آیت‌الله میرزا محمد آقازاده با تمسک به اخلاق رفیع و بی‌اعتنائی به مقامات دنیوی در دل و روح مردم رسوخ کرده بود. عموم نماینده‌های خراسان در دوره‌های دوم و سوم و چهارم مجلس شورای ملی با توافق نظر ایشان به مجلس راه یافتند و خانه‌اش ملجاء و پناهگاه افراد بی‌پشت و پناه بود. همه استانداران و دولتمردان از ایشان حساب می‌بردند. در شورش کلنل محمدتقی خان پسیان نیز یاران کلنل و خود وی برای ایشان احترام قائل بودند و به پناهندگان به خانه ایشان متعرض نمی‌شدند، چنان‌که ایشان این وجهه را پس از اتمام کار کلنل نیز از دست نداد. 
خانه‌اش محل مراجعه مردم و عالمان و بزرگان شهر بود و چون مردم آیت‌الله آقازاده را آزاده و روشنفکر می‌دانستند، به خانه او پناه می‌بردند.1 
یکی از کسانى که به خانه آقازاده پناه برد، ایرج میرزا بود. ایرج میرزا شاعر شوخ طبع که به خاطر سرودن اشعارى ضد مذهبی، مورد خشم مردم قرار گرفت، از ترس، به منزل آیت‌الله آقازاده پناه برد و مدتی را در منزل وى سپرى کرد. آیت‌الله هم رسم جوانمردى را رعایت نمود و مانع تعرض به میهمانش شد.
ایرج در دو جاى دیوانش از آیت‌الله آقازاده به خوبی یاد نموده است:
اول:
روزگار آسوده دارد مردم آزاده را 
زحمت سندان نمی‌آید در بگشاده را
از سر من عشق کی بیرون رود مانند خلق
چون کنم دور از خود این همزاده آزاده را
خوش نمی‌آید به گوشم جز حدیث کودکان
 اصلاً اندر قلب تأثیریست حرف ساده را
من سر از بهر نثار مقدمت دارم بدوش
 چند پنهان سازم امر پیش پا افتاده را
هر چه خواهد چرخ با من کج بتابد گو بتاب
من هم این‌جا دارم آخر آیت‌الله‌زاده را
و در جای دیگر آورده است:
فقط یک وقت یک آزاده بینی
یکی چون آیت‌الله‌زاده بینی2
سرانجامش شهادت بود
رضاخان که همواره مترصد فرصتی بود تا آیت‌الله آقازاده را از پیش روی خود بردارد و این فرصت را در قیام گوهرشاد از دست داده بود و حتی در محاکمه مجددش علی‌رغم صدور حکم اعدام هم نتوانسته بود از او خلاص گردد، سرانجام با توطئه‌ای کثیف و ناجوانمردانه آن‌گونه که برخی دیگر از مخالفان خود را به قتل رساند، در یک فرصت و در اوضاعی ظاهرا آرام به سراغ آیت‌الله هم رفت.
کاظم نجفی درباره شهادت پدر گفته است: «یک روز از مدرسه که برگشتم ساعت حدود 5 بعد از ظهر بود، دیدم خیلی سر و صدا و هیاهو در خانه است، داخل شدم دیدم پدرم به حالت اغماء افتاده ایشان همان شب فوت کردند، در صورتی که هیچ‌گونه کسالتی نداشتند از قبل. بعداً معلوم شد پدرم همان بعد از ظهر احساس ناراحتی می‌کند. یکی از مأمورین می‌رود و دکترى می‌آورد که بسیار ناشناس بود. چون خانه ما مردى نبود، بچه‌ها به مدرسه می‌رفتند و فقط مادرم در خانه بود، براى همین آن مأمور مى‌رود و دکتر را می‌آورد. دکتر آمپولی به پدرم می‌زند که بالافاصله بعد از زدن آمپول به حالت اغما می‌افتد و فوت می‌کند.3
کاظم نجفی ادامه داده: «به یاد دارم که همان شب که حال پدرم بد شد، عمویم آمد و یک عده جمع شدند. تلفن زدیم به دکتر لقمان که پزشک معالج پدرم بود. از او خواستیم که براى معاینه پدرم بیاید ولی حاضر نشد. بعدها فهمیدیم که به ایشان نیز دستور داده بودند که آن شب به منزل ما نیاید و پدرم را معاینه نکند.»4
بعد از زمان رضاخان و در دورانی که برای خاموش کردن اعتراضات مردم، برخی جنایتکاران دوران رضاخانی را به محاکمه می‌کشاندند و از همین روی تصاویرشان را در روزنامه‌ها به چاپ می‌رساندند تا هرکس از آنها شکایت دارد، با دیدن تصویرشان، مراجعه کرده و شکایت کند، عکس «پزشک احمدى»5 قاتل مستقیم آیت‌الله آقازاده نیز در روزنامه‌ها منتشر شد و همسر آیت‌الله با رؤیت آن عکس تایید کرد این همان پزشکى است که آمپولی به آیت‌الله آقازاده تزریق کرد و او را به قتل رساند.6
در واقع به امر مستقیم رضاخان، و با دستور سرپاس رکن الدین مختاری که پس از فرار آیرم، رئیس نظمیه شده بود، به وسیله پزشک احمدی معروف با تزریق آمپول هوا، آیت‌الله آقازاده را به شهادت رساند. 
عده‌اى از علما و دوستان آیت‌الله آقازاده تحت تدابیر شدید امنیتی، در روز سیزدهم ذیقعده 1356 هجری قمری، پیکر این عالم مجاهد را به شهرری انتقال داده و در جوار مرقد مطهر حضرت شاه عبدالعظیم حسنی به خاک سپردند.7
وقتی خبر شهادت مرحوم آقازاده را به آیت‌الله حاج آقا حسین قمی دادند، ایشان با اظهار تاسف فراوان فرمود: «تصور نکنید میرزا محمد آقازاده فقط آقای خراسان بود، آقای کل ایران بود.»
پانوشت‌ها:
1- زندگى نامه رجال و مشاهیر ایران، ج 1، 
ص 144.
2- همان، ج 1، ص 326.
3- حکایت کشف حجاب، ص 115واقعه گوهرشاد، سینا واحد، ص 167.
4- قیام گوهرشاد، سینا واحد، ص 167.
5- احمدى پزشک مخصوص کشتار زندانیان سیاسى در زمان رضا شاه بود. (تغییر لباس و کشف حجاب، ص 70.)
6- زندگى نامه رجال و مشاهیر ایران، ص 46.
7- حکایت کشف حجاب، ص 116.