متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
جناب حجت‌الاسلام آقای حاج سید حسن نصرالله دامت برکاته
خبر درگذشت عالم مجاهد قاضی شیخ احمد الزین رئیس هیئت امنای تجمع علمای مسلمین در لبنان را دریافت کردم. وظیفه خود می‌دانم این حادثه مولمه را به علمای معزز و بازماندگان و ارادتمندان و شاگردان ایشان در لبنان و سایر بلاد عموماً و جنابعالی خصوصاًً، تسلیت بگویم.
دفاع مسئولانه و عالمانه او از نهضت امام خمینی و از مقاومت علیه جبهه استکبار و صهیونیزم و همراهی با ثبات ایشان با مبارزات ضداستکباری ملت‌های منطقه در طول سالیان طولانی، هیچ‌گاه از خاطره تاریخ مقاومت نخواهد رفت.
اینجانب ضمن تسلیت مجدد به مردم لبنان و خصوصاًً به همراهان و همرزمان ایشان در تجمع علمای مسلمین لبنان، رحمت و غفران الهی را برای آن مرحوم از خداوند متعال خواستارم.
سیّد علی خامنه‌ای
۱۹ رجب ۱۴۴۲، ۱۳ اسفند ۱۳۹۹