مراجع عظام تقلید در پیام‌هایی جداگانه، ضمن تسلیت شهادت حضرت آیت‌الله خامنه‌ای و جمعی از فرماندهان و مردم بی‌گناه، بر ضرورت حفظ وحدت کلمه، انسجام ملی و ایستادگی در برابر توطئه‌های دشمنان تاکید کردند.

حضرت آیت‌الله‌ مکارم شیرازی در پی شهادت رهبر معظم انقلاب اسلامی پیامی صادر کرد.
متن پیام به شرح ذیل است:
بسم الله الرحمن الرحیم
«وَ بَشِّرِ اَلصّابِرِینَ اَلَّذِینَ إِذا أَصابَتْهُمْ مُصِیبَةٌ قالُوا إِنّا لِلّهِ وَ إِنّا إِلَیْهِ راجِعُون»
امت بزرگ اسلام، حق‌طلبان جهان و ملت شریف و مقتدر ایران. بار دیگر دست پلیدترین دشمنان قسم‌خوردۀ انسانیت از آستین کفر بیرون آمد و رهبر فرزانۀ انقلاب و سکان‌دار مبارزه با استکبار جهانی را در مسیر نورانی مکتب اهل‌بیت (علیهم‌السلام) به فوز شهادت رساند.
رهبری بیدار و شجاع که در تمام دوران حیات خویش در مسیر انقلاب اسلامی، در برابر طوفانِ حوادث و مشکلات و فشارها به حق مقاومت نمود و به آرزوی دیرین خود رسید و به خیل شهیدان و امام شهیدان پیوست؛ «فَمِنْهُمْ مَنْ قَضی نَحْبَهُ وَ مِنْهُمْ مَنْ یَنْتَظِر.»
اگرچه این ضایعه بسیار سنگین است، اما تاریخ اسلام گواه است که جهاد در راه حق همواره با ایثار خون آبیاری شده و این شهادت‌ها، بهای عزت، استقلال و مقدمۀ ظهور حضرت ولی‌عصر (ارواحنا فداه) خواهد بود.
در این برهۀ حساس و سرنوشت‌ساز، تذکر چند نکتۀ اساسی خطاب به همۀ مردم عزیز ایران اسلامی و عموم مسلمانان جهان ضروری است:
۱. همواره به یاد داشته باشیم که دست قدرت خدا برتر و بالاتر از همۀ قدرت‌هاست. در این ابتلائات، مبادا سستی راه یابد؛ چراکه وعدۀ یاری خداوند تخلف‌ناپذیر است؛ «إِنْ تَنْصُرُوا اَللّهَ یَنْصُرْکُم.»
۲. همان‌گونه که قرآن کریم دربارۀ فقدان رسول‌الله(ص) هشدار می‌دهد که (وَ ما مُحَمَّدٌ إِلاّ رَسُولٌ قَدْ خَلَتْ مِنْ قَبْلِهِ اَلرُّسُلُ أَ فَإِنْ ماتَ أَوْ قُتِلَ اِنْقَلَبْتُمْ عَلی أَعْقابِکُمْ وَ مَنْ یَنْقَلِبْ عَلی عَقِبَیْهِ فَلَنْ یَضُرَّ اَللّهَ شَیْئاً)، شهادت خادمان دین نیز نباید موجب کمترین تزلزلی در اراده‌ها شود. این انقلاب شجره طیبه‌ای است که به شخص قائم نبوده و به فضل الهی و با تمسک به «إن الله مع المتقین»، پرچم این نهضت هرگز بر زمین نخواهد ماند، إن‌شاءالله.
۳. اکنون هنگام رسالت سنگین مجلس خبرگان رهبری فرا رسیده تا طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، بی‌فوت وقت و با قاطعیت به وظایف خود عمل نماید که تصمیم این مجلس شرعاً و قانوناً فصل‌الخطاب است.
۴. بر تمامی قوای حکومتی و کارگزاران نظام فرض است که با انگیزه‌ای مضاعف و تدبیری هوشمندانه‌تر، به تکالیف خود که برای چنین روزی تدبیر شده عمل نموده و امور کشور را پیش برند و اجازه ندهند در زندگی مردم و نظم و آرامش جامعه کمترین خللی ایجاد گردد.
۵. ما در میانه یک جنگ تمام‌عیار هستیم. نیروهای نظامی و انتظامی مقتدر که مایۀ دلگرمی مردم هستند، باید با صلابت و بدون کمترین مماشات، هرگونه توطئه و التهاب‌آفرینی دشمنان را در نطفه خفه کرده و با تدبیر به مقابله با آنان تا نابودی کامل بپردازند.
۶. رمز پیروزی ما اتحاد است. وظیفۀ شرعی همۀ دلسوزان و آحاد ملت، صیانت از یکپارچگی صفوف و مقابله با نفوذ و شایعه‌پراکنی دشمنان است.
۷. ملت ایران و جهان اسلام، منتقم خون رهبر شهید انقلاب هستند. عاملان اصلی این جنایت، دولت مستکبر آمریکا و رژیم منحوس صهیونیستی است و این انتقام‌جویی وظیفۀ دینی همۀ مسلمانان جهان است تا شر این جنایتکاران از دنیا برچیده شود.
۸. از دعا و توسل غافل نشویم که ما در سایۀ امام حی و ناظر خود هستیم و او ما را تنها نخواهد گذاشت. با قلبی مالامال از حزن اما امیدوار به نصرت الهی، دست تضرع به درگاه الهی برداشته و برای پیروزی حق دعا می‌کنیم.
در پایان، اینجانب شهادت رهبر بزرگوار انقلاب، همراهان ایشان و عده‌ای از کودکان و مردم مظلوم و بی‌گناه کشورمان را به محضر بقیة الله الأعظم (ارواحنا فداه) و عموم مسلمانان و آزادیخواهان جهان و به ویژه مردم عزیز ایران تسلیت عرض نموده، برای آن عزیزان علو درجات و برای بازماندگان صبر و اجر جزیل از درگاه احدیت مسألت دارم.
والسلام علی عبادالله الصالحین
ناصر مکارم شیرازی

آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی: 
بر همه مسلمانان فرض است منتقم خون رهبر شهید باشند
همچنین حضرت آیت‌الله نوری همدانی با تسلیت شهادت امام خامنه‌ای، تاکید کردند: بر همه مسلمانان فرض است که منتقم خون رهبر شهید خود از عاملان این جنایت باشند.
حضرت آیت‌الله نوری همدانی در پاسخ به هیئت‌رئیسه مجمع نمایندگان طلاب و فضلای حوزه علمیه قم، مبنی بر وظیفه مسلمانان در مقابل جنایت استکبار جهانی و صهیونیست بین‌الملل نسبت به مقام مرجعیت شیعه و رهبری امت اسلامی تاکید کردند:
«بسمه تعالی
بر همه مسلمانان فرض است که منتقم خون رهبر شهید خود از عاملان این جنایت باشند.
والسلام علیکم
۱۰ اسفند ۱۴۰۴
حسین نوری همدانی»

آیت‌الله سبحانی: ملت بزرگ ایران انسجام و وحدت کلمه را حفظ کنند
در همین رابطه، حضرت آیت‌الله‌ جعفر سبحانی در پیامی شهادت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای را تسلیت گفت.
متن پیام به شرح ذیل است:
بسم الله الرحمن الرحیم
إِنّا لِلّهِ وَإِنّا إِلَیهِ راجِعُونَ
«إِنَّمَا الحَیاةُ عَقیدَةٌ وَ جِهاد»
خبر شهادت مظلومانه رهبر جمهوری اسلامی ایران حضرت آیت‌الله خامنه‌ای قدس سره، تعدادی از فرماندهان سپاه و ارتش و نیز کشتار جمعی از هموطنان مظلوم، به‌ویژه زنان و کودکان بی‌دفاع، موجی از اندوه و تأثر در میان امت اسلامی، به ویژه ملت شریف ایران، به‌وجود آورد.
اینجانب این حادثه جانگداز و مولمه را به پیشگاه حضرت ولی‌عصر عجل‌الله تعالی‌فرجه‌الشریف، عموم امت اسلامی، به‌ویژه علمای اعلام و مراجع عظام، و بالأخص خانواده‌های محترم شهدا تسلیت عرض نموده و از درگاه خداوند متعال، برای آنان علوّ درجات، رحمت واسعه و رضوان الهی مسئلت داریم.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای مصداق راستین این کلام بود که «إنما الحیاة عقیدة و جهاد»؛ از دوران جوانی تا واپسین لحظات عمر شریف خویش، با قلم و بیان و جان و دل، در راه تبیین تعالیم اسلام و مدیریت حکیمانه کشور تلاش نمود تا روزی که در ماه مبارک رمضان، به فیض عظیم شهادت نائل آمد و مهمان جدّ بزرگوارش، مولای متقیان امام علی(ع) گردید.
از خداوند متعال مسئلت داریم که خون پاک این مظلومان را بی‌پاسخ نگذارد و انتقام آنان را از دشمنان خبیث و منحوس و ددمنش بگیرد، و از ملت بزرگ ایران خواهانیم انسجام و وحدت کلمه را حفظ کنند. خدای متعال حافظ این کشور و این نظام است. 
وَالسَّلامُ عَلَیکم وَرَحمَهًْ اللهِ وَبَرَکاتُهُ
قم – جعفر سبحانی

 آیت‌الله شبیری‌زنجانی: وحدت اصل است
علاوه‌بر این، حضرت آیت‌الله شبیری‌زنجانی نیز در پی شهادت امام خامنه‌ای پیامی صادر کردند.
متن پیام به شرح ذیل است: 
«بسم الله الرحمن الرحیم
إِنّا لِلّهِ وَإِنّا إِلَیهِ راجِعُونَ
با تأثر عمیق، شهادت رهبری معظم آیت‌الله آقای حاج سید علی خامنه‌ای «رضوان الله تعالی علیه» را به حوزه‌های علمیه و بیت مکرم و آقازادگان گرامی و به مردم صبور و وفادار ایران و عموم مسلمانان جهان تسلیت عرض می‌کنم.
آن بزرگوار به‌عنوان شاگرد برجسته و تربیت‌شدۀ مکتب بنیانگذار انقلاب، با اعتقاد به مسیر و عدم تردید در مواجهه با مشکلات، عمر گرانقدر خویش را با صلابت و ارادۀ قوی و از جان‌گذشتگی و با عزت و اقتدار و پرکاری مثال‌زدنی در این راه گذاشت. آن مجاهد، خدمات ارزنده‌ای انجام داد که إن شاءالله ذخیرۀ آخرت ایشان باشد.
اکنون دشمن خبیث که دست پلیدش به خون زنان و کودکان و بی‌گناهان، بارها آلوده شده است، در حال تجاوز وحشیانه به میهن اسلامی و به خاک و خون کشیدن افراد بی‌گناه است. تاریخ این مرز و بوم، فراز و نشیب‌های بسیار به ‌خود دیده است و آنچه که توانسته مکتب اسلام راستین و مردم مؤمن این دیار را پایدار نگه دارد، دست سرپرستی و عنایت اهل‌بیت عصمت علیهم‌السلام و آگاهی مردم و توکل آنان به خداوند و عمل به وظایف شرعیه بوده است.
در این شرایط حساس، انتظار است مردم شریف ایران که دل در گرو محبت خاندان عصمت و طهارت علیهم‌السلام دارند با وجود تفاوت سلیقه‌ها و یا دل‌گیری از برخی اتفاقات گذشته، اتحاد خویش را بیش از گذشته حفظ و تقویت نمایند و با مواسات و همدلی و با سرلوحه قراردادن مواعظ حضرات معصومین علیهم‌السلام، از هرگونه دوقطبی‌سازی در جامعه پرهیز نمایند و در حفظ امنیت و آرامش بکوشند.
مسئولین و دست‌اندرکاران نیز باید برای عبور از شرایط دشوار و خنثی کردن توطئه دشمنان اسلام، با توکل به خداوند و دوراندیشی و تدبیر دقیق و نظارت بر دستگاه‌ها، به وظائف خویش و خدمت صادقانه به مردم عمل کنند. در این ایام و لیالی ماه مبارک رمضان، همه مؤمنین را به دعا و ارتباط با خداوند متعال و توسل به حضرات ائمه معصومین علیهم‌السلام، به ویژه استغاثه به ساحت مقدس حضرت ولی‌عصر «عجل الله فرجه‌الشریف» سفارش می‌کنم.
ضمن عرض تسلیت به خانواده‌های داغدار از حوادث اخیر، و دعا و آرزوی سلامتی برای مجروحین و آسیب‌دیدگان، با تضرع و استغاثه از خداوند متعال، تعجیل در ظهور موعود أمم حضرت بقیهًْ‌الله‌الأعظم (ارواحنا فداه) را مسألت دارم تا با برقراری قسط و عدل، رنج‌های بشریت پایان یابد.
سید موسی شبیری زنجانی
۱۱ رمضان الکریم ۱۴۴۷»

 آیت‌الله جوادی آملی: حفظ وحدت توصیه مهم رهبر شهید بود
حضرت آیت‌الله جوادی آملی هم طی پیامی شهادت رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت امام خامنه‌ای و شهادت جمعی از فرماندهان را تسلیت گفتند.
متن پیام معظم‌له بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
إنّا للهِ و إنّا إلیهِ راجعون
شهادت رهبر بزرگوار حضرت آیت‌الله خامنه‌ای و شهادت جمعی از فرماندهان سانحه سنگینی است.
رهبری که عمر پر برکت را در صیانت اسلام، عزت مسلمین و استقلال مملکت صرف کرد. توصیه مهم آن رهبر راحل، حفظ وحدت امت اسلامی، استقلال مملکت و تمامیت ارضی بود.
ارتحال آن قائد عظیم را به امت اسلامی تسلیت، علوّ درجه معظم‌له و صبر جمیل امت اسلامی و اجر جزیل خاندان مکرم ایشان را از خدای سبحان مسئلت می‌نماییم.

پیام تسلیت آیت‌الله سیستانی
حضرت آیت‌الله سیستانی، مرجع تقلید شیعیان در عراق، با صدور بیانیه‌ای شهادت حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی ایران، را تسلیت گفت. در این پیام آمده است: «با اندوهی عمیق، شهادت آیت‌الله خامنه‌ای(رضوان‌الله‌‌علیه) رهبر عالیقدر جمهوری اسلامی ایران را به مردم شریف ایران و عموم مسلمانان جهان تسلیت عرض می‌کنم. جایگاه رفیع آن بزرگوار و نقش منحصر به فردشان در سکانداریِ نظام جمهوری اسلامی طی سال‌های متمادی بر همگان آشکار است. بی‌تردید دشمنان با به شهادت رساندن ایشان و تجاوز گسترده نظامی به کشور، در پی ضربه‌زدن به ایران عزیز هستند. از ملت بزرگ این مرز و بوم انتظار می‌رود در این شرایط دشوار و حساس، با حفظ وحدت و انسجام ملی، اجازه ندهند متجاوزان به اهداف شوم خود دست یابند. از خداوند متعال برای آن فقید سعید علو درجات و رضوان الهی، و برای همه داغدیدگان صبر جمیل و اجر جزیل مسئلت دارم.»

در پی شهادت رهبر معظم انقلاب، فرزند ارشد آیت الله وحید خراسانی در تماس تلفنی با حجت الاسلام و المسلمین محمدی عراقی مسئول دفتر مقام معظم رهبری در قم مراتب تسلیت و تأثر آیت‌الله وحید خراسانی را به بازماندگان، به خصوص آقازادگان بزرگوار، ابلاغ نمود.

وی برای ایشان حشر با صاحب این ماه، حضرت امیر المومنین(ع)، و برای بازماندگان صبر جمیل و اجر جزیل مسالت کرد.