مراجع تقلید با صدور پیام‌های جداگانه بر بیعت با رهبری، حفظ انسجام حول محور ولایت فقیه و ادامه مسیر پرنور انقلاب تأکید کردند.
آیت‌الله مکارم شیرازی به مناسبت انتخاب آیت‌الله آقای سید مجتبی خامنه‌ای (حفظه الله) به عنوان سومین رهبر انقلاب اسلامی پیامی صادر کرد. در این پیام آمده است:
ملت شریف ایران و دلدادگان انقلاب اسلامی
بحمدالله مجلس خبرگان رهبری در مقطع حساس کنونی، با تصمیمی به هنگام، به وظیفه شرعی و قانونی خود عمل کرد. این مجلس با بررسی شاخص‌ها، جناب آیت‌الله آقای حاج سید مجتبی خامنه‌ای (حفظه الله) را به عنوان سومین رهبر انقلاب اسلامی برگزید و حجت را بر همگان تمام کرد.
اکنون شایسته است مردم عزیز و ارکان نظام، با بیعت با این انتخاب اصلح مسیر پرنور انقلاب را با اتحاد و استقامت تا پیروزی نهائی ادامه دهند.
اینجانب ضمن تسلیت مجدد شهادت رهبر فقید انقلاب، فرماندهان، مردم عزیز و کودکان و زنان مظلوم به خدمت رهبری عزیز و عموم مردم شریف ایران، این انتخاب را تبریک گفته، پیروزی، عزت و سربلندی ایران اسلامی و ذلت دشمنان را از خداوند متعال مسئلت دارم
 آیت‌الله نوری همدانی: دشمنان مأیوس شدند
آیت‌الله نوری همدانی نیز با صدور پیامی خاطرنشان کرد:
با عرض تبریک و تسلیت شهادت رهبر شهید انقلاب اسلامی و جمعی از سرداران رشید اسلام و نیز جمعی از مردم بی‌دفاع، خداوند متعال را سپاسگزارم که خبرگان ملت، به عنوان امنای امت اسلامی، با در نظر گرفتن همه شرایط و ضوابط لازم و بی‌تردید با عنایات خاصه حضرت بقیة‌الله الأعظم «عجل‌الله تعالی فرجه الشریف»، جنابعالی را که واجد جمیع شرایط لازم برای تصدی مسئولیت خطیر رهبری، از جمله فقاهت، شجاعت، تقوا، زمان‌شناسی، مدیریت و تدبیر و نیز پایبندی عمیق به راه و مکتب امام راحل عظیم‌الشأن و رهبر شهید «رضوان‌الله تعالی علیهما» هستید، به عنوان رهبر نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران معرفی نمودند و بدین‌سان بار دیگر دشمنان این ملت را مأیوس و ناکام ساختند.
اینجانب ضمن تجلیل از این انتخاب شایسته و حکیمانه مجلس خبرگان، بر ضرورت پایبندی و تبعیت کامل نسبت به اصل ولایت فقیه، به‌عنوان رکن اساسی و ستون استوار انقلاب اسلامی، تأکید نموده و از همه امت اسلامی، به‌ویژه مردم مؤمن، عزیز و انقلابی ایران و نیز مسئولان امین و خدمتگزار، درخواست می‌کنم با بصیرت و همدلی در پشت سر رهبر معظم انقلاب حرکت کرده و با حفظ وحدت و انسجام حول محور ولایت فقیه، مسیر پرافتخار انقلاب اسلامی را با صلابت و استواری ادامه دهند.
در پایان، از درگاه خداوند متعال طول عمر همراه با صحت و عافیت و توفیق روزافزون در خدمت به اسلام و مسلمین را برای جنابعالی مسئلت می‌نمایم.
 آیت‌الله سبحانی: اقدام خبرگان شایسته و مورد تایید است 
همچنین، در پیام آیت‌الله سبحانی آمده است:
حضور محترم اعضای مجلس خبرگان رهبری، دامت تأییداتهم
سلام علیکم و رحمة الله
در این شرایط حساس، اقدام آن مجلس محترم در انتخاب رهبر، کاری شایسته و درخور تقدیر و مورد تأیید می‌باشد. ان‌شاءالله امید است رهبر منتخب، در خدمت به شریعت، دیانت و کشور موفق و مؤید باشند.
جعفر سبحانی