نیروهای مسلح جمهوری اسلامی با صدور بیانیه‌ها ضمن تبریک انتخاب سومین رهبر جمهوری اسلامی ایران، حضرت آیت‌الله سید مجتبی خامنه‌ای (مدظله‌العالی) با ایشان بیعت کردند. 
ستاد کل نیروهای مسلح و فرماندهی قرارگاه مرکزی حضرت خاتم الانبیا (ص) ضمن صدور بیانیه‌ای با تبریک انتخاب حضرت آیت‌الله سید مجتبی خامنه‌ای (مدظله‌العالی) به عنوان ولی فقیه، رهبر و فرمانده معظم کل قوا تاکید کردند: نیروهای مسلح اعلام می‌دارند تحت فرامین و تدابیر منتخب مجلس خبرگان رهبری، حضرت آیت‌الله سید مجتبی خامنه‌ای (مدظله‌العالی) به عنوان ولی فقیه، رهبر و فرمانده معظم کل قوا، مقتدرتر، با صلابت‌تر و جهادی‌تر از گذشته در حفظ دستاوردهای انقلاب اسلامی در صحنه خواهند بود و تا آخرین نفس و قطره خون تحت فرماندهی رهبر عزیزمان از منافع و امنیت کشور در مقابل توطئه‌های دشمنان اسلام و ایران عزیز مقاومت و ایستادگی خواهند کرد.
در بخش دیگری از این بیانیه اشاره شد: نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران و آحاد فرماندهان، رزمندگان و خانواده بزرگ نیروهای مسلح، ضمن میثاق با آرمان‌های امامین انقلاب اسلامی، با حضرت آیت‌الله سید مجتبی حسینی خامنه‌ای به عنوان فقیه جامع الشرایط، عادل، زمانشناس، سیاستمدار، عالم عامل، زاهد، با تقوا و مدیر و مدبر اعلام بیعت نموده و تحت فرمان معظم‌له تمام ظرفیت و تلاش خود را به کار خواهند گرفت و با رهبری و فرماندهی آن فقیه عادل آرمان‌های انقلاب اسلامی را محقق خواهند نمود.
سپاه: انتخاب آیت‌الله سید مجتبی خامنه‌ای، آغاز مرحله‌ای جدید در انقلاب است
سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نیز شامگاه یکشنبه (۱۷ اسفندماه 1404) در پی انتخاب آیت‌الله سید مجتبی حسینی خامنه‌ای (مدظله العالی) از سوی مجلس خبرگان رهبری به عنوان سومین رهبر جمهوری اسلامی ضمن بیانیه‌ای نوشت: سپاه پاسداران به عنوان سرباز و بازوی مقتدر ولایت ضمن حمایت از انتخاب مجلس خبرگان رهبری، آماده اطاعت کامل و جانفشانی اوامر الهی ولای فقیه زمان حضرت آیت‌الله سیدمجتبی خامنه‌ای و حفظ ارزش‌های انقلاب اسلامی و صیانت از میراث گرانبهای امامین انقلاب حضرت امام خمینی رضوان الله تعالی علیه و امام خامنه‌ای رحمةالله علیه است. در بخش دیگری از این بیانیه آمده است: ضروری است در این برهه حساس تاریخی کلیه اقشار جامعه و دلسوزان ایران اسلامی، فرمان الهی حضرت امام خمینی رضوان الله تعالی علیه مبنی‌بر اینکه «پشتیبان ولایت فقیه باشید تا به مملکت شما آسیبی نرسد» را آویزه گوش و جان خود قرار دهند و با حضور شکوهمندانه و حماسی خود در دفاع از ولایت فقیه و نظام و انقلاب اسلامی، در مسیر تکمیل پیروزی‌ها و غلبه‌های ایران اسلامی بر همه مستکبران خونخوار، دیکتاتورها، سلطنت‌ها، صهیونیستها تا تحقق تمدن نوین اسلامی و ظهور خورشید عظمای ولایت گام بردارند.
ارتش: گوش به فرمان فرمانده کل قوا هستیم
همچنین، ارتش جمهوری اسلامی ایران با صدور پیامی انتخاب آیت‌الله سید مجتبی خامنه‌ای به عنوان سومین رهبر انقلاب اسلامی تبریک گفت. در بخشی از این بیانیه تاکید شد: ​ارتش جمهوری اسلامی ایران، به‌عنوان ذوالفقار ولایت و پاسدار استقلال، تمامیت ارضی و نظام جمهوری اسلامی ایران، انتخاب شایسته رهبری مجاهد، انقلابی، فاضل، متقی و مردمی، حضرت آیت‌الله سید مجتبی حسینی خامنه‌ای (حفظه‌الله) از سوی مجلس خبرگان رهبری را تبریک و تهنیت گفته و با آن رهبر عالی‌قدر عهد می‌بندد که همچون دوران پرافتخار انقلاب، در راه حفظ آرمان‌های بلند و متعالی انقلاب اسلامی، امام عزیز(ره)و رهبر و امام مجاهدِ شهید، تا آخرین نفس جان‌فشانی کند. ارتش در مأموریت مقدس صیانت از استقلال، تمامیت ارضی و نظام مقدس جمهوری اسلامی، قوی‌تر از گذشته، گوش به فرمان رهبر و فرمانده معظم کل قوا (مدظله‌العالی) خواهد بود.
سازمان بسیج مستضعفین با ولی امر مسلمین جهان بیعت کرد
سازمان بسیج مستضعفین کشور نیز طی بیانیه‌ای با ولی امر مسلمین جهان، حضرت آیت‌الله سید مجتبی خامنه‌ای بیعت کردند.
در بخشی از این بیانیه آمده است: دوران پرفراز و نشیب ۳۷ ساله زعامت قائد امت، امام و رهبر شهید، خامنه‌ای عزیز (ره)، گویای این واقعیت شفاف است که امامت و رهبری، رکن رکین و ستون استوار نظام اسلامی محسوب می‌شود. دلبستگی آگاهانه و خردمندانه ملت ایران و امت اسلامی به امام شهید حضرت آیت‌الله العظمی امام خامنه‌ای چه در دوره رهبری ایشان و چه در روزهای اخیر آشکار ساخت که پیوند امام و امت در جامعه اسلامی، برخواسته از معرفت دینی و بصیرت انقلابی است که در میان آحاد جامعه نهادینه گشته و با تار و پود آنان عجین شده است.
در این بیانیه همچنین تاکید شد: اکنون انقلاب اسلامی و ملت بزرگ ایران در دوره حساس و تاریخی دیگری قرار گرفته و با شهادت امام و رهبر، مجلس خبرگان؛ این عالمان و آگاهان به زمان، رهبر جدید انقلاب را معرفی نمودند، رهبری که به راستی از بهترین تربیت یافتگان مکتب امامین انقلاب است. امروز راه همان راه و مسیر همان مسیر است و مسؤلیت و تکلیف همان است که در دوره امام خمینی و امام خامنه‌ای از خود نشان دادیم و بر آن پایداری و مقاومت نمودیم. امروز نیز اطاعت محض از ولی فقیه تکلیفی است بر دوش همه ملت ایران و ان‌شاءالله این پیوند ناگسستنی امام و امت بیش از پیش تقویت خواهد شد.