شهادت آیت الله صدوقی، سومین شهید محراب که در ماه مبارک رمضان و در مسجد به شهادت رسید، شاهدان بسیاری داشت که بسیاری از آنان بعدها مشاهدات خود را نقل نمودند و در رسانه های مختلف منعکس شد. به مناسبت سالروز شهادت این عالم بزرگ، روایتی از نحوه شهادت ایشان را از قول شاهدان عینی می خوانیم:
«در ساعت سیزده و بیست دقیقه روز جمعه یازدهم تیر ماه 1361، مصادف با دهم ماه مبارک رمضان، مردم همیشه در صحنه یزد مانند هفته های پیش در مسجد ملّا اسماعیل آن شهر گرد هم آمده بودند تا نماز عبادی-سیاسی جمعه را به امامت آیت الله صدوقی به جا آورند. ... صبح روز حادثه، آیت الله صدوقی مشغول کارهای قبل از نماز جمعه شد و حدود ساعت 11 به اطاقی که همجوار اطاق برادران پاسدار بود آمده مشغول نماز گردید و حدود نیم ساعتی شاید نمازشان طول کشید. ... خطبه ها شروع شده بود و آقا مشغول صحبت بودند. به یکی از پاسداران اشاره کردند و گفتند به مردم بگویید همراه مؤذن، اذان را تکرار نکنند. مثل اینکه آقا آن روز خیلی عجله داشت، مانند کسی که انتظار می کشد. با وجود کهولت سن زیاد احساس خستگی نمی کرد.
در بین دو خطبه، یکی از برادران پیشنهاد قرائت اطلاعیه ای را داد ولی ایشان قبول نکرد و گفت وقت نیست. یکی از برادران سپاهی دستمالی از جیب درآورد و به ایشان تعارف کرد تا عرق های صورت و پیشانی خود را پاک کنند ولی شهید صدوقی با تغیّر گفت: "مگر نمی بینید مردم در این گرما چطور عرق می ریزند؟ چطور من عرق هایم را خشک کنم؟" و بلافاصله برخاست برای خطبه دوم و بعد از اتمام خطبه ها نماز خواند و بعد از اتمام نماز عصر از محراب به طرف محلی که اتومبیل قرار داشت حرکت کرد.
شهید صدوقی خیلی عجله داشت. در این لحظه بلندگوهای مسجد برای اینکه ایشان بتوانند تشریف ببرند به صدا در آمد و از نمازگزاران خواسته شد که سر جای خود باقی بمانند. شهید صدوقی سپس صحن قدیم را ترک کرد و وارد صحن جدید شد. در این محل برای پوشیدن کفش های خود ایستاد.
در این لحظه جوانی از پشت سر محکم گردن آیت الله صدوقی را گرفت. در این حال محافظین آیت الله و برادران سپاه که ابتدا فکر کرده بودند که شخص مذکور قصد بوسیدن صورت آیت الله را دارد بلافاصله وارد عمل شدند و می خواستند این مهاجم را از امام جمعه یزد جدا کنندکه متأسفانه تلاش آنها به ثمر نرسید و چند ثانیه بعد انفجار مهیبی به وقوع پیوست و در پی انفجار، قسمت های پشت بدن، ستون فقرات و شکم به پایین حضرت آیت الله صدوقی مصدوم شد و قبل از اینکه به بیمارستان برسد به لقاءالله شتافت.
محمد رضا ابراهیم زاده، آن منافق آمریکایی که از سران شاخه نظامی منافقین در کرمان و اهل یکی از روستاهای نائین بود، به وسیله همان نارنجکی که به خود متصل کرده بود در همان لحظات اول به جهنم واصل شد.
فردای آن روز، تشییع جنازه شهید محراب با شکوه خاصی در یزد برگزار شد و سپس جنازه پاک آن شهید در مسجد روضه محمدیه یزد به خاک سپرده شد.»
