امام جماعتی که ساواک را عاصی کرده بود
اولين دستگيري و بازداشت او مربوط به حضور وي در جلسة روحانيان در منزل آيت‌الله حاج شيخ محمد غروي كاشاني در تاريخ 3/11/41 درمخالفت با لوايح ششگانه انقلاب سفيد شاه بود كه به مدت پنج روز ادامه داشت و در تاريخ 8/11/42 آزاد شد.
در تاريخ 17/3/42 به اتهام دخالت و همكاري در حادثه 15 خرداد بازداشت شده و پس از چندي آزاد مي‌گردد.
در تاريخ 23/10/42 به صورت تلفني مورد تهديد ضرب و جرح و قتل با چاقو قرار مي‌گيرد و فرداي آن روز توسط مأمورين كلانتري 13 به مدت چند ساعت دستگير و مورد بازجوئي قرار گرفته و سپس آزاد مي‌گردد و گويا از وي التزام به عدم سخنراني مي‌گيرند، زيرا در تاريخ 28/10/43 بعد از اقامة نماز جماعت، به جمعيت حاضر مي‌گويد:
« من فعلاً اجازه صحبت كردن ندارم تا بعداً ببينم چه خواهد شد.»
در سال 43 به اتهام اقدام عليه امنيت داخلي دستگير و برابر رأي دادگاه عادي شماره 2 اداره دادرسي نيروهاي مسلح به دو ماه حبس تأديبي محكوم و پس از طي مدت محكوميت از زندان آزاد مي‌شود. البته اين محكوميت در سند ديگري پنج ماه اعلام شده است و از 30/10/43 تا 27/3/44 ادامه داشته است.
شجاعت و صراحت آيت‌الله جعفري در بيان حقايق و مخالفت با رژيم شاه و حمايت از نهضت امام خميني(ره) آن‌چنان گسترده و بي‌محابا بود كه بارها منابع ساواك به تأثير فوق‌العاده سخنان وي در مردم و تبديل شبستان گرمخانه به پايگاهي براي مخالفين حكومت اعتراف نموده و به مسئولين خود چنين گزارش مي‌دهند:
«نظريه رهبر عمليات: شيخ غلامحسين جعفري پيشنماز شبستان گرمخانه مسجد جامع كه از روحانيون افراطي و از طرفداران سرسخت خميني مي‌باشد همه ساله در ماه‌هاي رمضان و محرم از طلاب و وعاظ ناراحت و گمنام دعوت مي‌كند كه در اين مسجد به منبر بروند و در حقيقت مسجد مزبور را به صورت پايگاهي از مخالفين درمي‌آورد.»
« شيخ غلامحسين جعفري تمام وجودش يك پارچه بغض و كينه است و اكنون كه نام مبارك شاهانه را در مسجد مي‌برد و از فرمايشات معظم‌له مطالبي مي‌گويد، چنان‌چه از طريق شهرباني شديداً به جعفري تذكر داده نشود كار عوام‌فريبي وي به جايي خواهد رسيد كه علناً به هتاكي و تحريك مردم براي بلوا و شورش خواهد پرداخت. »
« با توجه به اين به نظر مي‌رسد اين مسجد محل تجمع افرادي افراطي است و آيت‌الله جعفري پيشواي مسجد نيز شخصي است ناراحت و متعصب واقعي در راه دين اسلام و تأثير عجيب در گفته‌هاي اوست و هم‌چنين بسيار بي‌آلايش و بي‌پروا صحبت مي‌كند، بهتر بود اين مسجد در اول هر ماه رمضان تحت عنوان تعمير تعطيل مي‌گرديد ... »
نامبرده در تاريخ 16/1/46 پس از نماز جماعت رو به جمعيت كرده و مي‌گويد:
« ... يكي مي‌گويد «خ» را نبايد گفت چون آقايان خيال مي‌كنند خميني گفته شد و جرم است، به زندان مي‌برند و شكنجه مي‌دهند. هم‌چنين « ش » را هم نبايد گفت چون شاه هم « ش » دارد و جرم است و شما را به عنوان اهانت زنداني مي‌كنند. سازمان امنيت و مأمورين آگاهي هرچه بخواهند اين‌طور با مردم رفتار بكنند، نتيجه نخواهند گرفت، حالا ان‌شاءالله كه آنها اين‌قدر از اسم خميني مي‌ترسند وسيله خواهد شد كه آقاي خميني به اين بساط خاتمه مي‌دهد ... »
بعد از اين سخنراني مأمورين ساعت 14 روز 17/1/46 وي را دستگير و تحويل زندان قزل‌قلعه مي‌دهند. بازداشت وي چهار ماه به طول انجاميده و وي در تاريخ 16/5/46 آزاد مي‌گردد. ولي اين آزادي ديري نمي‌پيمايد و رژيم تحمل او را برخلاف مصالح خود تشخيص داده و او را در مهرماه 1346 به عراق تبعيد مي‌كند ولي ظاهر قضيه را جوري صحنه‌سازي مي‌نمايد كه مسافرت عادي جلوه كند و عدم بازگشت او را به اجازه ندادن دولت عراق نسبت دهد. وي شش ماه در عراق مي‌ماند و سپس به ايران باز مي‌گردد.
ساواك براي جلوگيري از بيانات روشنگرانه آيت‌الله جعفري در تاريخ 11/10/47 وي و چند تن از روحانيون مبارز ديگر را ممنوع‌المنبر مي‌كند ولي وي بدون توجه به ممنوعيت سخنان خود را در مسجد ادامه مي‌دهد.
درپي سخنان تند و ضد رژيم و ضد جشن‌هاي 2500 ساله شاهنشاهي در مهرماه 1350 توسط شيخ غلامحسين جعفري نامبرده در تاريخ 19/8/50 دستگير و تحويل ساواك مي‌گردد و در تاريخ 27/11/50 تبرئه شده و آزاد مي‌گردد.
آيت‌الله جعفري پس از آزادي از زندان از پاي ننشسته، هم‌چنان به مبارزه خود عليه رژيم ادامه داد. با آن كه از سال 50 تا پيروزي انقلاب اسلامي از حجم گزارش‌هاي ساواك درباره وي كاسته شده ولي از همان تعداد نيز مي‌توان به پشتكار و تلاش وي در پيروزي نهضت امام خميني(ره) دست يافت. اين روحاني مبارز در سال 1356 به علت سكته قلبي در منزل بستري شد و در نتيجه در فعاليت‌هاي سياسي و مبارزاتي آن سال‌ها كمتر شركت كرد. در سال 57 و ورود امام به ايران و پيروزي انقلاب اسلامي، امام همواره جوياي حال ايشان بود و چندبار آيت‌الله سيد محمد صادق لواساني را از جانب خود به عيادت ايشان فرستاد. آيت‌الله جعفري در 27 آبان 1374 به علت كهولت سن و ناراحتي قلبي به جوار رحمت حق شتافت و در قبرستان شيخان قم به خاك سپرده شد.