انتشار خبر دستگیری امام که در ابتدای روز صورت گرفت، شهر قم و تهران را به میدان جنگ تبدیل کرد و قیام خونین 15 خرداد شکل گرفت. آیت‌الله صدوقی که در سخنرانی روز عاشورا شرکت داشت، درباره این سخنرانی و دستگیری امام خمینی(ره) پس از آن می‌گوید:
«کسالت بنده از سال گرفتاری امام پس از سخنرانی ایشان در مدرسه فیضیه، عصر عاشورا که با گروهی انبوه مواجه بودند و شاید قم چنین جمعیتی هیچ‌گاه به خود ندیده باشد، شروع شد. شهرت اینکه امام هم صحبت می‌فرمایند، همه جا انتشار یافته بود و اشخاص از هر جا وارد قم شدند. تمام دو طرف صحن مدرسه فیضیه، خیابان‌های اطراف حرم تا شیخان، بلکه تا فرمانداری و شهرداری مثل یال اسب به هم پیوسته بود آن سخنرانی را که بعضی گفته بودند، وقتی در منزل می‌شنیدیم بدنمان می‌لرزید. اولین حمله شدید به شاه بود و متعاقب آن دستگیری امام از طرف ساواک اتفاق افتاد و ایشان را به تهران بردند.»
حرکت علماء و روحانیون به سمت تهران، پس از قیام خونین 15 خرداد، اولین عکس‌العملی بود که به صورت رسمی صورت پذیرفت؛ و آیت‌الله صدوقی یکی از ایشان بود که اعلامیه‌ای نیز صادر کردند:
«بسمه‌تعالی. اکنون که عازم تهران و حضرت عبدالعظیم هستم. ]منظور[ از این مسافرت، پیروی از نیات مقدس آیات‌الله العظام و مراجع بزرگ است که برای دفاع از حریم تشیع و قرآن‌کریم و هماهنگی با یگانه پرچمدار مذهب جعفری و مرجع عالیقدر شیعه حضرت مستطاب آیت‌الله العظمی و حجت‌الکبری آقای حاج آقاروح‌الله خمینی متع‌الله المسلمین بطول بقائه در حضرت عبدالعظیم تشریف فرما شده‌اند. عموم برادران ایمانی و همشهریان گرامی را به خدا می‌سپارم... محمد صدوقی. 4 صفرالخیر 1383»
در حالی که شهربانی یزد، «وضع عادی» شهر را به شهربانی کل کشور گزارش کرده بود، گزارش دیگری، از پخش اعلامیه در شهر حکایت داشت:
«کلیه اعلامیه‌های روحانیون در یزد به وسیله آیت‌الله صدوقی پیش‌نماز و دامادش که کارمند بانک ملی می‌باشد بین اهالی توزیع و پخش می‌گردد.»
شیوه برخورد رئیس شهربانی، موجب شد او را برکنار و سرهنگ یزدان‌فر را جایگزین او کنند. اولین گزارشی که توسط وی به ساواک اصفهان ارسال شد، از اتخاذ برخوردهای کنترلی نسبت به آیت‌الله صدوقی و دیگر علما و روحانیون شهر حکایت داشت:
«آقای حاج محمد صدوقی که از روحانیون درجه یک یزد می‌باشد، روز 42/4/5  از یزد به تهران مسافرت و تاکنون به یزد مراجعت ننموده ... البته مأمورین مراقب  بوده در صورت ورود به یزد عملیات و مراوده وی با اشخاص تحت نظر و کنترل قرار خواهد گرفت و از علمای یزد غیر از مشارالیه کس دیگری به تهران مسافرت ننموده و عملیات علمایی که فعلا در یزد مقیم می‌باشند تحت نظر بوده...»
تلاش‌های علما، رژیم شاهنشاهی را مجبور به عقب‌نشینی نمود و باعث آزادی امام خمینی(ره) و بازگشت ایشان به قم و چراغانی شهر شد.
بازگشت آیت‌الله صدوقی از این مسافرت نیز با شادی مردم یزد و ملاقات‌های مکرر با ایشان همراه بود:
«آقای حاج‌شیخ محمد صدوقی پیش‌نماز مسجد حظیره بزرگ یزد صبح روز 42/6/1 از تهران به یزد مراجعت نموده و از موقع ورود وی عده کثیری از طبقات مختلف مردم متوالیاً برای دیدار و ملاقات وی در منزلش اجتماع و ایاب و ذهاب مردم مرتبا ادامه دارد.»
این وقایع، سرنگونی دولت اسدالله علم را سبب شد و حسنعلی منصور که از سالها قبل مترصد رسیدن به نخست‌وزیری بود، به جای او نشست. در حالی که اوضاع به ظاهر آرام به نظر می‌رسید، لایحه مصونیت آمریکایی‌های مقیم ایران موسوم به «کاپیتولاسیون»، در مجالس شورای ملی و سنا تصویب شد. زمانی که خبر این مسئله به امام‌خمینی(ره) رسید، در پیامی علما و روحانیون را مورد خطاب قرار داد و فرمود:
«آیا ملت ایران می‌داند در این روزها در مجلس چه گذشت؟می‌داند بدون اطلاع ملت و به طور قاچاق چه جنایتی واقع شد؟ می‌داند مجلس، به پیشنهاد دولت، سند بردگی ملت ایران را امضا کرد، اقرار به مستعمره بودن ایران نمود؟  سند وحشی بودن ملت مسلمان را به آمریکا داد؟ قلم سیاه کشید بر جمیع مفاخر اسلامی و ملی ما؟ قلم سرخ کشید بر تمام لاف و گزافهای چندین ساله سران قوم؟ ایران را از عقب‌افتاده‌ترین ممالک دنیا پست‌تر کرد؟ اهانت به ارتش محترم ایران و صاحب منصبان و درجه‌داران نمود؟ حیثیت دادگاه‌های ایران را پایمال کرد؟...»