استقرار و ثبات برنامه‌های حوزوی، و رشد كمّی و كیفی آن، در سایة مرجعیت و رهبری آیت‌الله‌العظمی بروجردی نیازمند زمان بود، و به این ترتیب هر یك از بزرگان و اساتید حوزه، فعالیت‌های خود را آغاز كردند و كوشیدند در این راه گام‌های تازه و سازنده‌ای بردارند.
امام خمینی نیز در این زمینه، فعالیت‌های خود را گسترش داد و با تشكیل حلقات درس و بحث به تقویت بنیة علمی طالبان علوم دین پرداخت و دست به كار پرورش علمی و اخلاقی شاگردانی همچون استاد شهید مطهری شد؛ كسانی كه در آینده‌ای نه چندان دور، با روشن‌بینی علمی، سیاسی و اجتماعی‌شان عقبة فكری و اخلاقی نسل جوان و اسلام‌خواهِ ایران را تشكیل می‌دادند.
اسلام، به منزلة كامل‌ترین آیین زندگانی، تمامی احكام و دستورالعمل‌هایِ مورد نیاز انسان را برای خوشبختی در دنیا و سعادتمندی در آخرت در بر دارد. از جزئی‌ترین دستورالعمل‌هایِ فردی گرفته تا كلّی‌ترین احكام اجتماعی، همگی در كتاب خدا و سیرة امامان معصوم(علیهم‌السلام) به اجمال یا تفصیل تبیین گشته و با شیوه‌ها و راهكارهایی پویا، این راه تا انتهای دنیا گشوده شده است.
اما یكی از آفت‌هایی كه از دیرباز دامن‌گیر امّت مسلمان شده، غفلت از احكام سیاسی و اجتماعی اسلام است. برخی قشری‌مذهبان، تنها به جنبه‌های فردیِ دین توجه دارند و تحت تأثیر تعالیم خاصِ برخی كژاندیشان، در صدد فرو كاستن كلّ دین به حوزة اعمال و عباداتِ فردی‌اند. غافل از آنكه اسلام افزون بر رابطه فرد با فرد، و رابطه فرد با خدا، به رابطه فرد با جامعه و نیز به رابطه جامعه با جامعه‌های دیگر و... نیز می‌پردازد. به این ترتیب، دین، مجموعه‌ای از احكام و عبادات فردی نظیر احكام طهارت و نماز و روزه نیست؛ بلكه بخش عظیمی از آن را فقه سیاسی و احكام ناظر بر روابط اجتماعی تشكیل می‌دهد.
به هر روی، وضعیت مزبور از جانب برخی جریان‌های مذهبیِ انحرافی یا جریان‌هایِ دین‌ستیز دامن زده شد، و طیّ سالیانِ درازی جدایی حوزه‌های دین و سیاست از سوی حكومت‌های غاصب توجیه و ترویج گشت؛ به گونه‌ای كه تا چندی پیش پرداختن به امور سیاسی مصداق «فسق» به شمار می‌رفت و روحانیِ سیاسی، «آخوند فاسق» خوانده می‌شد. اما حضرت امام خمینی(رحمهًْ الله علیه)، به منزلة فقیهی ژرف‌اندیش و جامع‌نگر، هم به ابعاد سیاسی و اجتماعی اسلام واقف بود، و هم از دلایل ترویج شعار شیطانیِ جداییِ دین از سیاست خبر داشت. از این روی، راهی را كه بزرگانی همچون آیت‌الله مدرس، آیت‌الله شیخ فضل‌الله نوری و آیت‌الله كاشانی پیش گرفته بودند ادامه داد و به سامان رساند. ایشان همواره با رفتار و گفتارش سعی در طرح و تقویت فقه سیاسی اسلام داشت و مباحث حكومتی دین را تبیین می‌كرد و تعلیم می‌داد. برای مثال، امام خمینی(رحمهًْ الله) در حلقه‌های درس و بحث از مثالهایی بهره می‌گرفت كه ناظر به بعد اجتماعی و حكومتی اسلام نیز باشد و به این ترتیب، رفته‌رفته ذهن طلاّب و دین پژوهان و مردم را با ابعاد و حدود اختیارات ولی فقیه یا همان حاكم اسلامی آشنا می‌ساخت، و به این صورت، بذر حكومت ولی فقیه را در دلِ جامعة اسلامی ایران می‌كاشت و پرورش می‌داد؛ بذری كه سالها بعد جوانه زد و شكوفا شد.