وی در این زمان، عرصه منبر را به صحنه مبارزات آشکار و مستقیم علیه دولت و رژیم شاهنشاهی تبدیل کرد تا درباره سخنان وی نوشته شود:
«در این اواخر،[در] موضوع اعتراض علماء به تصویبنامه شرکت بانوان در انتخابات انجمن‌های ایالتی و ولایتی، او تنها کسی بود که در تهییج مردم و بدگوئی به شخص جناب آقای نخست‌وزیر و انتقاد شدید از دولت، از استعمال جملات ناهنجار امتناع ننموده و هر بار که به او تذکر داده شد، به محض اینکه بالای منبر رفت، اظهار نمود: «با اینکه به من گفته شده است این موضوعات را مطرح نکنم، ولی تا پای جان ایستادگی کرده، خواهم گفت.»
بخشی از سخنان صریحِ ایشان در این ایام، خطابِ مستقیم به اسدالله علم و انتقاد از اقدامات او، با تعریض به سرنوشت رضاخان در جزیره موریس بود؛ که به شرح زیر مورد بازجویی قرار گرفت:
«سوال: در تاریخ 16/8/41 در منزل آقای مقدسیان، در بالای منبر خطاب به جناب آقای نخست‌وزیر[گفته ای]که نمی‌شود با قرآن و خدا جنگید، خدا می‌گوید کشف حجاب نکن. خدا می‌گوید قانون تساوی حقوق زن و مرد را به تصویب نرسان و پس از توهین اضافه نموده‌ای که خداوند تو را هم به جزیره مرگ ببرد، منظور از بیان این قبیل مطالب تحریک‌کننده چه بوده است؟
جواب. من در منبر در موضوع حجاب از نظر قرآن بحث کرده‌ام و نسبت به قانون تساوی حقوق زن و مرد از نظر قرآن سخن گفته‌ام؛ آنگاه خطاب به جناب آقای نخست‌وزیر کرده‌ام [که]حاج آقاروح‌الله خمینی فرموده‌اند اگر برای شما ابهامی در قوانین روحانیت است، ممکن است با آقای خمینی مکاتبه بفرمائید و موضوع جزیره مرگ اصلاً به آقای علم خطاب نشده است، بلکه گفته‌ام آنان که با قوانین قرآن مبارزه کنند خداوند آنها را به جزیره مرگ می‌فرستد.»
و این درحالی بود که با شجاعتی مثال‌زدنی بر فراز منبر، به تبلیغ منویات امام خمینی (ره) در مقابله با اقدامات اسلام‌ستیزانه رژیم شاهنشاهی، که مجری آن اسدالله علم بود، مشغول بود و مستمعین را به پایداری تا آخرین قطره خون فرا می‌خواند:
«آقایان تجار! برای خدا و امام زمان قدم بردارید، از چه می‌ترسید. هم چنین طلاب و نوکران فدائی امام زمان! تا آخرین قطره خون خود کوتاهی نکنید.»
او چنان علاقه و اعتقادی نسبت به امام خمینی(ره) داشت که با صراحت می‌گفت:
«هر کس با چنین عالمی که حرف او سخن امام علیه‌السلام است، مخالفت کند، مرتد و خارج از دین خواهد بود.»
سخنانِ ایشان به میزانی ساواک خراسان را دچار عصبانیت و بی‌تعادلی نموده بود که برای مقابله با او، نوشت:
«به سبب حساسیت وضع، صلاح نبود در آن روزها با این شخص شدت عمل نشان داده شود و بهانه‌ای به دست روحانیون و سایر افراد منتظر فرصت بدهد؛ ولی حالا که موضوع منتفی شده است، در صدد بود نسبت به تعقیب او اقدام گردد، با مشورتی که با مشاور قضائی به عمل آمد، تعقیب او با قوانین ساواک امکان پذیر نبوده و کمیسیون امنیت استان نیز اختیاری برای تبعید و غیره ندارد، تنها راهی که به نظر می‌رسد این است نامبرده دستگیر و به تهران اعزام و مدتی به عناوینی در آنجا زندانی و یا تحت نظر باشد.
برای تثبیت امنیت در استان خراسان، اعمال یک چنین عملی در وضع حاضر، نهایت ضرورت را دارد؛ زیرا اظهارات بی‌پرده مشارالیه و اینکه کوچکترین عکس‌العملی نشان داده نشده است، سایر وعاظ را جری نموده، از طرفی بین مردم شایع شده است که او بهلول دوم می‌باشد.»
باوجود این درخواست، اداره کل سوم ساواک نیز شرایط را برای دستگیری او مساعد ندانست و پاسخ داد:
«درحال حاضر با توجه به فعالیت روحانیون در سراسر کشور، دستگیری و اعزام نامبرده بالا به مرکز به مصلحت نمی‌باشد. دستور فرمائید به مشارالیه تذکر داده شود که ادامه این رویه در آینده برای او گران تمام خواهد شد. بدیهی است به محض آنکه این موضوع خاتمه پیدا کرد، بایستی طبق مقررات تحت تعقیب قرار گیرد.»
ولی رئیس ساواک خراسان که از فعالیت‌های آیت‌الله طبسی به شدت عصبانی بود، در ذیل این نامه نوشت:
«تذکر در او مفید نیست و حال که تصویبنامه لغو شده، ایجاب می‌نماید یک چنین شدت عملی درباره او به عمل آید و تعقیب او در مشهد عملی نخواهد بود.»
و عینِ این مطلب به مرکز منتقل گردید.
پس از بررسی سوابق و تهیه گزارشی دوباره، حسین فردوست که در این موقع در سمت معاونت ساواک قرار داشت، نوشت:
«من شخصاً با عقیدۀ رئیس ساواک خراسان موافقم، ولی نمی‌توانم دستوری بدهم؛ خوب است موضوع را به عرض تیمسار ریاست ساواک برسانید و از نتیجه من را هم مطلع نمائید.»
و پس از آن، رئیس ساواک، که تیمسار حسن پاکروان بود، دستور داد:
«اعمال و رفتار نامبرده بالا را تحت مراقبت قرار داده و چنانچه لازم باشد بعد از ماه رمضان اقدام گردد.»
باوجود صراحت دستور رئیس ساواک، مبنی بر دستگیری وی بعد از ماه رمضان، ساواک خراسان در روز هفتم بهمن ماه 1341، درست سه روز بعد از اینکه محمدرضا پهلوی به قم رفت و ضمن اهانت به علماء و حوزه‌های علمیه، از آنان به عنوان «ارتجاع سیاه» نام برد؛
آیت‌الله طبسی را دستگیر نمود و با این استدلال که: «چون نگهداری وی در مشهد در ماه رمضان صلاح نیست»، پس از یک دوره بازجوئی و به اتهام «تحریک به قیام و آشوب و بلوا» به تهران اعزام کرد تا در تاریخ 16/11/1341 تحویل زندان قزل‌قلعه
شود.
زندان قزل‌قلعه، باوجود مشکلات فراوانی که داشت، به کانون دیگری برای فعالیت‌های تبلیغی آیت‌الله طبسی تبدیل شد تا ضمن مذاکره با رئیس زندان و هماهنگی برای برگزاری نماز عید فطر، دانشجویان و جوانانی را که در این موقع دستگیر شده و زندانی بودند را نیز، با خود همراه نماید.
بازجوئی‌های صورت گرفته در تهران، نتیجه‌ای نداشت و همین مسئله موجب شد تا اداره کل سوم بنویسد: «عضویت و فعالیت خود را در احزاب انکار و اتهامات منتسبه را تکذیب می‌نماید.»
و در تاریخ 11/12/1341 به مشهد بازگردانده شد،
و سه روز پس از آن نیز آزاد گردید.
شرایط حاکم بر کشور و برگزاری رفراندوم نمایشی در جریان تصویب لایحه اصول ششگانه شاهانه، موسوم به انقلاب سفید و حوادث مترتب بر آن، موجب شد تا امام خمینی (ره) در پیامی خطاب به علماء و روحانیون، ضمن عرض تسلیت،
بنویسد:
«چنانچه اطلاع داريد دستگاه حاكمه مىخواهد با تمام كوشش به هَدمِ احكام ضروريه اسلام قيام؛ و به دنبال آن مطالبى است كه اسلام را به خطر مىاندازد. لذا اين جانب عيد نوروز را به عنوان عزا و تسليت به امام عصر- عجل الله تعالى فرجه- جلوس مىكنم و به مردم اعلام خطر مىنمايم. مقتضى است حضرات آقايان نيز همين رويه را اتخاذ فرمايند تا ملت مسلمان از مصيبت‌هاى وارده بر اسلام و مسلمين اطلاع حاصل نمايند.»
همین رهنمود کافی بود تا در روز دوم فروردین ماه سال 1342ش آیت‌الله طبسی بر فراز منبر در منزل آیت‌الله قمی فریاد برآورد:
«ای مردم! اگر در راه دین، بخواهد جان مردم در خطر باشد، برای من هیچ اشکالی ندارد، طبسی کشتن آسان است. امروز روز اتمام حجت است... آقایان شاید زنده نماندم، شاید فردا نباشم، فعلاً به شما عرض می‌نمایم... چون سرنوشت خود را می‌دانم باید بگویم امروز، روز انقلاب روحانیون نیست، بلکه همیشه خواهد بود؛ تا دولت دست از روش جابرانه خود برندارد، همین انقلاب هست. من به تمام دستگاه‌های حاکمه عرض می‌کنم، امروز شما تقلید از آمریکایی‌ها و خارجی‌ها می‌کنید، کشور ما مسلمان است، مذهب جعفری دارد ... این اجتماع و این روحانیت بر جای خود قرار نخواهند گرفت. حوزه علمیه مرکز، حوزه علمیه قم، حوزه علمیه نجف و مجاهدین دین با این رویه مخالف هستند.»
چند ساعت پس از این سخنرانی، کمیسیون امنیت استان خراسان در ساعت هشت شب تشکیل جلسه داد و دستگیری مجدد وی را مورد تصویب قرار داد. در این نوبت، آیت‌الله طبسی که از دستگیری خود اطمینان یافته بود، به پنهانکاری روی آورد،
ولی این شیوه چندان دوامی نداشت و در شرایطی که بین مسئولین شهری از قبیل استاندار و رئیس شهربانی و رئیس ساواک در چگونگی برخورد با روحانیون اختلاف نظر وجود داشت و مسئله تبعید آیت‌الله قمی نیز در دست بررسی و اقدام بود، در تاریخ چهارم خردادماه 1342 دوباره دستگیر گردید.
البته از گزارش سخنرانی هشتم خردادماه ایشان در بیت آیت‌الله قمی، که چهار روز بعد از تاریخ اعلام این دستگیری به اداره کل سوم می‌باشد، چنین استنباط می‌گردد که ایشان، زمان زیادی را در زندان نبوده است.
هر چه سختگیری نیروهای انتظامی و امنیتی بیشتر می‌شد، صراحت لهجه آیت‌الله طبسی نیز بیشتر می‌شد؛ تا جایی که به صورت علنی در سخنرانی خود اعلام می‌نمود:
«من از سازمان امنیت باک ندارم و دو مرتبه هم زندانی شده‌ام و اگر برای مرتبه سوم هم زندانی بشوم، نمی‌ترسم. ما با دولت مخالف نیستیم، فقط حرف ما این است، آنهائی که کرسی‌نشین هستند، بایستی از روی احکام قرآن و دستورات دین عمل کنند.»
پس از یورش به مدرسه فیضیه در دوم فروردین ماه و متعاقب آن دستگیری شبانه امام خمینی(ره) در پانزدهم خرداد، واقعه خونین 15 خرداد و دستگیری و تبعید آیت‌الله قمی پیش آمد. پس از این اتفاقات، اولین اقدام در مشهد اعلام پنج روز عزای عمومی از سوی علماء، تعطیلی نمازهای جماعت و بستن بازارها به منظور همدردي و اعلام انزجار از اقدامات ضد اسلامي رژيم پهلوي بود و مردم نیز با آتش زدنِ طاق نصرت‌هایی كه براي ورود شاه آذین بسته شده بود، خشم خود را نشان دادند. وضعیت عمومی در مشهد به گونه‌ای بود که استاندار خراسان، سید جلال‌الدین تهرانی عزل و سپهبد امير عزيزي جایگزین او شد.
در این اوضاع و احوال، گزارشی در خصوص چگونگی فعالیت‌های آیت‌الله طبسی تهیه نگردید و علت آن نیز به «مخفی بودن» ایشان ربط داده شد؛
ولی پس از گذشت مدت کوتاهی، دوباره سخنرانی‌های ایشان از سر گرفته شد. در این موقع، سمت و سویِ سخنان وی، بهره‌گیری از وقایع تاریخی و تمثیل‌های آن، مانند قیام مختار ثقفی و انتقام‌گیری از قاتلین امام حسین (ع) و حکومت جابرانه متوکل عباسی و تعدّی‌های حجاج بن یوسف و البته سخنانی چون: «ما که این حرف‌ها را می‌زنیم، می‌گویند ارتجاع سیاه هستیم.»
و اینکه «آقایان! اگر بدانید علمای نجف چه وضعی دارند، تمام پرچم‌ها در نجف نیمه برافراشته است، بیشتر از این اجازه حرف زدن ندارم»، بود.
باوجود فشارهای شدیدی که در این زمان نسبت به ایشان وجود داشت و تعهدی که از او گرفته شده بود، روح آزاده وی طاقت منبر رفتن و پرداختن به مسائل انتقادی فرعی را نداشت؛ به همین علت بود که بر فراز منبر می‌گفت:
«من امروز نمی‌توانم در منبر حقایق را بگویم، برای اینکه از طرف مقامات صلاحیتدار جلوگیری می‌شود و خودم نمی‌فهم چه بگویم که برای اسلام و مسلمانان نفع داشته باشد.»
از این رو، پس از چند شبی که از سخنان صریح خودداری نمود، در روز بیست و پنجم تیر ماه، بازاریان و کسبه مشهد را مورد خطاب قرار داد که:
«شما کسبه بازار، از آن مسلمانانی هستید که صبح دکان خود را باز کنید و تا شب بیست تومان کار کرده و پس از آن دکان خود را ببندید و نزد زن و بچه خود بروید، ولی حاضر نیستید برای دین قیام کنید و حتی یک شب به زندان بروید، شماها چطور مسلمانید، بیائید و بیدار شوید. دین شما رو به نابودی می‌رود؛ تا کی باید خواب باشید.»
و باز با صراحت، اساس رژیم شاهنشاهی را به سخره گرفت و گفت:
«من از هیچ کس ترس و واهمه ندارم. ملکه ایران حضرت زهرا و شاهنشاه ایران اعلیحضرت ولی عصر امام زمان است.»
و دو سه روز بعد نیز بیان نمود:
«در کشور ما اشخاص مسلمان و باایمان را ارتجاعی می‌گویند، چون حرف اثر دارد، ماها را ملتزم نموده‌اند که حرف حسابی نگوئیم، زیرا می‌خواهند طبقه روحانیون که راهنمای شما هستند را از بین ببرند، که به ریاست خود ادامه دهند.»
ساواک خراسان که از سخنرانی‌های او به تنگ آمده بود، در گزارشی خطاب به اداره کل سوم نوشت:
«این شخص، عنصری ناراضی و ناراحت می‌باشد، به طوری که مکرر، چه شفاهاً و چه کتباً متعهد گردیده که به هیچ وجه مطالبی که برخلاف مصالح عالیه کشور باشد، ابراز ننماید، ولی تاکنون حاضر به اجرای تعهدنامه‌های خود نگردیده و در هر فرصت و موقعیتی که برایش پیش آمده، حملات و انتقادات خود را چه علنی و چه در لفافه، به شدیدترین وضع ممکنه ایراد نموده، حالیه هرگونه تصمیمی در مورد وی بسته به نظر عالی است.»
و بنا بر نظر مرکز، دستگیری مجدد وی در دستور کار قرار گرفت و دادستانی لشکر خراسان، نوارهای سخنرانی ایشان در بیت آیت‌الله قمی را جهت تکمیل سابقه و استناد به «مدارک مستند و مدلل» برای تحت تعقیب قرار دادن او درخواست نمود و در تاریخ نوزدهم آذرماه نیز، این دستگیری صورت گرفت.
از چگونگی و مدت زمان این بازداشت، اطلاعی در سوابق موجود نیست، ولی در گزارشی که حدود 45 روز بعد از آن تهیه شد، آمده است:
«آقای شیخ طبسی اظهار می‌دارد: اکنون رگ‌های بدنم آتش‌فشانی دارد، اگر یک روزی قدرت پیدا کردم، می‌دانم چه کنم و چه بگویم؛ فعلاً با تضمین دادن مخالفم.»