حاج مهدی عراقی پس از شهید نواب صفوی، مجذوب و شیفته شخصیت حاج‌آقا روح‌الله خمینی شد که در آن سال‌ها یکی از مدرسین برجسته حوزه علمیه قم به‌شمار می‌رفت و خصوصا درس اخلاقش، روزهای پنج‌شنبه و جمعه اقشار مختلف مردم را از شهرهای مختلف به مدرسه فیضیه می‌کشاند. شهید عراقی هم یکی از آن افرادی بود که در آن سال‌ها سر از پا نشناخته و به هر وسیله‌ای بود در آن درس‌ها حاضر می‌شد، تا اینکه پس از وفات حضرت آیت‌الله‌العظمی بروجردی، همراه دوستان و یارانش، حاج‌آقا روح‌الله را مرجع اعلم تشخیص داده و به تقلید و حکم ایشان سر نهادند.
از آن روز قدمی از امام عقب یا جلو نگذاشت، از آن روز پابه‌پای امام همواره در رکاب ایشان بود، با نظر و صلاحدید امام خمینی و با همراهی برخی دوستان قدیمی‌اش در سال 1341 و در محضر امام، هیئت‌های موتلفه اسلامی را تشکیل داد و توسط همین هیئت‌های موتلفه، به نشر اعلامیه‌ها و نوارهای سخنرانی امام همت گمارد.
آغاز راه با انجمن‌های ایالتی و ولایتی
با قضیه تصویب‌نامه انجمن‌های ایالتی و ولایتی و ورود حضرت امام به صحنه مبارزات در سال 1341، شهید عراقی، بیش از پیش نسبت به حاج‌آقا روح‌الله ارادت پیدا کرد. او که پس از شهید نواب صفوی و فداییان اسلام، سکوتی سنگین را بر فضای مذهبی ایران احساس می‌کرد، اینک با قیام امام خمینی، مجدداً احیای روحیه مبارزه و انقلاب در میان مردم مسلمان را شاهد بود.
از همین روی سعی داشت هیئت‌های مذهبی تهران را که می‌شناخت، در ارتباط با امام و مبارزاتش، فعال و متحد گرداند. این‌گونه بود که با توصیه امام از 3 هیئت فعال مذهبی تهران، هیئت‌های موتلفه اسلامی را پدید آورد که نقشی مهم در مبارزات ملت مسلمان و نهضت امام داشتند. خودش درباره این وحدت هیئت‌ها زیر پرچم نهضت امام خمینی گفته است:
«... از بدو حرکت حاج‌آقا حضرت امام خمینی(ره) یعنی روحانیت، خرده‌خرده این سه گروه (هیئت‌های تشکیل‌دهنده مؤتلفه) هرکدام مجزا از همدیگر با روحانیت یک تماسی پیدا کرده بود، کار می‌کردند... ماها که یک مقدار سابقه به‌حساب مبارزاتی داشتیم و می‌دانستیم که اختلافات چه ضررهایی دارد. من در یکی از این شاخه‌ها بودم، مرحوم آقای صادق امانی و حاج هاشم امانی هم در یکی از این شاخه‌ها بودند... یک دعوتی شد از حاج صادق و بعضی از دوستانش صحبت‌هایی که ما کردیم با همدیگر ضررات این جدایی را وقتی بیان کردیم برای همدیگر جفت‌مان احساس کردیم که باید این جدایی از بین برود و به‌صورت ائتلاف دربیاید...»
در همه صحنه‌های مهم در کنار امام
با ادامه نهضت و تحریم همه‌پرسی لوایح شش‌گانه و سپس اعلام عزای عمومی در عید سال 1342 که به یورش مزدوران رژیم شاه به مدرسه فیضیه در دوم فروردین انجامید، این شهید عراقی بود که افرادش را در اطراف و داخل منزل امام مستقر کرد و خودش نیز شب را در زیرزمین بیدار ماند تا یورش ماموران ساواک به منزل امام را خنثی کند.
این شهید عراقی بود که پس از ماموریت‌های خاص امام برای روحانیون و طلاب در محرم 1342 و دستگیری عده‌ای از مبارزین، عزاداری‌های نهم و دهم محرم آن سال را به تظاهرات اعتراض‌آمیز علیه شاه بدل کرد و طبق یک برنامه منسجم، مسیر تظاهرات را از مسجد حاج ابوالفتح واقع در میدان قیام تا دانشگاه تهران هدایت نمود و سپس در جلوی دانشگاه به همراه یک روحانی و یک دانشجو، سخنرانی کرد.
ابوالفضل توکلی بینا از همرزمان شهید عراقی در نقل خاطرات آن روزها چنین می‌گوید:
«... قبل از این عملیات در زیرزمین خانه خویش، به اتفاق دیگران مشغول برنامه‌ریزی و ترتیب کارها بودند و رژیم با اطلاع از این مطلب مسجد حاج ابوالفتح را می‌بندد و مردم بدون توجه به این امر، از جلوی مسجد حرکت کرده و در جلوی بهارستان شهید عراقی برای مردم سخنرانی و ماهیت رژیم را افشا کرد. ایشان رفت روی شانه بچه‌ها و شروع کرد به صحبت، بدون بلندگو... کجایند آنهایی که رفراندوم قلابی می‌کنند.»
در مهم‌ترین لحظه نهضت که حضرت امام خمینی در عصر عاشورا روز 13 خرداد 1342 در حال حرکت به سوی محل سخنرانی‌شان در مدرسه فیضیه بودند، در میان آن جمعیت کثیر که ایشان را احاطه کرده و در تمام طول راه تجمع نموده بودند و با وجود همه خطرات مختلفی که از سوی مزدوران رژیم شاه ایشان را تهدید می‌کرد، این حاج مهدی عراقی بود که با هوشیاری و درایت کم‌نظیر، همه یارانش را در نقاط مهم مراسم مستقر کرد و برای عبور امام از میان آن جمعیت انبوه، اتومبیلی آماده ساخت که سقفش را برداشته بود تا مردم، رهبر و مرادشان را در کنار خود ببینند.
در پانزده خرداد 1342 و قیام مردم علیه دستگیری امام توسط مزدوران شاه، حاج مهدی عراقی از صحنه‌گردانان تظاهرات بود و یکی از کلیدی‌ترین روزهای نهضت را در غیاب رهبر آن، هدایت کرد.
ابوالفضل توکلی بینا نیز درباره نقش شهید عراقی در 15 خرداد 1342 گفته است:
«نقش مؤثری در ۱۵ خرداد داشت، در بعدازظهر، هسته مؤتلفه اسلامی برای چند تصمیم تشکیل جلسه داد و نقش شهید عراقی، نقش ممتاز و حساسی بود. اولین تصمیمش تعطیلی بازار و در حرکت دادن مراجع و علمای بزرگ از حوزه‌ها به مرکز استان‌ها و تهران و مهاجرت مراجع دیگر، سامان اعلامیه‌هایی که مراجع و علما در مرجعیت امام تثبیت داشته باشد.»
شهید عراقی و یارانش در هیئت‌های موتلفه اسلامی، در تمام ایام حبس و حصر حضرت امام و سپس تدارک و حفاظت مراسم سخنرانی پس از آزادی ایشان و بعد تظاهرات سالگرد 15 خرداد (که منجر به دستگیری شهید عراقی شد) و پس از آن ایجاد تشکل‌های انقلابی و چاپ و انتشار و پخش اعلامیه‌های امام خمینی و دیگر مراجع (به‌خصوص اطلاعیه امام علیه کاپیتولاسیون) و برنامه‌ریزی برای تداوم و گسترش نهضت امام اشتغال داشت.
روزهای غم فراق امام
با تبعید حضرت امام در 13 آبان 1343، شهید عراقی و یارانش در هیئت‌های موتلفه اسلامی به این نتیجه رسیدند که باید دست به اقدام مسلحانه بزنند تا هم عاملین تبعید امام را مجازات کرده و هم اعتراض خود را در آن شرایط خفقان به رساترین وجه به گوش همه برسانند.
خود حاج مهدی عراقی سال 1357 در مجموعه نشست‌های صمیمانه‌ای در پاریس که خاطراتش را برای دانشجویان تعریف می‌کرد، درباره آن روزهای سخت گفته است:
«... خب، ایشان را تبعید کردند به ترکیه. بچه‌ها چون زیاد فشار می‌آوردند که بایستی یک کاری بکنیم و ما هم یک مقدار کار توضیحی برایشان کردیم که در این شرایط... بعد از آن کشتار سال گذشته (15 خرداد 1342)، مردم تقریباً ضربه‌ای خوردند از جهت روحی، آن آمادگی درشان نیست که ما بتوانیم یک همچون موجی در آنها ایجاد بکنیم، و اگر هم که موج کمتر از سال گذشته باشد این شکست خود ماست و شکست حرکت و جنبش است، شما عجالتاً یک مقدار به مسائل درونی خودتان مشغول باشید، تعلیماتی که به شما می‌دهند چه از نظر ایدئولوژی، چه از نظر سیاسی- اجتماعی، تا بعد، طرح و نقشه‌ای که ما داریم خرده‌خرده برایتان روشن می‌شود، بیکار ننشسته‌ایم... اما از همان روز اولی که حاج‌آقا گرفته شد و تبعید شد، برنامه مجازات منصور طرح‌ریزی شد...»
آنها در لیستی که برای مجازات در نظر گرفته بودند، شخص شاه را در رأس گذاردند اما به‌دلیل محافظت شدید از شاه، نخست‌وزیر دست‌نشانده او یعنی حسنعلی منصور که نقش اصلی را هم در تبعید امام داشت، برای مجازات انتخاب کرده و عملیات آن را در اول بهمن 1343 انجام دادند.
با کشته شدن منصور، بخش مهمی از اعضای هیئت‌های موتلفه اسلامی به جز شورای روحانیت و انقلابیونی مثل شهید اندرزگو، دستگیر شدند که حاج مهدی عراقی هم در زمره آنها بود. در بیدادگاه اولیه، عراقی نیز به همراه بخارایی و یارانش به اعدام محکوم گردید ولی در تجدیدنظر، حکم اعدام وی به حبس ابد تبدیل شد.
ایام زندان تا پیروزی
از آن پس شهید عراقی 12 سال را در زندان‌های رژیم شاه گذراند تا بهمن 1355 که مجدداً به صفوف مبارزات ملت مسلمان ایران و نهضت امام پیوست و باز هم یکی از رئوس این مبارزه در ایران شد. این‌بار با تجاربی که از قبل داشت به‌خصوص تجارب زندان و برخوردهایش با منافقین، به آموزش و هدایت گروه‌های مسلح مسلمانی پرداخت که پیرو امام شده و از مجاهدین خلق(منافقین) جدا گردیده بودند. در عین حال حضور او در برپایی راهیپمایی‌های پرشور دوران اوج‌گیری انقلاب، به‌خصوص تاسوعا و عاشورای 57 در کنار روحانیت مبارز، از همیشه روشن‌تر بود.
شهید عراقی از هر فرصتی استفاده می‌کرد تا خود را به امام برساند و در کنار ایشان باشد.پس به پیشنهاد شهید آیت‌الله دکتر بهشتی برای دیدار و سر و سامان دادن به اوضاع محل اسکان حضرت امام خمینی عازم فرانسه شد. امیر عراقی، فرزند شهید عراقی درباره اولین دیدار او با امام بعد از قریب 15 سال اظهار داشته است:
«بعد از نماز مغرب و عشا بود و امام در اتاق خانم‌ها برای آنان قرار بود سخنرانی بفرمایند که مرحوم آقای اشراقی به ایشان اطلاع می‌دهد آقای عراقی آمده‌اند. امام می‌فرمایند: بگویید بیاید تو. ایشان روی صندلی نشسته بودند. بلند می‌شوند، نگاهی می‌کنند و می‌گویند: مهدی من تو هستی؟ چرا این‌قدر پیر شده‌ای و بعد آقای عراقی دست امام را می‌بوسند و سرشان را روی زانوی ایشان می‌گذارند و اشک می‌ریزند...»
این نخستین دیدار حاج مهدی عراقی با امام در نوفل‌لوشاتو پس از گذشت 14 سال بود. دیداری که حکایت از غم فراقی عجیب و حیرت‌آور و دوستی، دلدادگی و آشنایی دیرین داشت. پس از پیروزی انقلاب اسلامی هم در روزهای اول باز هم در خدمت امام در مدرسه علوی بود. سپس با حکم ایشان، مدتی رئیس زندان قصر شد و سپس به بنیاد مستضعفان رفت و به‌عنوان مدیر مالی بنیاد به همراه همرزم قدیمی‌اش، حسین مهدیان، سرپرستی موسسه کیهان را برعهده گرفت. و در همین مسیر بود که توسط تروریست‌های «گروهک موسوم به فرقان» هدف گلوله‌های کینه و جهل و وابستگی قرار گرفت و به همراه پسرش حسام، در چهارم شهریور 1358 به شهادت رسید.
