در این موقع، ساختار سیاسی کشور بنا بر سیاست آمریکایی‌ها، به صورتِ سیستم دوحزبی در حال شکل‌گیری بود و اسدالله علم، مأموریت داشت تا تشکیلاتی را تحت عنوان «حزب مردم»، سازماندهی نماید. در این موقع، مهدی دریانی که شریک تجاری سپهبد کیا بود، از سویِ اسدالله علم به عضویت در حزب مردم دعوت شد. از این رو، حاجعلی کیا به محمدرضا پهلوی نوشت‌:
«دریانی، در دفتر چاکر حاضر، اظهار می‌نماید از طرف آقای علم از بنده دعوت به شرکت در هیئت مؤسسین حزب شده است. با مطالعه اسامی بعضی از اعضای مؤسسین، شخصاً احساس تمایل به همکاری با آنها نمی‌کنم، ولی چون سربازی جانباز در خاک‌پای اعلیحضرت همایونی هستم، چنانچه مقرر فرمایند فعلاً این دعوت را قبول خواهم کرد. چنانچه امر جهان‌مطاع تعلق گیرد قبول نماید، استدعا دارد وسیله آجودان کشیک به چاکر پیغامِ برود، داده شود؛ در غیر این صورت پیغامِ نرود.»36
در این ایام، سرتیپ کیا که ضمن پرداختن به فعالیت‌های شغلی خود در اداره اطلاعات ارتش، تشکیلات سازمان کوک را نیز، که در حال الحاق به نیروی مقامت ملی بود، اداره می‌کرد و کماکان به عضوگیری نیز مشغول بود؛ در شهریور ماه سال 1338ش، به همراه اسماعیل ریاحی، عزیزالله کمال و عبدالکریم ایادی، به درجه سپهبدی ارتقاء یافت37 و یک بار دیگر برای مأموریتی که اسناد آن در سوابق مشخص نمی‌باشد، به آمریکا رفت‌:
«در زمان نخست‌وزیری دکتر اقبال، من شدیداً با ایشان مبارزه داشتم و همان موقع برای انجام مأموریتی به آمریکا رفتم و یکی از اعضاء سفارت ایران در آمریکا، با حضور یک نفر آمریکایی، از دکتر اقبال انتقاد و بدگویی کرد. من با وجودی ‌که با دکتر اقبال مخالف بودم، شدیداً از ایشان تعریف و اظهارات عضو سفارت ایران را کاملاً تکذیب کردم.»38
این درحالی بود که در زمانی که به صورت آشکار، شایعه ریاست وی بر سازمان امنیت به جای تیمور بختیار مطرح بود ، از سوی ساواک، گزارش‌های پنهانی مبنی بر سوءاستفاده‌های مختلف و همچنین بی‌توجهی او نسبت به شاه نیز، جمع‌آوری گردید.39
در این موقع، منابعی که سپهبد کیا در اداره اطلاعات ارتش و سازمان کوک در سراسر کشور و حتی در کشورهای دیگر داشت و اطلاعاتی که از طریق آنان جمع‌آوری می‌نمود، حکایت از تداخل مأموریت‌های وی با ساواک داشت. نمونه‌ای از این تداخل، گزارشی است که دکتر خاقانی از نیویورک برای کیا ارسال نموده است‌:
«بعد از عرض سلام و دست‌بوسی، از دیشب می‌دانستم که امروز، علی فاطمی تظاهرات در جلو جامعه ملل راه می‌اندازد. لذا امروز بعدازظهر دوباره با مدارکی به (F.B.I) رفتم و باز هم وضع را توضیح دادم و اصرار و ابرام کردم که اینها کمونیست هستند و این تظاهرات با جنبش‌های آفریقایی که روس‌ها دامن می‌زنند و امروز صبح در داخل U.N افتضاح آن را دیدید، رابطه مستقیم دارد... بعد از بحث مفصل دو ساعته در اداره مزبور، چون به ساعت چهار بعد از ظهر که موعد تظاهرات بود نزدیک می‌شد، از F.B.I خارج و به جلو U.N آمدم. از گوشۀ[ای]ناظر شدم و دیدم فایده ندارد؛ باید به خود آنها مخلوط شوم؛ نزدیک‌تر رفتم... وارد شدنم به داخل آنها بسیار خوب شد، زیرا فوراً فهمیدم که بین این عده معدود، دو نفر غیرایرانی هم وجود دارد و آمریکایی هستند... عده مزبور در پیشاپیش یک پرچم ایران بدون شیر و خورشید حمل می‌کردند و جمعاً هشت عدد کارتون نوشته شده بود که دو عدد به فارسی بود، اظهار همدردی با دانشگاه تهران و شش عدد آن انگلیسی « ما انتخابات آزاد می‌خواهیم. ما آزادی می‌خواهیم. در ایران آزادی نیست »... به طوری که عرض شد، در روزنامه‌های امشب مطلبی که قابل تقدیم ‌باشد نیست و اصلاً و ابداً اسمی برده نشده است. فردا صبح زود، تمام روزنامه‌ها را خریده نگاه می‌کنم؛ اگر مطلبی بود دوباره طی عریضۀ[‌ای] دیگر تقدیم می‌دارم.»۴۰
به دلیل همین تداخل‌ها بود که سپهبد ورهرام، که خود از اعضای سازمان کوک بود، می‌گفت:
«قانون، وظایف سازمان امنیت و اداره دوم را تعیین کرده، ولی سپهبد کیا می‌خواست در همه کار دخالت کند.»41
زمانی که گزارش‌هایی مختلف پیرامون فعالیت‌های تشکیلاتی حاجعلی کیا، به همراه سوءاستفاده‌های او، مورد جمع‌آوری قرار گرفت، وی در تاریخ 25 اسفندماه سال 1339ش از ریاست اداره اطلاعات ارتش برکنار و به کارگزینی کل منتسب و بازنشست گردید.42
در این زمان، کشور در شرایط ویژه‌ای قرار داشت و پس از جریان اعتصاب معلمان در مقابل مجلس شورای ملی در میدان بهارستان در 13 اردیبهشت ماه سال 1340ش، که به کشته شدنِ دکتر خانعلی منجر گردید، دولت شریف‌امامی سرنگون و دکتر علی امینی در 16 اردیبهشت، مأمور تشکیل کابینه شد. وی در اولین نطق خود، وضعیت کشور را اسفناک خواند و گفت‌:
«تنها راه‌حل، ریشه‌کن ساختن فساد و تباهی است و دست افراد نادرست را باید قطع کرد.»43
در این موقع، گفته شد‌:
«سپهبد کیا برای پست سفیر کبیری در سوئد فعالیت می‌نماید و در نظر دارد کارهای املاک و بازرگانی خود را در تهران به پسرش واگذار و خود برای مدتی به سوئد برود.»44
و این شایعات درحالی مطرح گردید که نه تنها این انتصاب صورت نگرفت، که سپهبد حاجعلی کیا دستگیر و روانه زندان شد.
باوجود تمامی سر و صداهایی که در پیرامون دستگیری وی صورت گرفته بود، با سرنگونی دولت علی امینی، محاکمه فرمایشی او نیز در چند جلسه انجام شد و باوجود فراز و نشیب‌های فراوانی که داشت، مورد تبرئه قرار گرفت و از زندان آزاد گردید. در این موقع، شایع شد‌:
«سپهبد کیا رئیس‌رمز دربار می‌شود، که تا به حال فقط رزم ‌آرا و ارفع این پست را به دست آورده‌اند.»45