آقاي عزت‌الله شاهي در بخشي از خاطرات خود درباره مسجد جامع و آيت‌الله جعفري مي‌گويد:
« در دهه 40 مسجد جامع بازار يكي از مراكز و پايگاه‌هاي مهم فعاليت‌هاي سياسي بود و من به سبب حضورم در بازار به آن‌جا رفت و آمد مي‌كردم. در شبستان گرمخانه اين مسجد، شيخي به نام غلامحسين جعفري همداني اقامه جماعت مي‌كرد. اين روحاني مبارز، سر نترسي داشت و به صراحت عليه رژيم صحبت مي‌كرد. هيچ ترس و واهمه‌اي از ساواك و مأموران امنيتي رژيم نداشت... ساواك واقعاً حريف آقاي جعفري نبود ... يك بار تيمسار مقدم به او تلفني گفته بود كه: آقا شما بهتر است براي تبليغات اسلام از تلفنت، از قلمت استفاده كني، نامه بنويسي، توصيه بكني و براي هركاري ما كمكت مي‌كنيم. مقاله‌اي بنويس، مجله‌اي تأسيس كن، بودجه‌اش را ما تأمين مي‌كنيم، چرا با سخنراني خودتان را به زحمت مي‌اندازيد. شيخ هم مطالب و پيشنهادات تيمسار را بالاي منبر طرح كرد و گفت من در همان پشت تلفن به او گفتم كه آن قلم و آن دست و آن گوشي بشكند، آن زبان لال بشود كه بخواهد با تلفن توصيه و تبليغ كند. شما برويد و اين دام را براي مرغ ديگري بگذاريد، من اهل اين حرف‌ها نيستم، كار خودم را مي‌كنم ... هنگام محاكمه در دادگاه، تيمسار خواجه‌نوري (رئيس دادگاه) مي‌گويد: آ شيخ هرگاه اسم اعليحضرت برده مي‌شود براي احترام بلند شو! آقاي جعفري عصباني مي‌شود و مي‌گويد: تو كسي نيستي كه بخواهي به من دستور بدهي! عصايش را بلند كرد و به سوي عكس شاه گرفت و ادامه داد: من با اين مخالفم، آن وقت تو مي‌گويي براي اسمش بلند شوم؟! من براي خودش بلند نمي‌شوم تا چه رسد به اسمش.
به ياد دارم روزي مأمورين ساواك تحت عنوان سازمان اوقاف چكي به مبلغ يكصدهزار تومان به او دادند تا ايشان خرج مسجد كند. گفتند: حاج آقا شما اين را بگيريد و فقط يك امضاء كنيد و هرطور صلاح دانستيد آن را خرج كنيد. من آن‌جا بودم، شيخ نگاه تند و غضب‌آلودي به آنها كرد و گفت: من حق‌السكوت نمي‌گيرم. برويد سراغ كساني كه به آن احتياج دارند.
اين پيشنهاد‌ها در شرايطي به او مي‌شد كه وي گاهي به نان شبش محتاج بود. خودش مي‌گفت: گاهي بعد از نماز ظهر و عصر كه مي‌خواستم بروم خانه چون پول نداشتم تا نان بگيرم، داخل مسجد ماندم، مي‌خوابيدم، كتاب و قرآن مي‌خواندم، تا غروب بشود و در اين فاصله پولي به دستم برسد ... به هر روي او الگوي خوبي از شجاعت و شهامت و ايمان براي من بود و من در زندگي و در مبارزه از او بسيار تأثير گرفتم و به خاطر شركت در برنامه‌ها و سخنراني‌هاي او، چندبار به ساواك و كلانتري احضار شدم ... به غير از من افراد ديگري را نيز برده بودند، چراكه حريف خودش نمي‌شدند، مي‌خواستند با تهديد و زور و فشار پشت سر ايشان را خالي كنند ... »
خانم دباغ نيز به همكاري و فداكاري آيت‌الله جعفري اشاره كرده و مي‌گويد:
«در موضوع اعلاميه‌ها، ما با مرحوم غلامحسين جعفري همكاري مي‌كرديم. امام جماعت مسجد جامع تهران كه مدتي هم در زندان بودند؛ ايشان هميشه به من سفارش مي‌كردند كه «فلاني اگر يك وقتي گير افتادی و گرفتار هر مرجعي كه شدي سعي كن اسم هيچ كس را لو ندهي، ولي اگر چاره‌اي نداشتي بگو از غلامحسين [اعلاميه‌ها را ] گرفتم» با اين همه هيچ وقت از دفعاتي كه اعلاميه‌اي به همراه داشتم، گير نيفتادم...»
شبستان گرمخانه در زمان عدم حضور آيت‌الله جعفري در ايام مسافرت، بازداشت، تبعيد و پس از درگذشت وي، توسط فرزندش شيخ محمد اداره شده و در آن اقامه جماعت انجام مي‌گرفت، تا اين‌كه از سال 1380 به علت تعميرات تعطيل گرديد و تا سال 91 به همين حال بود تا اين كه در سال مذكور سر و ساماني يافته و مجدداً مفروش گرديد ولي درحال حاضر فاقد امام جماعت است.
4ـ شبستان چهلستون
در ضلع شرقي صحن قرار دارد. مربع شكل است و مساحت آن 1681 متر مربع (41×41 متر) و مربع شكل است. شبستان داراي 36 ستون مي‌باشد اما به چهلستون شهرت يافته است. در مورد سال بناي اين شبستان اقوال مختلفي گفته شده است. اعتماد‌السلطنه تاريخ بناي آن را سال 1202 ق ( 1166 ش ) مي‌داند. دايرة‌المعارف بناهاي آرامگاهي ساخت آن را در سال 1226 ق (1189 ش) مي‌شمارد.آقاي عبدالزهراء ابراهيم‌زاده در مقاله خود و در مصاحبه با اين مركز سال تأسيس آن را 1180 ق (1145 ش) و تاريخ بازسازي مجدد را سال 1240 ق (1203 ش)مي‌داند.مرحوم آيت‌الله حسن سعيد تهراني تاريخ بناي مسجد را سال 1226 ق (1189 ش ) و تاريخ مرمت آن را براساس آن‌چه در سردر شبستان چهلستون نوشته شده سال 1240 ق (1203 ش) مي‌داند. سخن اخير مورد اعتماد ماست.
زمين شبستان چهل ستون ظاهراً قبلاً باغچه‌اي در كنار مسجد جامع و متعلق به ميرزا مسيح مجتهد استرآبادي بوده و نامبرده آن را وقف احداث مسجد نموده و خود با مساعدت مردم و خيرين به بناي آن همت گمارده و پس از بناي اوليه اقدام به اقامه نماز جماعت كرده است.
شبستان چهلستون داراي سه محراب است و از اين جهت به شبستان سه محرابه نيز نامبردار است. درهر محرابي سه امام جماعت، نمازهاي روزانه را اقامه مي‌كردند ولي در مرور زمان چون مسجد جامع در بافت تجاري و بازار قرار گرفت و از تعداد نمازگذران و اوقات اقامه نماز كاسته شد، فقط از يك محراب استفاده شد و در حال حاضر نيز چنين است و قسمتي از فضاي وسيع شبستان به خاطر عدم نياز به آن با پرده جداسازي شده است.