برگزارى جلسات براى جوانان و پاسخگويى به سؤالات آن‏ها و آشنا نمودن ايشان به اسلام راستين از برنامه‏هاى مرتب و ثابت مسجد جليلى بود و همين امر موجب شده بود بسيارى از جوانان جذب مسجد شده و در فعاليت‏هاى آن شركت و حضور فعال داشته باشند. ساواك در اين مورد چنين گزارش مى‏دهد:
«در تاريخ 28/2/44 مأمور ويژه (دى 51) گزارش داد كه در مسجد جليلى واقع در خيابان ايرانشهر جلساتى تحت عنوان بحث و انتقاد با شركت عده‏اى از جوانان به سرپرستى مرد معممى به نام مهدوى ازساعت 7 الى 9 بعدازظهر هر شب ادامه دارد و ضمن بحث‏هاى مختلف، آياتى از قرآن نيز تلاوت مى‏شود... در ساعت 1945 روز 10/2/44 در جلسه متشكله مسجد مزبور كه قريب 30 نفر از جوانان شركت داشتند مهدوى اظهار داشته است يكى از خواسته‏هاى حضرت آيت‏اللّه‏ خمينى كه بارها در سخنرانى‏هاىخود ايراد فرموده‏اند اين است كه بايد دانشگاه (دانشكده طب) از كارهاى كالبدشكافى جلوگيرى به عملآيد... ناطق سپس اضافه نمود كه آموختن فنون جنگى و تهيه كردن ساز و برگ جنگ به مقتضى دوره عصر و حتى آموختن علومى چون فيزيك و غيره از وظايف هر فرد مسلمان است، ما بايد تمام اين كارها و علوم مختلف را بدانيم. اول ما از همه جلوتر بوده‏ايم ولى حالا از همه عقب‏تر هستيم... اين گردانندگان بدسرشت مملكت هستند كه عامل بدبختى و فقر مى‏باشند، چرا اسم دين را بدنام مى‏كنند. اينها هستند كه ملت را به لب پرتگاه مى‏كشانند نه دين و سبب تمام بدبختى‏ها خود دستگاه حاكمه مى‏باشد و بس كه همه فريادهاى انسانى را در سينه‏ها خفه كرده‏اند....»
   بحث‏هاى سلسله‏اى آيت‏اللّه‏ مهدوى كنى درباره اقتصاد و مسايل ماركسيسم از جمله اين فعاليت‏هاى مؤثر براى جوانان بوده است اين بحث‏ها چنان كه از اسناد بر مى‏آيد از تاريخ 24/9/46 تا آبان سال 49 ادامه داشت و جزواتى نيز در اين مورد چاپ و بين شركت‏كنندگان توزيع مى‏شد.
   آگاهى‏بخشى نسبت به خطر صهيونيسم و مبارزه با آن و كمك مادى به مبارزين فلسطين از جمله فعاليت‏هاى مسجد جليلى بود، سخنرانان مسجد نسبت به اين مسئله اقدام به افشاگرى نموده و مردم را به آن آگاه مى‏نمودند. در سند مورخ 14/9/49 چنين آمده است:
«ابتدا توانا گفت... بعد در حين گفت‌وگو مبلغ چهارصد ريال به هوشنگ دلشاد داد و گفت اين پول را يك نفر بهايشان داده و گفته كه براى ياسر عرفات بفرستيد...»
در سند مورخ 8/9/51 آمده كه:
«... رحمان جعفرخانى به طور خصوصى مى‏گفت كوشش دارد تا آخرماه رمضان حدود 10 تا 12 هزار تومان از ‌اشخاص خيّر اعانه جمع‏آورى تا وسيله آقاى مهدوى پيش‌نماز از طريق سفارت سوريه براى چريك‏هاى الفتح ارسال گردد.»
   فعاليت‏هاى سياسى و ضد رژيم در مسجد جليلى توجه ساواك را به خود معطوف داشته و در نوبت‏هاى مختلف نسبت به آن هشدار مى‏دهد رئيس اداره امنيت داخلى ساواك تهران در گزارشى در تاريخ 29/10/45 مى‏نويسد:
«باتوجه به گزارشات خبرى ارسالى اعلام مى‏گردد كه بعضا جلسات مذهبى تحت عنوان بحث و تفسير در مسجد جليلى... در اين جلسات عده‏اى از طرفداران روحانيون مخالف و عده‏اى از عناصر طرفدار احزاب و دستجات افراطى شركت مى‏نمايند...»61
   و از طرف رئيس سازمان اطلاعات و امنيت كشور سپهبد نصيرى نامه‏اى به ساواك تهران ارسال و در آن
مى‏نويسد:
«... از طرفى مسجد مزبور به صورت پايگاهى جهت اجتماع و فعاليت عناصر افراطى وابسته به جناح‏هاى مخالف درآمده است... از فعاليت‏هاى مضره مشاراليه ‌]مهدوى‏كنى] و هم‏‌چنين عناصر مزبور در مسجد مورد بحث به نحو مقتضى جلوگيرى و از نتيجه اقدامات معموله اين سازمان را مطلع نمايند.»
   پس از اين دستور كه در تاريخ 7/7/47 صادر گرديده بود، در تاريخ 26/7/47 از تشكيل جلسات جلوگيرى به عمل آمد: «جلسه بحث و تفسير در مسجد جليلى -  جلسه فوق‏الذكر در تاريخ 26/7 كه طبق معمول هر هفته تشكيل مى‏گردد، تشكيل نشد، گويا از طرف شهربانى جلوگيرى شده است. محمدرضا توانائيان اظهار داشت حتى از تشكيل جلسه قرائت قرآن در روز يك‏شنبه مانع شدند.»
در تاريخ 21/10/51 ساواك تهران طى طرحى هيجده نقطه را جهت بازرسى و تصفيه تعيين مى‏نمايد كه مسجد جليلى يكى از آن‏هاست و در اين باره نامه‏اى به شرح زير براى مديريت كل اداره سوم مى‏نگارد:
«اخيرا صورت اسامى عده‏اى از طرفداران خمينى تنظيم و در اختيار كميته مشترك ضدخرابكارى گذارده شده و قرار است طرحى روى اين افراد اجرا و منازل و محل كار آنان بازرسى گردد. عليهذا مقرر فرمايند به منظور تصفيه كامل محل‏هاى مشروحه زير نيز دقيقا بازرسى و كتب مضره و احتمالاً اعلاميه‏هاى موجود درآن نيز جمع‏آورى گرديده و نتيجه را ابلاغ فرمايند... 12- مسجد جليلى در انتهاى ايرانشهر...»
   ولى با تمام اين مراقبت‏ها و فشارها، مسجد جليلى همچنان به حيات انقلابى خود ادامه داد و روز بهروز به فعاليت‏هاى مفيد و روشنگرانه خويش افزود، به طورى كه مدير كل اداره سوم طى گزارش نسبتامفصلى در تاريخ 4/12/53
مى‏نويسد:
«گزارشات رسيده نشان مى‏دهد كه مسجد جليلى تهران پايگاه عناصر متعصب مذهبى وابسته به گروه‏ها و دستجات برانداز و مضره شده است بعد از تعطيل مسجد هدايت تهران و حسينيه ارشاد، كانون تجمع افراد منحرف به مسجد مذكور منتقل شده است... سخنرانان با بى‏پروايى بيشترى مسايل مورد نظر خود را كه از هر لحاظ جنبه انقلابى دارد براى حاضرين در مسجد تشريح و افراد مذهبى را براى شركت در فعاليت‏هاى خرابكارانه آماده مى‏سازند... مجموع بررسى‏ها نشان مى‏دهد كه تجمع افراد وابسته به گروه‌ها و دستجات‌برانداز مذهبى در اين مسجد معلول جهات روشنى مى‏باشد. وجود مهدوى‏كنى در سمت امام جماعت اين‌ مسجد و كارگردانى آن و سوابق فعاليت او در پيروى از خمينى... عامل عمده‏اى در جذب اين افراد در مسجد مورد بحث است... لذا بدين منظور خواهشمند است دستور فرماييد محمدرضا مهدوى را احضار نموده و به وى تفهيم گردد تا به حال به پاره‏اى از فعاليت‏هاى خلاف او در گذشته به ديده اغماض نگاه شده و او از اين موضوع سوءاستفاده كرده است و تصور نموده كه اگر در خفا فعاليت‏هاى خلاف گذشته‏اش را با جمع‏آورى عناصر منحرف در مسجد و دعوت از روحانيون افراطى براى سخنرانى دنبال كند، دستگاه مانند گذشته با اغماض به فعاليت‏هاى خلاف او خواهد نگريست. براى مدت يك ماه فرصت دارد كه عناصرمنحرف را كه در اين مسجد حضور پيدا مى‏كنند به هر طريقى كه خودش مى‏داند از حضور در مسجد باز دارد و از روحانيون افراطى نيز براى سخنرانى دعوت به عمل نياورد و خودش نيز در لفافه مطالب خلاف بازگو نكند. چنانچه در ظرف اين مدت نتواند و يا نخواهد اين كار را به انجام رساند، آن وقت تصميم براى اين عمل را دستگاه اتخاذ و به مورد اجرا خواهد گذارد.»
 با توجه به اقدامات و فعاليت‏هاى ضد رژيم در مسجد جليلى، ساواك به تهديد خود جامه عمل پوشانده و در تاريخ 6/6/54 يعنى شش ماه پس از انجام تذكر و تهديد خود، در كميسيون حفظ امنيت اجتماعى تهران، آيت‏اللّه‏ مهدوى كنى را به سه سال اقامت اجبارى در شهرستان بوكان محكوم
مى‏نمايد.
   مسجد جليلى در عين حال از كاركردهاى اساسى ديگر بازنمانده بود و مراسم عبادى متعدد و منظم خود را كه در اصل خميرمايه مبارزه پاك و خالص اسلامى است، حفظ نموده بود، انجام مرتب و منظم دعاى توسل، دعاى كميل، دعاى ندبه، برگزارى مراسم افطارى در ماه مبارك رمضان، برپايى نماز عيدفطر و قربان، تشكيل جلسات قرائت، ترجمه و تفسير قرآن كريم، ترجمه و شرح بعضى خطبه‏ها و بيانات گهربار حضرت على (عليه‏السلام)، ارائه مقالات مفيد از طرف شركت‏كنندگان در مسجد و قرائت آن و بحث و تبادل‏نظر در مورد آن، انجام مراسم سوگوارى در ايام خاص و برگزارى مراسم جشن در ولادت ائمه اطهار (عليهم‏السلام) از جمله برنامه‏هاى هميشگى مسجد بود. منتهى همه اين برنامه‏ها خالى ازكاركرد سياسى و مبارزه با رژيم نبود و در تمام اين مراسم توجه به جنبه‏هاى سياسى مد نظر و عمل قرارداشت.
   مثلاً در تاريخ 25/5/47 به مناسبت تولد حضرت فاطمه زهرا (سلام‏اللّه‏ عليها) هم‏زمان جشن كتاب و كتابخوانى در مسجد برگزار مى‏شود و به قيد قرعه جوايزى به افراد اهدا مى‏گردد. سپس حسن توانايان‌فرد مطالبى درباره مفهوم كتاب و خواندن كتاب ايراد مى‏نمايد و از كتاب‏هاى فاقد ارزش كه داراى مطالب اساسى نيستند و در دسترس مردم و بچه‏ها قرار دارد انتقاد مى‏كند. بعد از پايان قرعه‏كشى مهدوى‏كنى سخنرانى نموده و مى‏گويد:
«... مسجد براى برگزارى چنين جشنى بايد از سازمان‏هاى انتظامى اجازه بگيرد ولى هزاران اعمال فسق وفجور كه در اين مملكت نمودار است، انجام مى‏گيرد و كسى به آن‏ها چيزى نمى‏گويد...»
   در تاريخ 1/7/51 به مناسبت ميلاد حضرت مهدى (عج) جشن باشكوهى در مسجد جليلى برگزارمى‏شود كه ساواك نكات برجسته اين جشن را چنين گزارش مى‏نمايد:
«... ديوارهاى مسجد با شعارهاى ضد استعمار و مبارزه با سكوت و دعوت مردم به مخالفت با هرگونه  ستم پرشده بود و اين شعارها در هر نقطه‏اى به ديوار نصب گرديده بود... على حجتى‏كرمانى بالاى منبر رفت وبحث علمى و انتقادى خود را... شروع... [و گفت] يك مشت ژاندارم بين‏المللى و سرسپردگان امريكا در سرزمين‏هاى ملل اسلامى به زور، خانه و كاشانه‏هاى آنان را غصب و آن‏ها را از سرزمين‏هاى خود بيرون كرده و ما احساس هم دردى و پشتيبانى از آنان نمى‏كنيم و سپس به مفاسد و هرزگى‏هاى اجتماع ما ‌اشاره و دستگاه را با فشارهاى خود به طبقه علما و رواج فحشاء و مراكز فسق و فجور مورد انتقاد قرار داد و گفت امام ‌زمان با دعا و گريه زارى امكان ظهور براى ماها ندارد مگر از راه سازندگى و عمل در راه پيكار با هرزگى و مفاسد و هر ستم‏كارى. نامبرده طى مدت يك ساعت سخنرانى آن چنان حملاتى به گردانندگان فاسد و چپاولگر دستگاه نمود كه حاضرين را سخت تحت تأثير قرار داد... سپس محلاتى به مدت 50 دقيقه سخنرانى حادى را شروع و در مورد حكومت جهانى و عوامل ظهور حضرت بحث نمود كه از حجتى‏كرمانى به مراتب بيشتر به گردانندگان دستگاه و غارتگران كه براى حكومت چند روزه خود از هر جنايت و فسادى فروگذارى نمى‏كنند. حمله نمود و آن چنان مردم را تحت تأثير قرارداد كه همگى مات و متحير مانده
بودند...»
   مسجد جليلى در كنار اين برنامه‏ها از برنامه‏هاى مفيد آموزشى براى رشد و تربيت و آگاهى بخشى به جوانان بهره مى‏جويد و با برگزارى كلاس‏هاى تقويتى براى دانش‏آموزان به صورت مجانى در جهت جذب آن‏ها به اسلام و دور كردن آن‏ها از عوامل گمراه كننده تلاش مى‏نمايد. ساواك در اين‏باره چنين گزارش مى‏دهد:
«... آنگاه در پايان جلسه پيرامون كلاس‏هاى تدريس براى تجديدى‏ها مذاكره گرديد و قرار شد گل‏افشانى، امينى، دهقانى، نقاش‏زاده، وفايى، لواسانى، امامى رضوى و چينه‏كش (دبير) در اين زمينه همكارى كنند و نظامت و تدوين برنامه به عهده لواسانى گذارده شد... قرار شد در خود مسجد جليلى روزانه دو كلاس براىتجديدى‏ها تشكيل شود. شركت‏كنندگان در اين كلاس‏ها از دانش‏آموزان سيكل اول دبيرستان‏ها خواهند بود و شهريه از آن‏ها اخذ نخواهد شد، هدف از اين برنامه‏ها نيز بالا بردن مبانى دين دانش‏آموزان در سايهكلاس‏هاى تقويتى خواهد بود.».... «ضمنا بنا به توصيه مهدوى پيش‌نماز مسجد اصول عقايد و فقه هم در برنامه گنجانيده شده است كه مطالب به صورت اوراق پلى‏كپى در اختيار دانش‏آموزان قرار گيرد.»