پس از گذشت مدتی از این عزل و نصب‌ها، به «کلیه ساواک‌ها» دستور داده شد:
«چنانچه در حوزه استحفاظی آن ساواک تشکیلاتی از سازمان سری کوک موجود است، دستور فرمایند اطلاعات مشروحه زیر را به نحو کاملاً غیرمحسوس در مورد آن سازمان تهیه و حداکثر تا پانزدهم آذرماه به این اداره کل اعلام نماید.
1. تاریخ تشکیل و شروع فعالیت آن. 2. سازمان مذکور تحت رهبری چه کسی اداره می‌شود. 3. تعیین تعداد اعضای سازمان مذکور و بیوگرافی و مشخصات کامل هر یک از آنان. 4. گردانندگان سازمان مورد بحث از چه طبقه‌ای و وابسته به کدام حزب و جمعیت و دسته می‌باشند. 5. چگونگی و نحوه فعالیت این سازمان. 6. سازمان فوق‌الذکر در هر ماه چند جلسه تشکیل می‌دهد و جلسات آن به طور علنی یا پنهانی و محرمانه صورت می‌گیرد. 7. آیا اتباع بیگانه نیز با این سازمان ارتباط دارند در صورت تأیید تابع کدام کشور و دارای چه شغل و سمتی می‌باشند. 8. سازمان مورد بحث در بین چه طبقه‌ای بیشتر نفوذ نموده است. 9. طرز فکر و نظریه مردم نسبت به سازمان مزبور. 10. چه تعدادی از اعضای سازمان کوک دارای سلاح مجاز می‌باشند.»
پاسخ ساواک شهرستان‌های مختلف و حتی ساواک تهران، به این بخشنامه، یکی از نکات قابل توجه در فعالیت‌های سازمان کوک و نشانگر رفتار پیچیده و سازمان‌یافته و سرّی آن می‌باشد:
«نظریات ساواکها:
1. زاهدان، به کلی اظهار بی‌اطلاعی نموده است و توضیحات بیشتری خواسته.2. تهران. موضوع را بی‌سابقه قلمداد کرده. 3. اصفهان، اطلاعات بیشتری در این مورد خواسته است. 4. اراک، از وجود چنین تشکیلاتی در آن شهرستان اظهار بی‌اطلاعی نموده است. 5. ساواک گرگان، طی نامه‌ای مشروح، سوابق تشکیل سازمان کوک را در آن شهرستان اعلام و اسامی اعضاء را به ضمیمه بیوگرافی آنها ارسال داشته است. 6. ساواک لرستان، موارد خواسته شده را ارسال نموده. 7. ساواک فارس، مشروحاً جواب‌های لازم را فرستاده است، 8. ساواک مهاباد، در مورد تشکیلات سازمان کوک، تا آنجایی که تحقیق گردیده است، اصولاً سازمانی به این نام شناخته نشده است.»
ساواک در این موقعیت، در تلاش بود تا به هر نحو ممکن از «ارجاع مشاغل حساس در وزارتخانه‌ها به اعضای سازمان کوک» پیشگیری نماید23و به همین دلیل در کمیسیونی که به منظور «بررسی و نحوه آموزش گروه‌های ضربت سازمان نیروی مقاومت ملی» در رکن سوم نیروی زمینی ارتش تشکیل شد، تیمسار آیرملو که معاون داخلی ساواک بود، ضمن پرداختن به موضوعِ «دقت در تعیین صلاحیت افراد شرکت‌ کننده در این سازمان»، در مورد «توجه کامل در مورد تعیین کادر رهبری سازمان» و «مبادله اطلاعاتی بین ساواک و سازمان» سخن گفت و پس از اینکه گزارش این کمیسیون برای سلسله مراتب اداری ارسال گردید، تصمیم گرفته شد «سه جلد پرونده‌های کوک و سازمان نیروی مقاومت ملی» برای اقدامات بعدی «تحویل بخش 314» اداره کل سوم ساواک داده شود.  
و از آن پس، جلساتی برای تبادل اطلاعات و بررسی مسائل اطلاعاتی در روزهای دوشنبه «با شرکت سرلشکر همایونی و سرتیپ حاتمیان و نمایندگان شهربانی، ژاندارمری، سازمان امنیت و اداره دوم در سازمان کوک» تشکیل گردید. و این درحالی بود که نفوذ در سازمان کوک به منظور بهره‌گیری از «کلیه اخباری که جمع‌آوری می‌نمایند» در بخشنامه‌ای سراسری نیز در دستور کار ساواک قرار داشت.
و پس از اعلامِ انحلالِ سازمان کوک در مرداد ماه سال 1352ش توسط محمدرضا پهلوی، «مشخصات افراد وابسته به سازمان کوک» در اختیار ساواک قرار داده شد تا «پس از بررسی، در صورتی که در اهداف ساواک مفید بودند، به عنوان همکار افتخاری از وجود آنان استفاده شود.»
افول فعالیت‌ها
و انحلال سازمان کوک
با دستگیری سپهبد حاجعلی کیا در اردیبهشت ماه سال 1340ش، شایعات متعددی مبنی بر اقدامات خرابکارانه و اعتراض آمیز اعضای سازمان کوک در حمایت از او صورت گرفت که هیچ یک به حقیقت نپیوست.
در این موقع، اداره سازمان کوک به سرلشکر همایونی و سرهنگ خسروی که هر دو از نزدیکان سپهبد کیا بودند، واگذار گردید.
و این درحالی بود که سازمان کوک، به دلیل اقدامات سپهبد کیا و دخالت‌های فراوانی که در امور مختلف کشوری و لشکری داشت، در نزد بسیاری از مطلعین منفور شده بود:
«طرفداران سپهبد بازنشسته حاجیعلی کیا برای ارعاب قضات دادگستری شهرت داده‌اند که نامبرده کاندیدای نخست‎وزیری است و شبکه‌ای که به نام (کوک) در وزارتخانه‌ها و موسسات دولتی تشکیل داده، طبق نقشه و نظر مقام سلطنت بوده و نامبرده و اعضاء کوک با شخص خود شاهنشاه مربوط می‌باشند و انتشار این شایعات موجب شده که اکثر قضات دادگستری، مخصوصاً طبقه جوان آن، دربار را حامی و پشتیبان افرادی نظیر تیمسار سپهبد کیا دانسته و با نظر بدبینی و انتقاد نسبت به دربار بنگرند.  
و پس از گذشت حدود یک سال از ماجرای دستگیری و عزل سپهبد کیا از ریاست اداره دوم ارتش و سازمان کوک، در فروردین ماه سال 1342ش گفته شد:
«سرهنگ ابراهیم خسروی افسر بازنشسته ارتش، که بعد از سرلشکر همایونی مسئول و گرداننده سازمان کوک می‌باشد، به اعضای مؤثر و مورد اعتماد آن سازمان به طور خصوصی تذکر می‌دهد که مدتی است تیمسار سپهبد کیا هیچگونه سمت مدیریت و رهبری در سازمان مذکور ندارد و توصیه و دستورات ایشان به هیچوجه برای اعضاء قابل اجرا نیست و به جای نامبرده، به فرمان شاهنشاه، سرلشکر همایونی مسئول سازمان و رابط بین شاهنشاه و سازمان می‌باشد و البته تیمسار کیا جزو برادران و اعضای سازمان باقی خواهد بود.»