انقلاب سفيد شاه و حادثه خونين مدرسۀ فيضيه (19/10/1341 تا 13/3/42)
هنوز چند هفته از لغو تصويب‌نامۀ انجمن‌هاي ايالتي و ولايتي نگذشته بود كه شاه در 19 دي ماه 1341،‌ اصول شش‌گانه انقلاب سفيد را اعلام نمود و به دنبال آن دولت علم اعلام كرد كه 6 بهمن همان سال لوايح شش گانه به رفراندوم گذاشته خواهد شد. انقلاب سفيد شاه مشتمل بر شش اصل بود: الغاي رژيم ارباب رعيتي، ملي كردن جنگل‌ها، فروش سهام كارخانه‌هاي دولتي، سهيم كردن كارگران در منابع توليد و صنعتي، لايحۀ اصلاحي قانون انتخابات، ايجاد سپاه دانش.
اين لوايح شش‌گانه و برگزاري رفراندوم در مورد آن از نظر مراجع خلاف قانون اساسي، نامفهوم، داراي ابهام، مقدمه از بين بردن كشاورزي كشور و مقدمه يك سلسله كارهاي خلاف شرع توسط رژيم بود.
مخالفت مراجع و امام خميني و تحريم رفراندوم، موج ديگري از مبارزه با رژيم بود. انعكاس آن در مسجد ارگ  نيز وجود داشت و در جلسه شب‌هاي جمعه كه در مسجد ارگ  مجلس موعظه و ذكر مصيبت بود، عده‌اي از علما درباره آن به بحث و تبادل نظر مي‌پرداختند. ساواك در گزارش مورخ 18/12/41 خود شرح اين مذاكرات را چنين نوشته: «... غلامحسين مي‌گفت:... مخصوصاً به خميني از روزي كه اين اعلاميه‌هاي تند و تيز را صادر كرده است، سهم امام و خمس زياد داده مي‌شود و اضافه نمود از لحن تلگراف سريع وزير كشور به استانداران و فرمانداران درباره مخالفين مواد شش‌گانه معلوم است وضع شهرستانها خوب نيست و تشنج زيادي در فارس و آذربايجان وجود دارد. وضع فيروزآباد فارس خيلي نگراني براي دولت به وجود آورده است كه سپهبد مالك فرمانده ژاندارمري شخصاً‌ به فارس رفته است. شريعتمدار طالقاني مي‌گفت:... در آذربايجان و فارس و خراسان تشنجات زيادي وجود دارد...»
در پي اين مخالفت‌ها، امام خميني و برخي از مراجع تقليد عيد نوروز آن سال (1342) را تحريم كردند و مجلس عزاداري به مناسبت شهادت حضرت امام جعفر صادق(ع) در مدرسه فيضيه برگزار نمودند. رژيم با يك عمليات طراحي شده به مدرسه حمله كرده و جمع زيادي از طلاب را به خاك و خون كشيد. در پي اين حادثه مسجد ارگ  نيز به عنوان مركزي براي مبارزه فعال بود و اعتصابات بازار و اطلاعيه‌هاي مربوطه در ‌آن مكان به نوعي شكل مي‌يافت و پخش مي‌شد. در اين مورد ساواك چنين گزارش مي‌دهد: « به منظور اعتصاب روز شنبه 10/1/42... افراد مزبور قرار بود ساعت 7 در مسجد ارگ  حاضر شوند و عده‌اي از افراد مزبور حاضر و عده‌اي ديگر حاضر نگرديدند... در اثر اجتماع مجدد افراد فوق در مسجد ارگ ، چون خبر رسيد كه مأمورين انتظامي در تعقيب آنها مي‌باشند، لذا افراد در خيابان خيام مقابل سيد نصرالدين اجتماع....»
با توجه به كنترل شديد ساواك و نيروي انتظامي براي جلوگيري از برگزاري مراسم ختم شهداي مدرسه فيضيه، در تاريخ 15/1/42 به بهانۀ مجلس ترحيم سيد ضياء‌الدين سيد جوادي، مجلسي در مسجد ارگ  برگزار شد. ابتدا نامۀ تسليت‌آميز آيت‌الله ميلاني قرائت شد و سپس يك دانشجو مطالب شديداللحني را بيان كرد. شدت مطالب با مجلس ترحيم فرد ياد شده هم‌خواني نداشت. سپس حجت‌الاسلام شجوني سخنراني نموده و در بخشي از بيانات خود گفت: «...افراد مضر اگر بر جامعه تسلط پيدا كردند بايد به خاطر جامعه با تمام قدرت براي قطع و نابودي آن وجود مضر كوشيد و اجازه نداد جامعه را به نابودي و بيچاره‌گي بكشند...» در اين مجلس اعلاميه‌هاي مختلف از جمله اعلاميه آيت‌الله خميني پخش گرديد. تبادل اطلاعات و اخبار مخصوصاً در مورد حادثه فيضيه و حوادث بعد از آن و پخش اعلاميه‌ها و اطلاعيه‌ها در مسجد ارگ  ادامه داشت. ساواك در 21/2/42 گزارش مي‌كند كه بناست مجلس فاتحه در مسجد ارگ  برگزار شود و سپس به طرف بازار تظاهراتي صورت گيرد. ولي در روز مذكور مسجد تعطيل گرديد و در آن قفل شد و پليس در اطراف مسجد مستقر گرديد. جمعيت به صورت موضعي در اطراف مسجد جمع و اقدام به تظاهرات مي‌نمودند كه به وسيله پليس پراكنده مي‌شدند. در اين تظاهرات يك سرهنگ مورد حمله تظاهركنندگان قرار گرفته و مجروح مي‌شود... سيد عبدالرضا حجازي نيز در تاريخ 13/3/42 در مسجد ارگ  به منبر مي‌رود و مي‌گويد: « ما آزادي نداريم، تا كي بايد نفس‌ها را در سينه حبس كنيم. روحانيون ما را لگدكوب كرده‌اند...»
واقعه پانزده خرداد 1342
خرداد ماه سال 42 مصادف با آغاز محرم بود. با توجه به فاجعه مدرسه فيضيه هيجان خاصي در بين مردم وجود داشت. حركت امام خميني موجي از شور و مبارزه در مردم پديد آورده بود و جنايات رژيم اين حركات را تشديد نموده بود.
در تاريخ 13/3/42 نيز در مسجد ارگ  مراسم سوگواري برقرار بود. سيد عبدالرضا حجازي سخنران اين مجلس با اشاره به درس‌هاي مكتب حسين (ع) گفت: «كارشناسان و جاسوسان اسرائيلي را در اين مملكت مصدر كار نموده‌اند و تا جان در بدن داريم با اين‌ها مبارزه مي‌كنيم و نمي‌گذاريم كه بر يك كشور مسلمان مسلط شوند...» او با اشاره به حادثه مدرسه فيضيه گفت: «پليس مخرب و نيروي كماندو به اين مكان مقدس ريختند و چند گليم و حصير پوسيده طلبه را آتش زدند و با چوب و چماق به جان آنها افتادند ولي همين جنايت‌كاران بايد بدانند كه اين عمل جنايت كارانه تا 200 سال ديگر هم فراموش نمي‌شود...»
با وجود اعتراضات گسترده به جنايت رژيم شاه و هراس و وحشت نظام پهلوي از گسترش اين اعتراضات، تصميم گرفتند كه امام خميني را دستگير نموده و به تهران انتقال دهند تا رهبريت حركت را از مردم جدا نموده و در سركوب نهضت توفيقي به دست آورند. لذا سحرگاه 15 خرداد 42 نيروهاي امنيتي ايشان را دستگير كردند و به پادگان عشرت‌آباد بردند.