تلاش برای تطهیر نهضت آزادی 

مزروعی تمام آنچه که در اواخر دهه 1370 و با نام «جنبش دانشجویی» رخ داد، همراه با استراتژی «گل و لبخند» و «آرامش فعال» می‌داند. در مقابل، مخالفان اصلاحات را به «رادیکالیزه کردن» این حرکت متهم می‌کند. گناه تنش‌ها و درگیری‌های اجتماعی را بر دوش مخالفان اصلاحات گذاشته و معتقد است برای اهداف اصلاحات باید فرهنگ‌سازی کرد و این «فرهنگ‌سازی باید از طریق ابزارهای فرهنگی همچون مطبوعات صورت بگیرد.» گفتنی است استراتژی «آرامش فعال» به عنوان آلترناتيو استراتژي «فشار از پايين، چانه‌زني از بالا» كه به معناي سپردن امور سياسي به نخبگان و طرد بدنه اجتماعي اصلاح‌طلبان از معادلات سياسي بود، توسط حزب مجاهدین انقلاب اسلامی تئوریزه که البته به شکست آنها در انتخابات شورای شهر دوم و ریاست جمهوری 1384 منجر شد.
رجبعلی مزروعی در باشگاه تحلیل گران آزاد (بتا) به مسائلی مانند «براندازی نرم» و «نهضت آزادی» پرداخت. با وجود آنکه سران نهضت آزادی به وضوح از نیازمندی به طرح‌های براندازانه سخن گفته‌اند، مزروعی گفت که «اصلا معتقد به براندازی آرام نیستم»؛ در حالی که در جزوه آموزشی درون گروهی نهضت آزادی آمده است که حرکت اجتماعی وقتی منجر به تغییرات اساسی می‌شود که در هر سه بعد و متناسب با هم رشد نماید. این سه بعد عبارتند از: مبارزات ایدئولوژیک، مبارزات سیاسی و مبارزات مسلحانه. با وجود کارنامه نهضت آزادی، مزروعی در حمایت از عملکرد این حزب گفت:
«نهضت آزادی نه در دوران شاه برانداز و نه اکنون برانداز بوده است. اینها را براساس یک تحلیل غلط گرفته‌اند»
اول آذرماه ۱۳۸۱، خبرگزاری ایسنا بیانیه‌ای را تحت عنوان «بیانیه ۱۳۴ روزنامه‌نگار» منتشر کرد. در این بیانیه حکم صادره برای «هاشم آغاجری»، «عباس عبدی» و «حسین قاضیان»‌ ناشی از یک اراده سیاسی خوانده شد؛ بدون آنکه به اتهام این عده ‌اشاره‌ای شود؛ اتهاماتی از قبیل توهین به مقدسات و جاسوسی برای بیگانگان. رجبعلی مزروعی نیز از جمله امضاءکنندگان این بیانیه بود.
از نظر مزروعی دو نوع نگاه در تحلیل تحولات داخلی وجود دارد. نگاه نخست ریشه حوادث و تحولات را در درون کشور جست‌وجو می‌کند و نگاه دوم به خارج از کشور نظر دارد. وی نگاه نخست را از آن اصلاح‌طلبان و نگاه دیگر را به جبهه روبروی اصلاحات منتسب می‌کند. نگاه دوم که مزروعی برای آن سابقه‌ای یکصدساله در نظر گرفته «نقطه پرگار تحلیل خود را درباره روند تحولات کشور و مسائلی که هر روزه در ارتباط با آن می‌گذرد در خارج قرار می‌دهد، سابقا انگلیسی‌ها و اخیرا آمریکایی‌ها را همه کاره تحولات داخلی کشور معرفی می‌کنند». مزروعی ضمن نفی نقش‌آفرینی برخی کشورهای غربی در ایران می‌گوید که «به جریان‌سازی کشورهای خارجی در ایران اعتقادی ندارم»، در حالیکه در دوره اصلاحات شاهد سفرهای فیلسوفان و نظریه پردازان انقلاب‌های مخملی به ایران بودیم، سفرهایی که از تلاش غرب برای نفوذ فرهنگی و به تبع آن نفوذ سیاسی در ایران حکایت داشت. به عنوان مثال «ریچارد رورتی» در سفر به ایران به اصلاح‌طلبان گفت که «گذار به دموکراسی» محصول بحثهای روشنفکری و فلسفی در باب «بازسازی سنت» و «اصلاح دینی» نیست، بلکه نیازمند اتکاء محض به «سنت‌های آمریکایی» و پیروی از فلسفه عمل گرایی (پراگماتیسم) است.
در ادامه سیاست جذب عناصر ایرانی توسط دولت آمریکا و به خدمت گرفتن آنها، دانشگاه «کلمبیا» در سال ۱۳۷۸ گروهی از عناصر مستعد ایرانی شاغل در مطبوعات و فعال در جریان اصلاحات را به آمریکا دعوت می‌کند. این سفر به دعوت دانشگاه کلمبیا و در قالب یک هیئت غیررسمی از اهالی مطبوعات انجام می‌گیرد. در این سفر ترتیب سخنرانی‌هایی در نیویورک و واشنگتن و ملاقاتهایی با افرادی مانند «گری سیک» داده شد.‌گری سیک عامل ارتباط‌گیری وزارت امور خارجه آمریکا با ایرانیان بوده است. مزروعی در این سفر به غیراز سخنرانی در میزگردی با طرف آمریکایی به تشریح وضعیت روزنامه‌نگاری در ایران پرداخت.
توسعه سیاسی؛ توسعه اقتصادی
در دوره ریاست جمهوری سیدمحمد خاتمی حلقهای در مرکز مطالعات ریاست جمهوری شکل گرفت. این حلقه به مدخلی برای نفوذ فرهنگی غرب و نظریات تئوریسین‌های جنگ نرم در جامعه علمی، فرهنگی و مطبوعاتی ایران تبدیل شد. کلید واژه این حلقه «توسعه سیاسی» بود. اهتمام و پافشاری این گروه بر این مسیر تا آن اندازه است که در شرایط پس از چهار سال نخست اصلاحات و با وجود مشکلات فراوان اقتصادی، همچنان بر ارجحیت توسعه سیاسی بر مقولههای اقتصادی تاکید داشتند. لذا پس از آنکه خاتمی اولویت کاری خویش را در صورت پیروزی در انتخابات 1380 رسیدگی به مسائل اقتصادی بیان می‌کند مورد انتقاد این عده قرار می‌گیرد.
 مزروعی در این باره می‌گوید:
«من این مسئله را که ایشان [خاتمی] محوری‌ترین و مهم‌ترین مسئله کاری دولت خویش را مسایل اقتصادی عنوان کرده باشند، قبول ندارم»  
مزروعی مانند دیگر همفکران خویش (در دوره اصلاحات) به القا این تفکر پرداخت که ایران دچار انسداد سیاسی شده و لذا به «توسعه سیاسی» بیش از هر چیز دیگری نیازمندیم. او در جلسه پرسش و پاسخ جبهه مشارکت شرق تهران گفت: «‌ایران یک کشور جهان سومی در حال گذار است،‌ مشکلات و مسایل سیاسی اساسی دارد و برای بقای جمهوری اسلامی و حل مشکلات آن تنها راه اصلاحات است»  به این واسطه برای چهره‌سازی منفی از منتقدان سیاستهای فرهنگی و اقتصادی دولت اصلاحات، آنها را گروه‌هایی عنوان کردند که «به نوعی تفسیر اقتدارگرایانه و استبدادمآبانه از دین و حکومت گرایش دارند. «گفتمان آزادی» را بزرگترین دشمن خود میدانند و به ناچار برای طرد یا کمرنگ کردن آن به «گفتمان عدالت» یا «گفتمان امنیت» پناه می‌برند»
مزروعی حل مشکلات اقتصادی مردم را منوط به نهادینه شدن گفتمان اصلاح‌طلبان می‌داند، به گونه‌ای که راهی جز این برای حل مسائل اقتصادی نمی‌شناسد. وی حل مشکلات اقتصادی مردم را با دعواهای سیاسی و حزبی پیوند زده و از این راه در تلاش است که به القا این تفکر که «نان مردم فقط در سایه آزادی تامین خواهد شد» میپردازد. البته آزادی مورد نظر او نهادینه شدن گفتمان اصلاح‌طلبان در جامعه است.
 در حالی که «محتشمی پور» رئیس ‌فراکسیون جبهه دوم خرداد در مجلس ششم توجه نکردن به وضع معیشتی مردم را یکی از نقاط ضعف اصلاح‌طلبان دانست، مزروعی مطرح شدن مباحثی از قبیل تقدم توسعه اقتصادی بر توسعه سیاسی را مانع اساسی در روند اصلاحات می‌داند و در شرایطی که دولت اصلاحات نتوانسته بود به وعده‌هایی که به مردم داده است جامه عمل بپوشاند، در گفت‌وگو با ایسنا گفت: «مردم ایران آزادی را با شعار نان معامله نخواهند کرد»