در این موقع بود که امام خمینی(ره)، با صدور اعلامیه ای خطاب به علما و روحانیون، نوروز سال 1342 را عزای عمومی اعلام کرد:
«بسم‌الله الرحمن الرحیم. خدمت ذی شرافت حضرات علمای اعلام و حجج اسلام، دامت برکاتهم
اعظم الله تعالی اجورکم. چنانچه اطلاع دارید دستگاه حاکمه می‌خواهد با تمام کوشش به هدم احکام ضروریه اسلام قیام؛ و به دنبال آن مطالبی است که اسلام را به خطر می‌اندازد. لذا اینجانب عید نوروز را به عنوان عزا و تسلیت به امام عصر، عجل‌الله تعالی فرجه، جلوس می‌کنم و به مردم اعلام خطر می‌نمایم. مقتضی است حضرات آقایان نیز همین رویه را اتخاذ فرمایند تا ملت مسلمان از مصیبت‌های وارده بر اسلام و مسلمین اطلاع حاصل نمایند و السلام علیکم و رحمت‌الله و برکاته. روح‌الله الموسوی الخمینی»
با انتشار این اعلامیه، در یزد نیز عید نوروز به عنوان عزای عمومی اعلام شد. فضای یزد و فعالیت علما و مردم متدین این استان در گزارش مورخه 1342/1/3 به خوبی آشکار است:
«علما تصمیم دارند به هر وسیله ‌]که[ ممکن باشد، ذهن مردم را مشوب نمایند. مطلب دیگر شایعاتی ]است[ که بین مردم از طرف مخالفین  دولت شیوع دارد: یکی مخالفت دولت فعلی با شرع مقدس اسلام، دیگری بردن دختران برای خدمت وظیفه و زیرپا گذاشتن احکام قرآن است؛‌ گرچه در ظاهر کسی رسما اظهاری نمی‌کند، ولی باید به عرض برسانم که در باطن اوضاع کاملا آرام نیست و بیم ایجاد حوادثی می‌رود و چنانچه خدای نخواسته اتفاقی روی دهد، دستگاه انتظامی یزد قادر به کنترل نظم و آرامش نیست.»
در دوم فروردین ماه سال 1342 چهره شهر قم تغییر کرد و ده‌ها اتوبوس شرکت واحد، مسافران جدیدی را در این شهر پیاده نمود. بعد از ظهر این روز در مدرسه فیضیه، مراسم سوگواری به مناسبت شهادت امام صادق(ع) منعقد بود. در اواسط مجلس، مأمورانی که با لباس مبدل به قم آمده بودند، به مدرسه فیضیه حمله کردند و درگیری بین مردم و طلبه‌ها با مأمورین آغاز شد.
رئیس شهربانی یزد، در این زمان، سرهنگ میرجمال‌الدین میرگلو بود که سابقه خدمت در دوره رضاخان را داشت و اکنون سال‌های پایانی خدمت خود را می‌گذرانید. تجربه او در انجام مأموریت در کلانتری‌های مختلف در تهران و دیگر شهرها، موجب شد در برخورد با علماء و روحانیون یزد، جنبه احتیاط را از دست ندهد؛ از این رو بود که معارضین وی، او را از مرتبطین آیت الله صدوقی(ره) معرفی کردند:
«رئیس شهربانی یزد، با شیخ محمد صدوقی که از روحانیون یزد و مخالف دولت و از طرفداران جدی آقای خمینی است، تبانی دارد و اغلب دستورهایی که مربوط به اوضاع اخیر و روحانیون و سیاست است که به شهربانی یزد داده می‌شود، بلافاصله به شیخ محمد صدوقی اطلاع داده و از اقدامات آگاه می‌نماید. در اقدام اخیر نظام وظیفه طلاب، به محض رسیدن دستور به ادارات مربوط در شهرستان یزد و مطلع شدن، رئیس شهربانی شهرستان یزد با شیخ محمد صدوقی تماس گرفته و می‌گوید چنین دستوری به ما رسیده، شما به طلاب دستور دهید در خیابان‌ها نیایند و مطمئن باشید در خیابان از ناحیه شهربانی اقدامی نمی‌شود.»
با فرا رسیدن ماه محرم،  و با توجه به پیام امام خمینی(ره) که وعاظ و سخنرانان مذهبی را به بازگویی خطر رژیم اشغالگر قدس و مصائب وارده بر اسلام و حوزه‌های علمیه توصیه فرموده بود، در تهران، مردم و اصناف مختلف بازار در روز عاشورا دست به راهپیمایی عظیمی زدند. مسیر راه‌پیمایان به سوی کاخ مرمر بود. راه‌پیمایان عکس‌هایی از امام خمینی(ره) در دست داشتند و شعار می‌دادند: «مرگ بر دیکتاتور». در شهر قم، نیز تظاهرات عظیمی برپا شد و امام‌خمینی(ره) در بعدازظهر عاشورا در مدرسه فیضیه سخنان پرشوری ایراد کردند.
در سحرگاه پانزده خرداد، نیروهای امنیتی از دیوار خانه حضرت امام(ره) بالا رفتند و پس از دستگیری ایشان، بلافاصله راهی تهران شدند.