علی‌اکبر ناطق نوری از اعضای برجستة جامعه روحانیت مبارز در مورد این انشعاب می‌گوید: «انشعاب مجمع روحانیون مبارز از جامعه روحانیت مبارز تهران، تأثیر بسیار منفی در جامعه داشت و باید بپذیریم که بزرگترین ضربه به روحانیت در طول تاریخ بوده است.». خاتمی از اعضای کلیدی این تشکل در جبهه‌گیری‌ها و عملکرد آن بوده است.
وی در سال 1371- سوم خرداد- به دلیل اختلافاتی که به وجود آمد، از وزارت ارشاد استعفا داد. خود او دلیل استعفایش را «اختلاف در دید و روشی که میان او و بعضی از مسئولان ذی‌‌ربط وجود داشت» عنوان می‌کند و ادعا می‌نماید که «به نفع آزادی بیان، مردم‌سالاری و قانون‌مداری» استعفا کرده است. در نامة استعفای خاتمی، لبة تیز حملة او بیشتر متوجه نیروهایی است که به سیاست‌های فرهنگی او انتقاد داشته‌اند و او آنها را به عنوان نیروهای متحجّر و واپس‌گرا معرفی می‌کند. البته در جای خود به عملکرد او در مدت 10سال وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی خواهیم پرداخت و نشان خواهیم داد که وی چه کسانی را متحجّر معرفی می‌کرده است!
وی چند ماه پس از استعفا، به سمت مشاور رئیس‌جمهور و رئیس‌کتابخانة ملی ایران منصوب و مشغول به کار گردید که از سال 1371 تا 1376 ادامه یافت. پس از استعفای خاتمی از مؤسسة کیهان و بسته شدن کیهان فرهنگی، همة دست‌اندرکاران این مجله، به طور دسته‌جمعی استعفا داده و مجلة «کیان» را منتشر نمودند که بعدها به صورت «حلقة کیان» درآمده و شناخته شد.
چهره‌هایی همچون بهروز گرانپایه، رضا تهرانی، ماشاءالله شمس‌الواعظین و مصطفی رخ‌صفت با اجارة ساختمانی در خیابان سمیة تهران، مؤسسة کیان را که فقط یک حرف «هـ» از کیهان کم داشت، راه‌اندازی کردند. اینان در راستای طراحی یک نظام سیاسی جایگزین برای جمهوری اسلامی ایران، به طور همزمان در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، ماهنامة کیان و مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری که ریاست آن با موسوی خوئینی‌ها بود، به اقدامات گسترده‌ای دست زدند. اساس فعالیت آنان بازگرداندن نظام به یک اسلام حداقلی و جدا از سیستم سیاسی و حکومتی کشور بود. برخی از این افراد همراه با خاتمی گروه «آیین» را تشکیل دادند. جلسات این گروه به طور هفتگی در منزل یکی از اعضا تشکیل می‌شد. بعدها، همکاران دوران وزارت او نیز به این جلسات ملحق شدند و حول محور شخصیت خاتمی، بررسی‌هایی را در مقوله‌های جامعة مدنی، مردم‌سالاری دینی و حقوق بشر انجام دادند. خود او در زندگینامه‌اش، در کتاب «از دنیای شهر تا شهر دنیا» که سیری در‌اندیشة سیاسی غرب است و کتاب «آیین و‌اندیشه در دام خودکامگی» را حاصل تحقیقات و تدریس در فاصلة استعفا تا ریاست جمهوری می‌داند.
سیدمحمد خاتمی در سال 1375 طی حکم رهبر معظّم انقلاب اسلامی به عضویت شورای عالی انقلاب فرهنگی منصوب گردید. در این حکم که در تاریخ 14آذر آن سال صادر شد، رهبر انقلاب ضمن تأکید بر اهمیت این شورا که با تدبیر حکیمانة امام خمینی پدید آمده است، بر ضرورت توجه بیشتر بر فرهنگ عمومی و حفظ فرهنگ اصیل ملی مردم و باورهای مبارک آنان از تهاجم خطرناک فرهنگی و آماج تیرهای زهرآگین دشمنان تصریح نمودند و ترکیب شورا از اشخاص حقوقی و حقیقی را معیّن فرمودند. متن این حکم در آن شرایط تا حدود زیادی علل نگرانی رهبری از اوضاع فرهنگی کشور و سیاست‌های فرهنگی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و ماهیت حقیقی استعفای خاتمی از ارشاد را روشن می‌نماید.
ریاست جمهوری و تشکیل جبهه دوم خرداد
سیدمحمد خاتمی در سال 1376 بعد از کش و قوس‌های فراوان برای شرکت یا عدم شرکت در انتخابات ریاست جمهوری، بالاخره به عنوان نمایندة جناح اصلاح‌طلبان که از سوی حزب کارگزاران (جناح راست) و حزب مشارکت و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی (جناح چپ) و مجمع روحانیون مبارز و شخصیت‌های سکولار و لیبرال دوران خدمت خود در وزارت ارشاد، حمایت می‌شد، در انتخابات ریاست جمهوری شرکت نمود. تصمیم برای کاندیداتوری خاتمی در جایی که مرکز چپ‌های مدرن در آن مستقر بودند، گرفته شده بود. مرکز تحقیقات استرتژیک ریاست جمهوری، که به آن اشاره شد، و سعید حجاریان به عنوان معاون این مرکز، سهم عمده را در معرفی خاتمی برای ریاست جمهوری داشت. برای اوّلین بار در تاریخ 20آذر 1375،‌ سعید حجاریان در نشستی با دانشجویان دانشگاه تهران، موضوع کاندیداتوری سید محمد خاتمی را اعلام کرد: «مجموعه ائتلاف خط امام از مجمع روحانیون خواستند که «دکتر خاتمی» را به عنوان کاندیدا معرفی کنند.»
اصطلاح دکتر برای خاتمی از همین زمان‌ها شروع شد. خاتمی بعد از آنکه ابتدا مهدی کروبی (دبیرکل وقت مجمع روحانیون مبارز) و سپس خودش با رهبر معظّم انقلاب اسلامی دیدار کرده و متوجه نظر رهبری از اینکه هر کس کاندید شود و رأی بیاورد، رأی مردم را تنفیذ خواهند کرد، در 10 بهمن 1375 رسماً کاندیداتوری خود را اعلام کرد. قبل از آن روزنامه سلام خبر قطعی شدن نامزدی او را در 7 اسفند اعلام نموده بود.
خاتمی در هنگام اعلام رسمی نامزدی خود گفت: «با این امید به میدان می‌آید که دیدگاه‌های مختلف و متفاوت مطرح شده در اثر بحث در مورد ‌آنها، نشاط فکری و سیاسی جامعه زیادتر شود.»
محمدرضا خاتمی- برادر سید محمد خاتمی – در این زمینه می‌گوید: «علت اصلی آقای خاتمی برای حضور در صحنه، رئیس‌جمهور شدن نبود. علت اصلی فضایی بود که انتخابات در اختیار این مجمع [حلقه کیان و اصحاب او در ارشاد] می‌گذارد. فضایی که از طریق آن پیام این‌اندیشه‌ها به مخاطبان منتقل می‌شود. چون رسانه، روزنامه و یا تلویزیون برای اعلام این‌اندیشه‌ها در اختیار نبود. از این طریق می‌توانستیم 2 تا 3 میلیون حول این‌اندیشه، آن هم نه به صورت یک فکر، بلکه به صورت یک جریان فکری، سازماندهی کنیم.»
موضع حجت‌الاسلام‌‌هاشمی رفسنجانی در این انتخابات، برخلاف تصور اغلب ناظران، حمایت از کاندیداتوری سید محمد خاتمی بود و حزب کارگزاران و فرزندان‌‌هاشمی، به تبع او، از خاتمی حمایت کردند.
‌هاشمی رفسنجانی در مصاحبه با روزنامه همشهری جریان دوم خرداد را ادامه روند و جریان سازندگی معرفی می‌کند.