی نمی‌توان آنها را به سوءبرداشت تفسیر کرد و قطعاً خارج از تمامی قوانین داخلی دانشگاه‌ها و بیرون از دایره تربیت فردی و اجتماعی هر ایرانی ا‌ست.
دلجویی رئیس دانشگاه شریف از مردم درباره اهانت به مقدسات
آنچه امروز توسط افرادی اندک در برخی محیط‌های آموزشی شاهد بودیم، قطعاً روایتگر دانشجویان این مرز و بوم نیست، چندان که دشمنی با اخلاق و انسانیت و میهن‌ستیزی و دشمن‌پروری نیز در قاموس خردمندان و در فرهنگ هیچ کشور اصیل و مستقلی قابل پذیرش و تحمل به‌شمار نمی‌آید، لذا انتظار از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی بالاخص رؤسای محترم دانشگاه‌ها آن است که ضمن اجرای قوانین داخلی دانشگاه‌ها با هنجارشکنانی که با اهانت به مقدسات جانب حرمت فرو نهادند و ماهیت نازیبای بدفرهنگی و دانشجونمایی خود را آشکار نمودند، برخوردی قاطع فوری نمایند و با استفاده از ظرفیت کرسی‌های آزاداندیشی فضای گفت‌وگوی سالم و بانشاط برای تضارب آراء و مطالبه‌گری سلایق متنوع سیاسی را فراهم آورند.
محکوم‌کردن اهانت به پرچم در دانشگاه تهران
دانشگاه تهران هم با صدور پیامی اهانت به پرچم ایران در این دانشگاه را محکوم و اعلام کرد: با هرگونه اقدام خشونت‌آمیز و اقدام خرابکارانه از سوی هر گروه یا فردی برخورد قانونی و قاطع خواهد داشت. در اعتراضات اخیر دانشجویان دانشگاه تهران، با کمال تأسف، شاهد اهانت به پرچم جمهوری اسلامی ایران بودیم که به‌شدت توسط دانشگاه محکوم می‌شود. پرچم، در همه‌جای جهان، به‌عنوان نماد ملی کشور، نماد هویت جمعی و نشانه وحدت و یکپارچگی ملت است و هتک حرمت آن، خط قرمز همه کسانی است که زیر سایه آن زندگی می‌کنند. 
بر اساس این اصل مسلّم، هیچ‌گاه نباید اعتراضات با توهین به نمادهای ملی و میهنی مورد خدشه قرار گیرد، چراکه احترام به پرچم، احترام به ملّیت و سرزمین و تاریخ و فرهنگ است و آن عمل ضدّملی، علاوه‌بر اینکه امری غیرقانونی است، از شأن و متانت دانشجویان و جنبش‌های اصیل دانشجویی بسیار فاصله دارد.
حمایت دانشگاه امیرکبیر از ارکان نظام و پرچم مقدس جمهوری اسلامی
 همچنین، دانشگاه صنعتی امیرکبیر ضمن محکومیت شدید این اقدامات، بار دیگر بر حمایت بی‌قیدوشرط خود از ارکان نظام و پرچم مقدس جمهوری اسلامی تأکید می‌کند و اعلام می‌دارد که در راه دفاع از ارزش‌های انقلاب اسلامی، همچون همیشه استوار و پابرجا خواهد ایستاد. بی‌تردید تداوم چنین رفتارهایی، اگر بدون واکنش قانونی و قاطع باقی بماند، می‌تواند زمینه‌ساز تکرار و گسترش بی‌نظمی در محیط‌های علمی ‌شود، لذا اعلام می‌دارد در اسرع وقت رسیدگی به پرونده دانشجویان خاطی از هر طیفی آغاز می‌شود و هیچ‌گونه اغماضی در این‌ خصوص صورت نخواهد گرفت.
وزیر علوم: سرمایه‌های نمادین متعلق به همه مردم است
حسین سیمایی‌صراف، وزیر علوم نیز دراین‌باره خاطرنشان کرد: سرمایه‌های نمادین و مشترک ملی متعلق به همه مردم عزیز ایران و متعلق به همه شهروندان عزیز است، قطعاً هیچ یک از شهروندان عزیز ایرانی توهین به نمادهای ملی مثل پرچم ایران عزیز را نمی‌پذیرند.
وی اظهار داشت: دانشجویان عزیز فرزندان دلبند ما هستند، دانشگاه مهیای آموزش و پژوهش و نوآوری است. آشوب عده‌ای اندک در صحن دانشگاه مخل به این فرآیند علمی و آکادمیک است و ما به هیچ عنوان با آشوب مماشات نخواهیم داشت و آشوب را تحمل نمی‌کنیم.
وزیر علوم گفت: استادان و دانشجویان عزیز ما، هزاران استاد و دانشجو امروز سر کلاس‌ها حاضر و به آشوب معترضند، قطعاً با آشوبگر در شوراهای انضباطی برخورد جدی می‌شود و اگر برخورد قضائی لازم باشد محاکم قضائی ورود خواهند کرد.
اهانت به پرچم تعرض به هویت ملی است
روح‌الله متفکر آزاد، نماینده مردم تبریز، آذرشهر و اسکو در مجلس شورای اسلامی نیز در این خصوص گفت: اهانت به پرچم مقدس جمهوری اسلامی در حقیقت تعرض به هویت ملی و تاریخ پرافتخار این ملت است و با هیچ عذر و بهانه‌ای قابل توجیه نیست. اگرچه دانشگاه بستر قانونی تضارب آرا و اندیشه‌هاست، اما هرگز نباید به عرصه هتاکی علیه نمادهای ملی تبدیل شود، نباید اجازه داد تحرکات قانون‌شکنانه عده‌ای معدود، تصویر نهاد علم را در افکار عمومی مغشوش کند.
به گزارش تسنیم، دانشگاه‌های تهران از اول هفته شاهد برگزاری تجمعات دانشجویی با هدف عزاداری و گرامیداشت یاد شهدا و جانباختگان وقایع اخیر بود. در برخی از تجمعات روزهای گذشته ساختارشکنی‌، فحاشی و اهانت به مقدسات کشورمان از جمله پرچم ایران از سوی جمع معدودی از دانشجویان صورت گرفت که با واکنش و محکومیت گسترده دانشگاهیان مواجه شد.