در این ایام در سازمان اطلاعات و امنیت کشور، تصمیم به تأسیس ساواک مستقل در شهر یزد - البته تحت نظر ساواک اصفهان - گرفت. مقارن با این تحولات، فعالیت در عرصه فرهنگی و مقابله با تفکرات الحادی، از جمله مبارزه  با بهائیت، زیرنظر آیت‌الله شهید صدوقی(ره) و با مدیریت شهید دکتررضا پاک‌نژاد  و همراهانش در یزد در اطراف آن صورت می‌گرفت؛ همزمان زنده نگه داشتن یاد و نام امام خمینی(ره) نیز در دستور کار قرار داشت. این کار به شیوه‌های مختلفی چون نوشتن نام مبارک امام بر در و دیوار شهر، نصب عکس بر سر در مساجد و حسینیه‌ها و تکثیر و توزیع نوار سخنرانی‌ها و مکتوبات ایشان انجام می‌گرفت.در اسناد از قدرت رهبری آیت‌الله صدوقی در یزد سخن رفته است:
«روحانیون یزد، از بیم اقدامات آیت‌الله صدوقی قادر به شرکت در مراسم عمومی و نیایش‌هایی که برگزار می‌شود، نیستند؛ چه افرادی که در مراسم مورد بحث شرکت کنند، از طرف ایشان طرد و اشکالاتی در ادامه کارشان پدید می‌آورد.»
رحلت آیت‌الله العظمی حکیم(ره) (1349/3/12ش)  فرصتی بود تا یاران امام خمینی(ره)، مردم متدینی را که در جست‌وجوی مرجع تقلید جایگزین بودند، به سوی آن حضرت دلالت دهند. بدیهی بود تا زمانی که آیت‌الله حکیم در قید حیات بود، امام خمینی(ره) نیز رعایت ایشان را به عنوان «رئیس مذهب شیعه در عراق»، لازم می‌دانستند و این رعایت، در یاران ایشان نیز مشهود بود. پس از این اتفاق، طومارهای تسلیت از شهرهای مختلف به سوی نجف‌اشرف و به عنوان امام خمینی(ره)  سرازیر شد. خبر اقدام طلاب یزدی مقیم حوزه علمیه قم در ارسال طومار تسلیت به محضر امام(ره) در گزارشی چنین ثبت شد:
«روز 49/3/16 سیدعباس سالاری یزدی، طومار تسلیتی جهت آیت‌الله خمینی تهیه و تمام طلاب یزد آن را امضا کرده‌اند و قرار است یکی توسط پست و دیگری
]را به[  وسیله شخصی به نجف ارسال دارند. همچنین تمام طلبه‌های شهرستان‌های دیگر مقیم قم هم بنا هست چنین کنند.»
و با وجود تمامی سختگیری‌ها، با هدایت و راهنمایی آیت‌الله صدوقی، عکس امام خمینی(ره) در حجره‌های طلبه‌های مدارس علمیه شهر یزد نصب شد:
«در شهرستان یزد چند مدرسه علمیه وجود دارد که یکی از آنها مدرسه خان است؛ آن هم سه مدرسه در یک مدرسه. مدرسه کوچک‌‌خان، مدرسه بزرگ خان و مدرسه‌ای که اخیرا آقای شیخ محمد صدوقی ساخته است. در بعضی از حجره‌های این مدارس، خصوصا مدرسه بزرگ‌خان تعدادی عکس روح‌الله‌ خمینی به دیوار الصاق گردیده است.»
در دهه 1350ش حرکت‌های مسلحانه علیه رژیم شاهنشاهی آغاز و در فروردین 1350، سرلشکر فرسیو، رئیس دادرسی ارتش، ترور شد. در این ایام که مصادف با ماه محرم بود، سخنرانانی به یزد دعوت می‌شدند که  در جریان مستقیم مبارزه با رژیم پهلوی، قرار داشتند.
با ارتقاء موقعیت یزد به فرمانداری کل در تقسیمات اداری کشور، برای کنترل بیشتر انقلاب اسلامی، تصمیم گرفته شد رتبه سازمان اطلاعات و امنیت یزد نیز ارتقاء یابد و به عنوان سازمانی مستقل، با اداره کل سوم و دیگر ادارات ساواک در تماس باشد.
پس از این اقدامات کنترل منابر و سخنرانی‌های مذهبی از شدت و حدت بیشتری برخوردار شد و در محیط‌های مختلف اجتماعی نیز، افرادی به استخدام ساواک در‌آمدند تا هرگونه اظهارنظر پیرامون مسائل کشور، کنترل شود. آیت‌الله شهید صدوقی(ره) نیز تحت کنترل شدید قرار گرفت و به دلیل اقدام علیه برگزاری جشن‌های 2500 ساله شاهنشاهی، امضاءاعلامیه تحریم انتخابات دوره 21 مجلس شورای ملی و خلاف شرع دانستن ساخت مدارس یادبود به نام محمدرضا پهلوی و خاندان سلطنت، تهدید به تبعید شد:
«دستور فرمایید به آقای محمد صدوقی تذکر دهند چنانچه در آینده نسبت به جشن‌های شاهنشاهی اظهارنظر منفی کند، از منطقه طرد خواهد شد.»
در اسفندماه سال 1353ش، محمدرضا پهلوی در یک سخنرانی، سیستم سیاسی چند حزبی فرمایشی کشور را به سیستم تک حزبی تبدیل و پس از نامگذاری آن به عنوان «حزب رستاخیز ملت ایران»، اعلام کرد:
«دوران دودوزه‌بازی کردن‌ها به سر‌ آمده و جای کسی که با قانون اساسی و نظام شاهنشاهی و انقلاب 6 بهمن مخالف است، در زندان است و یا خروج از کشور.» پس از این اقدام شاهانه!، امام خمینی(ره) در پیامی به مردم ایران، درباره این حزب اعلام نمودند:
«نظر به مخالفت این حزب با اسلام و مصالح ملت مسلمان ایران، شرکت در آن بر عموم ملت حرام و کمک به ظلم و استیصال مسلمین است و مخالفت با آن از روشن‌ترین موارد نهی از منکر است.»