روز 6 تیرماه 1360 بود، آیت‌الله خامنه‌ای که از جبهه‌ها برگشته و به حضور حضرت امام رسیده بودند، بعد از دیدار طبق برنامه حزب جمهوری اسلامی، برای سخنرانی در یکی از مساجد جنوب تهران، عازم مسجد ابوذر واقع در محله فلاح شدند. قرار بر این بود که ایشان هفته قبل به مسجد ابوذر بروند اما طولانی شدن جلسه رسیدگی مجلس به مسئله بی‌کفایتی رئیس‌جمهوری وقت یعنی بنی صدر، باعث شد جلسه فوق به هفته بعد یعنی 6 تیرماه موکول گردد.
خودرو حامل آیت‌الله خامنه‌ای که از جماران به راه افتاده بود، آن روز یک میهمان ویژه هم داشت؛ خلبان سرلشکر عباس بابایی فرمانده پایگاه هشتم شکاری، که می‌خواست درددل‌هایش را با امام جمعه تهران و نماینده امام در شورای عالی دفاع در میان بگذارد. اتومبیل آنها نیم ساعت زودتر از اذان ظهر به مسجد ابوذر رسید و گفت‌و‌گوها تا زمان اذان به طول انجامید.
نماز جماعت به امامت آیت‌الله خامنه‌ای برگزار شد و پس از آن در ساعت 12/5 پشت تریبون مسجد رفته و سخنرانی خود را آغاز کردند. پس از سخنرانی مختصری و توضیحاتی درباره جلسه، پرسش و پاسخ شروع شد. از محافظان، محسن جوادیان در یک سمت و حسین جباری در سمت دیگر تریبون قرار گرفتند. قرار بود آقا به شایعات بسیاری که در جامعه رواج پیدا کرده، پاسخ دهند.
سؤال اول این بود: آیا راست است که فلان وزیر داماد شماست؟ در حالی که آقا در آن تاریخ اصلا دختری نداشتند و با لبخند فرمودند: «... من اصلا دختر ندارم...» که جمعیت هم خندیدند. سؤال دوم این بود که چرا برحسب فقه اسلامی زن نمی‌تواند قاضی شود؟
محسن جوادیان از محافظان آیت‌الله خامنه‌ای در روز 6 تیرماه 1360 درباره آن روز می‌گوید:
«... آقا در حال پاسخ دادن به سؤال دوم بودند که شخصی یک ضبط «آیوا» که حالت استوانه‌ای داشت و طوسی رنگ بود را آورد و روی تریبون گذاشت و کلید آن را فشار داد. بعد از رفتن این فرد، کلید ضبط صوت مثل حالتی که نوار تمام شود، بالا زد و به حالت اول برگشت که برای ما تعجب انگیز بود که چگونه به این زودی نوار این ضبط تمام شد...»
بنا به گفته حسین جباری، یکی دیگر از محافظان آیت‌الله خامنه‌ای و همچنین حجت‌الاسلام مطلبی، امام جماعت مسجد ابوذر، فرد یاد شده جوانی 28 ساله با قد متوسط، موهای مجعد، کت و شلواری چهارخانه و صورتی با ته‌ریش مختصر بود.
به مجرد گذاشته شدن ضبط برروی تریبون، بلندگو با صدایی بلند و غیرقابل تحمل سوت کشید که آقا یک لحظه خودشان را به سمت چپ و عقب کشیدند اما همین طور که صحبت می‌کردند، گفتند:
«... آقا این بلندگو را تنظیم کنید...اگر درست نمی‌شود، خاموشش کنید...»
حالت قرار گرفتن آقا پشت تریبون، به گونه‌ای شده بود که برخلاف حالت اول، این بار سمت راست بدنشان در مقابل ضبط صوت قرار گرفت و از پشت تریبون هم کمی عقب آمدند. و این به جز حکمت و امداد الهی چه می‌توانست باشد که آقا ناخودآگاه در موقعیتی قرار گرفت تا هدف جنایتکارانه تروریست‌ها محقق نشود.
ایشان در آخرین عباراتی که بیان نمودند، فرمودند:
«... در زمان امیرالمومنین، زن در همه جوامع بشری (نه فقط در میان عرب‌ها) مظلوم بود، نه می‌گذاشتند درس بخواند، نه می‌گذاشتند در اجتماع وارد شود و در مسائل سیاسی تبحّر پیدا کند، نه ممکن بود در میدان‌های...»
سخن آقا به اینجا که رسید، صدای انفجار بلند شد و همان ضبط صوت مقابلشان، منفجر گردید....
محسن جوادیان ادامه می‌دهد:
«... من یک نگاهم به آن فرد بود و نگاه دیگرم به ضبط که چرا کلید آن پرید؟ که یکباره انفجار اتفاق افتاد... اول تصور کردیم صدای تیر است. ما دو نفری که در طرفین تریبون نشسته بودیم، رفتیم جلوی تریبون به این تصور که آقا پشت سر ما ایستاده است. من اسلحه‌ام را مسلح کردم و به اطراف نگاه می‌کردم بلکه ضارب را ببینم. تا آن لحظه تصور می‌کردم آقا سالم و پشت سر ماست. ولی یک لحظه که به عقب برگشتم دیدم ایشان بین محراب مسجد و تریبون برروی بازوی چپ افتاده‌اند. دیگر معطل نکردم، چون اول حادثه خونریزی خیلی شدید نبود و از طرفی وزن ایشان هم کم بود، به تنهایی ایشان را در بغل گرفتم و با سرعت از داخل شبستان به سمت بیرون مسجد حرکت کردم، آن لحظات بود که به یکباره دیدم یک حفره از جراحت زیر گلوی ایشان به وجود آمده که هر لحظه خونریزی آن شدیدتر می‌شود....همان طور که داشتم به طرف ماشین می‌رفتم یک لحظه دیدم که آقا به هوش آمد و پس از چند لحظه بدن ایشان سست شد و سرشان به روی شانه من افتاد. من یک لحظه به ذهنم آمد که ایشان شهید شد... (بغض و تاثر شدید محسن جوادیان)...»
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای خودشان آن لحظات را چنین شرح داده‌اند:
«... آن وقتی که بمب منفجر شد، در آن مسجدی که من بودم، از وقتی که بار اول افتادم زمین (نفهمیدم البته چه جوری شد که افتادم) تا وقتی که به کلی بی‌هوش شدم و بعد از چند روز به هوش آمدم، سه مرتبه دیگر به هوش آمدم. در این فاصله سه بار لحظاتی به هوش آمدم و هر دفعه یک احساسی داشتم که آن حالات را من هیچ وقت یادم نمی‌رود. یکیش که حالا اینجا عرض می‌کنم، این است؛ در یکی از این حالات احساس کردم که من دارم می‌روم، یعنی دارم می‌میرم. احساس کردم که مرگ در مقابل من است. کاملا خودم را در مرز عالم برزخ مشاهده کردم. به طور خلاصه اگر بخواهم در یک کلمه بگویم، احساس کردم که در آن حال، انسان هیچ دستاویزی به جز خدا ندارد، هیچ دستاویزی. یعنی هرچه هم عمل آدم پشت سر خودش داشته باشد، بازهم اگر تفضل الهی و رحمت خدا را نتواند جلب کند، آدم خاطر جمع نیست به آن عمل... آنجا انسان احساس می‌کندکه مثل پر کاهی بین زمین و آسمان است. این احساس را انسان دارد و منقطع می‌شود. از همه چیز منقطع می‌شود. مثل این حالت انقطاع را در آن وقت احساس کردم و تضرع کردم پیش خدای متعال؛ پروردگارا می‌بینی که من چقدر دستم خالی است و چقدر محتاجم. اگر تفضلی کنی، کردی والا ما رفتیم. منظورم مردن نبود، رفتن از وادی سعادت بود. بعد دیگر بی‌هوش شدم و نفهمیدم چیزی را...»
سمت راست بدن آقا از ترکش‌های انفجار، سوراخ سوراخ شده بود، قسمتی از سینه سوخته بود، برخی شریان‌ها و عروق قطع شده و استخوان‌های قفسه سینه، ترقوه و بازو شکسته بودند، دست راست از کار افتاده و ورم کرده بود و خونریزی شدید بود.
اتومبیل بلیزر حامل پیکر مجروح آیت‌الله خامنه‌ای با سرعت بسیاری در خیابان‌های شلوغ و
پر رفت و آمد جنوب تهران به پیش می‌رفت و به گفته محافظان، انگار برروی هوا پرواز می‌کرد.
اولین محل، درمانگاهی کوچک به نام عباسی در خیابان قزوین بود که پیکر خونین آقا را به اورژانس آن منتقل کردند، به دلیل مسلح بودن محافظان، افراد اورژانس ابتدا فکر کردند یک گروه تروریستی سراغشان آمده، اما وقتی هم که ماجرا را دریافتند بازهم در آن درمانگاه هیچ کاری نمی‌توانستند انجام دهند.
جمعیت بسیاری در آنجا اجتماع کرده بودند. آقا را مجددا به ماشین منتقل کرده اما نمی‌دانستند کجا باید بروند؟ یک خانم‌پرستار داوطلبانه با کپسول اکسیژن به کمک آمد و گفت که نزدیکترین محل درمانی، بیمارستان بهارلوست.
گروه با سرعت زیاد به طرف بیمارستان بهارلو در نزدیکی پل جوادیه حرکت کرد و در عین حال با مرکز پیام تماس گرفت و گفت:
«... مرکز: حافظ هفت، 50-50...» یعنی حافظ هفت (که کد رمز آقا بود) مجروح شده... این رمز که خوانده شد، کسی که پشت دستگاه بی‌سیم مرکز پیام نشسته بود، زد زیر‌گریه...
در مرحله بعد از پزشکان معتمد مانند دکتر فیاض بخش (که روز بعد در انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی به شهادت رسید) دکتر منافی و دکتر زرگر از طریق مجلس درخواست کمک شد. به گونه‌ای که وقتی گروه به بیمارستان بهارلو رسیدند، همگی در آنجا حاضر بودند.
به تدریج معالجات به سمت و سوی ناامیدی کشیده می‌شد، خون زیادی از محل‌های رگ‌های قطع شده رفته تا اینکه فشار خون به نزدیکی صفر رسیده بود و یکی از دکترها، دستکش از دستش درآورد و گفت: دیگر تمام شد...
اما دکتر فاضل نبض آقا را گرفت و وقتی دید هنوز ضربان وجود دارد، معطل نکرد، با همکاری دکتر محجوبی شریان‌های قطع شده را گرفت و همان لحظه عمل را شروع کردند که تا اواخر شب به طول انجامید و طی این مدت چندین بار آقا تا مرز شهادت پیش رفتند. پس از عمل به دلیل فشار وارد شدن به قلب و ادامه درمان، ایشان را به بیمارستان قلب منتقل نمودندکه تا 42 روز معالجات به طول انجامید.
حضرت امام در پیامی به آیت‌الله خامنه‌ای نوشتند:
«... اینان با سوءقصد به شما عواطف میلیونها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحه‌دار نمودند.... و به کسی سوءقصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین‌انداز است... من به شما خامنه‌ای عزیز، تبریک می‌گویم که در جبهه‌های نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده، و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم...»
آیت‌الله دکتر بهشتی (که فردای آن روز همراه یارانش در دفتر حزب جمهوری اسلامی به شهادت رسید) و محمد علی رجایی که دو ماه بعد در انفجار نخست‌وزیری شهید شد، نیز پیام‌های جداگانه‌ای برای آیت‌الله خامنه‌ای فرستاده و برایشان آرزوی سلامتی کردند.
اما عاملان بمب‌گذاری یاد شده به نام‌های محمد متحدی و مسعود تقی‌زاده از گروه فرقان، با تلاش نیروهای انقلاب در شهریور همان سال در مشهد دستگیر و نحوه انجام عملیات و اهداف بعدی‌شان را تشریح کردند. آنها در ترور آیت‌الله شهید قاضی طباطبایی و ترور ناموفق آیت‌الله ربانی شیرازی و اقدام برای ترور برخی دیگر از شخصیت‌ها و مسئولان انقلاب و نظام اسلامی نیز نقش اصلی را داشتند و به حکم دادگاه انقلاب در 8 بهمن 1360 و در نماز جمعه تبریز (محل شهادت آیت الله قاضی طباطبایی) به مجازات رسیدند.