درحالی‌که محسن برهانی در قامت وکیل مدافع دانشجویان اغتشاشگر ظاهر شده؛ بسیج دانشگاه تهران بر برخورد با دانشجویان عبورکننده از خطوط قرمز تأکید دارد.
همزمان با نزدیک‌شدن به زمان برگزاری کمیته‌ تجدیدنظر درباره احکام دانشجویان اخراج‌شده در جریان اغتشاشات دی ۱۴۰۴، بسیج دانشگاه تهران در نشریه «سپیدار» به اظهارات محسن برهانی واکنش نشان داد و تأکید کرد که «بازگرداندن دانشجویان پرچم‌سوز، یعنی عادی‌سازی خیانت».
برهانی که یکی از استادان اخراجی دانشگاه تهران بود و با وساطت دولت چهاردهم در زمره ۴۰۰ استادی قرار گرفت که به سمت خود بازگشتند، در واکنش به این موضوع ۹ شهریورماه در فضای مجازی نوشت، «جماعتی جاهل علیه وزیر علوم شاخ و شانه کشیده‌اند و نسبت به بازگشت دانشجویان اخراج‌شده به دانشگاه ژاژخایی کرده‌اند.» روز بعد نیز در یادداشتی، عبور دانشجویان از خطوط قرمز را مستوجب برخورد ندانست. حال آنکه کمیته بدوی تاکنون فقط برای ۲ نفر حکم اخراج صادر کرده است.
به گزارش فارس، بسیج دانشجویی دانشگاه تهران با نصب پارچه‌نوشته در سردر دانشگاه تهران اعتراض خود را به این روند نشان داد و در نشریه با اشاره به مواضع برهانی درباره حمله آمریکا و رژیم صهیونیستی، این پرسش را مطرح کرد که چگونه تجاوز دشمن به خاک کشور را می‌بیند، اما رفتار این دانشجویان متخلف را نادیده می‌گیرد. دانشجویان خاطرنشان کردند پیامدهای اجتماعی اهانت به پرچم یک کشور قابل چشم‌پوشی نیست.