در گزارشی از ساواک یزد درباره این روز آمده است:
«در واقعه روز 57/9/23 در شهرستان یزد، دو نفر به اسامی علی‌محمد شفیعی و علی بوستان [بستانی] کشته شده‌اند و به طوری که بین مردم در شهر شایع است تعداد کشته‌شدگان 9 نفر می‌باشد.»
آیت‌الله صدوقی در توصیف چگونگی این واقعه در روز بعد، چنین گفت:
«امروز پیش از ظهر رفتم مسجد؛ دیدم در مسجد بسته است و عده‌ای سرباز، با دو نفر برآمدند و چند تا تیر هوایی هم خالی کردند. من به آنها گفتم که اگر می‌خواهید کسی را بکشید، اول من را بکشید و کاری به مردم نداشته باشید. یکی از سربازها گفت به خدا آقا، ما تقصیری نداریم؛ ولی خوب ما جلوی سربازها ایستادیم، ولی حالا چه می‌شود خدا می‌داند. بعد هم که از مسجد بیرون آمدیم، تنها و پیاده رفتم خانه.»
برخی از شاهدان عینی این واقعه، مطالب مندرج در گزارش را صحیح ندانسته و می‌گویند:
«مجسمه رضاشاه را روز 57/9/21 خود نیروهای نظامی پایین آوردند و به تلافی پایین آوردن مجسمه در روز عاشورا 57/9/20، در روز 13 محرم 57/9/23 رژیم به مردم حمله کرد و سه نفر به نام‌های سیدحسین دهقان‌منشادی- علی‌محمد شفیعی‌مقدم و رجبعلی  بستانی قلعه‌کهنه را شهید و تعداد زیادی از عزاداران را مجروح و دستگیر کرد.»
آیت‌الله صدوقی در واکنش به حرکت نیروهای نظامی و انتظامی، اعلامیه‌ای در محکومیت کشتار بی‌رحمانه مردم بی‌دفاع صادر نمود:
«بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
کشتار و باز کشتار آخرین الفاظی است که از حلقوم این مفتضح، یعنی دولت ورشکسته نظامی به گوش می‌خورد، حکومت خودکامه ایران که در برابر قهر انقلابی اسلامی ملت ایران هر چاره‌جویی صحیح و عاقلانه‌ای را از دست داده است به خیال واهی خود هنوز هوای مبارزه با این ملت در سر می‌پروراند، آیا این همه تجربه تلخ کافی نبود؟  آیا دولت نظامی به تلخی این حقیقت را نچشید که سر‌نیزه و رگبار مسلسل و خون ریختن موج انقلاب را کوبنده‌تر و دایره خشم و شورش ملی را وسیع‌تر می‌کند؟ آیا هیئت حاکمه ایران اگر خود از تفکر بازمانده است تفسیرهای سیاسی روز دنیا توانست ]به[ او بفهماند که هر قطره خونی که به دست مزدوران جلاد دستگاه بچکد اقیانوسی خروشان می‌گردد که این بنای پوشالی را زودتر متزلزل خواهد ساخت. دولت نظامی که از تاسوعا و عاشورا به شدت دچار وحشت گردیده صلاح دید در این دو روز عقب‌نشینی کند و برنامه‌ خونریزی را بعد از عاشورا مجددا به اجرا درآورد، این دیوانگان، غافل از اینند که شعار شیعه در این جمله خلاصه است که:
هر سرزمینی کربلا و هر روزی عاشورا است، ملت قهرمان مسلمان اگر روز تاسوعا و عاشورا را احترامی خاص قائل است به آن معنا نیست که پس از عاشورا از حرکت انقلابی خود باز می‌ایستد. ...»!
 آیت‌الله صدوقی در گفت‌وگویی با شهید پاک‌نژاد، با صراحت، با هماهنگی خویش با برخی از رجال نظامی و انتظامی اشاره نمود و از طریق ایشان، به سرگرد سمیعی معاون شهربانی پیغام داد:
«والله من دیگر اعتمادی به ایشان ندارم و اعتماد من از آن روز تا به حال از جناب سرگرد سلب شده است. من فکر کرده‌ام که ایشان مرد مسلمان و مومنی هستن، ولی  ایشان هم دستشان با آنها یکی است؛ ولی ایشان جنبه مذهبی ندارند ]دارند[؛ پس چطور من به حرف‌های ایشان اعتماد کنم؟ شما از جانب من به ایشان بفرمایید که فلانی گفته است که من تا قبل از عاشورا فکر می‌کردم که مرد مسلمان و مومنی هستی؛ و اعتمادم از شما سلب شده است،  ولی تو هم مثل رفیقت سرهنگ هاشمی هستی و چیزی که نداری وجدان و عاطفه است؛ من ایمانی ندارم به شما و از ظهر عاشورا به بعد هم ایمانم از شما سلب شده است و هیچگونه اعتمادی دیگر من به ایشان ندارم و من تا قبل از عاشورا فکر می‌کردم که فرد مسلمان هستی و به نفع مسلمین کار می‌کنی، ولی دیگر اعتمادم از شما مثل سرهنگ هاشمی و رئیس ژاندارمری سلب شده و فهمیدم که همگی مردمانی هستید دشمن به دین و دشمن به مذهب و چیزی که ندارید مذهب است. چطور من اعتماد کنم به شما؟»
پس از واقعه مشهد و تحصن علماء  در بیمارستان امام رضا علیه‌السلام، آیت‌الله صدوقی نیز ضمن اعلام تحصن در یزد، شهرهای استان‌های اطراف را نیز به هماهنگی در این تحصن دعوت نمود، کما اینکه به حجت‌الاسلام حاج‌شیخ عباس پورمحمدی که از رفسنجان تماس گرفته بود، گفت:
«تحصنی در مشهد هست که اطلاع دارید؛  اگر شماها هم فردا تحصن بکنید، خیلی بهتر است. یزد هم از فردا شروع می‌شود. خلاصه یک همبستگی باشد و گول دستگاه را نخورند که زود تحصن را بشکنند.»
آخرین سند ثبت و ضبط مکالمات بیت‌ آیت‌الله صدوقی مربوط به روز سه‌شنبه 1357/9/28 است و به نظر می‌رسد با توجه به اقداماتی که برای نقل و انتقال اسناد و مدارک صورت گرفته بود، مابقی این اسناد، در جریان این نقل و انتقال، از بین رفته باشد؛ کما اینکه در اسناد موجود در سوابق ایشان، گزارشی از گفت‌وگوی تلفنی وی با اصفهان در تاریخ 57/10/2 وجود دارد؛ هر چند این گفت‌وگو، در اسناد موجود، در مکالمات روز 57/9/20 به ثبت رسیده است.