سند ساواک به تاریخ 26 آبان 1351 درباره دستگیری استاد مطهری و به بهانه تظاهرات دانشجویان در مقابل حسینیه ارشاد و تعطیلی آن چنین روایت می‌نماید:
«... نامبرده بالا (شیخ مرتضی مطهرى) تعریف کرده است که بعد از دستگیرى عده‌اى از دانشجویان در جلوى حسینیه ارشاد، مأمورین ساواک او را نیز بازداشت کرده و در زندان لباس‌هایش را درآورده و به او ناسزا گفته و فوق‌العاده بدرفتارى کرده‌اند و به مدت 40 ساعت نور پروژکتور به چشم‌هایش ‌انداخته و او را بی‌طاقت ساخته...»
حسینیه ارشاد با سابقه مؤثر در تجمع و تربیت و پرورش نسل انقلابی و مبارز در روزگاری تاسیس شد که کاخ‌های جوانان از جمله در حدود صد متری جنوب شرقی همین حسینیه و همچنین کاباره‌ها و دانسینگ‌ها و مراکزی از این دست، نسل جوان را به  فساد و فحشا و بی‌خبری فرا می‌خواندند. اما سخنرانان و خطیبان دینی آنچنان نسل جوان اواخر دهه 40 و اوایل دهه 50 را جذب کردند که جلسات سخنرانی و میزهای کتابخانه و نمازهای جماعت حسینیه ارشاد مملو از جوانان و دانشجویان شد و در تعطیلی‌اش توسط ساواک به تاریخ 26 آبان 1351 همین جوانان تظاهرات برپا ساختند و به حبس و زندان رفتند.
مؤسس حسینیه ارشاد
به شهادت اسناد و شواهد مستند و معتبر، استاد شهید آیت‌الله مرتضی مطهری حسینیه ارشاد را به مکان درس و سخنرانی و کانون انقلاب و مبارزه تبدیل ساخت. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای درباره نقش استاد مطهری در تاسیس و رشد حسینیه ارشاد گفته‌اند:
«... اما مسئلة شرکت ایشان [استاد مطهری] در حسینیة ارشاد نباید گفت «شرکت»، باید گفت «مؤسس». ایشان مؤسس (حسینیه) ارشاد است. آن وقتی که در تهران جلسات مذهبی درست و حسابی و منظمی نبود، چند نفر به فکر افتادند که یک کار این جوری بکنند. عنصر اصلی هم آقای مطهری بود و آقای همایون که بانی مالی آنجا بود جزو پیشقدمان این کار بودند... و این شد حسینیه ارشاد و از گویندگان دعوت کردند...»1
این واقعیت تنها مورد تاکید یاران و همراهان استاد شهید قرار نگرفت بلکه حتی آنان که باعث شدند، آیت‌الله مطهری با دلخوری و ناراحتی، مؤسسه و مرکزی را که سال‌ها با خون دل به‌بار نشانده بود‌، ترک کند نیز به این حقیقت معترف شدند. از جمله ناصر میناچی که این‌گونه به نقش استاد مطهری در شکل‌گیری حسینیه ارشاد اذعان داشته است:
«... در ابتدای تاسیس حسینیه ارشاد (سال 1344)، چندان کسی را نمی‌شناختیم که برای سخنرانی دعوت کنیم، مرحوم شاهچراغی که نمازهای جماعت را برپا می‌کرد، استاد مطهری را به ما معرفی کرد و استاد مطهری بود که درواقع برنامه‌ها و جلسات سخنرانی حسینیه ارشاد را به راه‌انداخت. ایشان از افرادی مانند شهید ‌هاشمی‌نژاد، مرحوم محمدتقی شریعتی و برخی دیگر برای سخنرانی دعوت می‌کرد و آن افراد هم به حساب شناختی که از استاد داشتند به این مرکز می‌آمدند. خود استاد  هم سلسله سخنرانی‌هایی را شروع کردند...»2
برپایی انتشارات و چاپ کتاب
در اسناد ساواک گزارش‌های متعددی درباره سخنرانی‌هایی که استاد مطهری در حسینیه ارشاد ایراد کرد، به چشم می‌خورد، از جمله گزارش ساواک از اولین سخنرانی استاد به تاریخ 16 اردیبهشت 1346. میناچی در ادامه اظهاراتش درباره نقش شهید مطهری در حسینیه ارشاد گفته است:
«... استاد مطهری درواقع یکی از اعضای هیئت‌مدیره حسینیه ارشاد بود و تمامی برنامه‌های فرهنگی اینجا زیر نظر ایشان قرار داشت. هم ایشان بود که در سال 1347 دکتر علی شریعتی را برای سخنرانی در مراسم گرامیداشت آغاز پانزدهمین قرن بعثت پیامبر اکرم (ص) که مبتکر و بانی‌اش خود استاد بود، دعوت کرد و بعد هم دو مقاله دکتر را در کتابی که به همین مناسبت از مجموعه مطالب دانشمندان و صاحب‌نظران جهان اسلام گردآوری کرده بود، به چاپ رسانید و مرحوم شریعتی را به علاقه‌مندان شناساند...» 
خود مرحوم دکتر شریعتی هم در بازجویی‌های ساواک که در پرونده‌اش موجود است، نوشته است:
«... از طریق آقای مطهری که خراسانی هستند و با آثار و افکار من آشنا و در ضمن مسئول برنامه‌های دینی و علمی ارشاد، از من برای سخنرانی دعوت کردند و من برای اولین بار در برنامه‌های چهاردهمین قرن بعثت که ارشاد برگزار کرده بود، یک سخنرانی کردم...»
به‌جز دعوت از سخنرانان و اساتید آگاه و توانا، وجه دیگر فعالیت‌های استاد مطهری در حسینیه ارشاد، راه‌اندازی بخش انتشارات آن بود که با چاپ و انتشار متن سخنرانی‌ها و یا مطالب آموزشی و تحقیقی درباره اصول و عقاید اسلامی، سهم مهمی در آگاهی نسل جوان آن روز ایفا نمود. ناصر میناچی در این باره نیز گفته است: 
«... استاد مطهری همچنین سازمان انتشاراتی در حسینیه ارشاد به‌وجود آورد که کتاب‌های بسیار مفیدی تماما به نظر و مدیریت خود ایشان منتشر کرد که منشأ اثر زیادی در بین جوانان بود. استاد مطهری به هیچ وجه حاضر نمی‌شدند که از نظر حفظ اعتبار حسینیه و حیثیت علمی آن، هر سخنرانی را از نوار استخراج کرده و به چاپ برسانند. حتی سخنرانی‌های خودشان را هم دست چین کرده و چند تا از آنها را تشخیص دادند که برای چاپ و انتشار کتاب مناسب است مثل عدل الهی، جاذبه و دافعه علی، جهان‌بینی اسلامی، کتاب حجاب و امثالهم...»
اما در آن روزها، فعالیت انقلابی در برخی دیگر از مساجد و حضور بعضی از چهره‌های شاخص نهضت امام در آنها، باعث احساس خطر ساواک و حتی شخص شاه گردید، به‌گونه‌ای که شاه رأسا دستور تعطیلی این مراکز را صادر نمود. 
مرکز تجمع دانشجویان و پزشکان و مهندسین 
از جمله این مراکز، مسجد الجواد بود که اگرچه در سال 1341 تاسیس شد اما از سال‌های 49-1348 با حضور روحانیون و انقلابیون نهضت امام خمینی به‌خصوص آیت‌الله استاد مرتضی مطهری، فعال گردید. استاد مطهری سخنرانی‌ها و جلسات خود را از حسینیه ارشاد به مسجد الجواد منتقل کرد و از آنجا که ایشان یکی از سخنرانان اصلی انجمن اسلامی مهندسین، انجمن اسلامی پزشکان و انجمن‌های اسلامی دانشجویی بود، موجب گشت این انجمن‌ها نیز جلسات خود را در این مسجد برگزار کرده و در نتیجه مسجد الجواد به یکی از مراکز تجمع قشر دانشجو و تحصیلکرده تبدیل شد.
با دعوت ازسخنرانانی چون آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای، آیت‌الله دکتر سیدمحمد بهشتی‌، حجت‌الاسلام سید عبدالکریم ‌هاشمی‌نژاد، دکتر محمد مفتح و دکتر محمدجواد باهنر و برگزاری کلاس‌های مختلف و فعال کردن کتابخانه‌ای منحصر به فرد، مسجد الجواد به یکی از کانون‌های نهضت امام بدل گردید.
دعوت شخصیت‌های انقلابی دیگر همچون ‌آیت‌الله محمد امامی‌کاشانی، ‌حجت‌الاسلام محمدتقی فلسفی، ‌آیت‌الله حسین نوری، ‌حجت‌الاسلام ابوالقاسم خزعلی، ‌حجت‌الاسلام علی دوانی و حجت‌الاسلام فضل‌الله محلاتی باعث رونق هرچه بیشتر و تجمع گسترده‌تر انقلابیون پیرو امام خمینی در این مسجد گردید.
کانون توحید و دفتر نشر فرهنگ اسلامی از دیگر مؤسسات و مراکز فعالیت نهضت امام نیز به همت دکتر باهنر، دکتر بهشتی، دکتر مفتح و استاد مطهری در مسجد الجواد تأسیس شدند و فعالیت خود را گسترش دادند، به‌طوری که مطالب سخنرانی‌ها و کلاس‌های برگزار شده به‌خصوص درس‌های استاد مطهری را به صورت جزوه‌هایی انتشار داده و بین حاضرین در مسجد توزیع می‌کردند.
همه اینها باعث شد تا مسجد الجواد نیز در اواخر آبان 1351 توسط ساواک تعطیل و فعالیت‌های کتابخانه و مراکز فکری و انتشاراتی و دانشجویی‌اش متوقف گردد.
یادگار آیت‌الله طالقانی برای نهضت امام
از دیگر مساجدی که در همان اواخر آبان 1351 توسط ساواک تعطیل شد، مسجد هدایت بود. سابقه مسجد هدایت به سال‌ها قبل برمی‌گشت‌، ولی فعالیت‌های مهم آن با استقرار آیت‌الله طالقانی در سال 1327 آغاز شد. حضور مرحوم طالقانی در مسجد هدایت و دو دهه‌و‌نیم جلسات تفسیر وى براى جوانان و مبارزان، مسجد هدایت را به یکی از کانون‌های پرورش جوانان تبدیل نمود. 
از سال 1342 و بعد از قیام 15 خرداد آن سال و زندان و حصر حضرت امام و سپس تبعید ایشان، مسجد هدایت از مراکز روشنگری نهضت امام شد که برخی از روحانیون انقلابی همچون حجت‌الاسلام دکتر محمدجواد باهنر حضور فعالی در آن داشتند. این حضور چنان بود که هر زمان، آیت‌الله‌ طالقانی از طرف ساواک دستگیر و روانه زندان می‌شد، دکتر باهنر جلسات سخنرانی و تفسیر قرآن برگزار می‌کرد. همچنین شخصیت‌هایی چون استاد مطهرى، محمدتقی شریعتی و... در آن به سخنرانی ‌پرداختند و علی‌رغم کنترل ساواک، مسائل انقلابی و برنامه‌های نهضت امام را مطرح نمودند.
مأموران ساواک، گزارش‌هاى مفصل و مستمرى از جلسات مسجد هدایت در طی آن سال‌ها تهیه کردند که بعضا تعداد جوانان و دانشجویان در جلسات مذکور را از یکصد تا پانصد نفر ذکر نموده‌اند.
مسجد هدایت یک‌بار به هنگام برگزاری مراسم برای شهادت آیت‌الله سعیدی در 28 خرداد 1349، ابتدا محاصره و سپس مورد هجوم ساواک قرار گرفت و تعطیل شد و پس از بازگشایی مجددا مرکز فعالیت‌های انقلابیون نهضت امام شد تا اینکه در آبان 1351 مجددا و این بار به دستور شخص شاه، تعطیل گردید.
یکی از اسناد ساواک به تاریخ 25 آبان 1351 شرح عملیات برنامه‌ریزی شده مساجد فوق به‌نظر می‌رسد. عملیاتی که به دلیل فعالیت‌های انقلابی این مساجد برای نهضت امام، توسط مزدوران ساواک طراحی گردید تا به این مراکز انقلابی حمله کرده، امامان جماعت و متولیان آنها را دستگیر نموده و به سیاهچال‌ها و شکنجه‌گاه‌های خود منتقل نمایند. بخشی از سند یاد شده، به این شرح است: 
«... موضوع: حسینیه ارشاد و مساجد الجواد و هدایت
با ملاحظه اینکه ادامه فعالیت مسئولین مراکز مذهبی فوق، تاثیرات نامطلوبی در امنیت ملی داشته و مرتبا عده تازه‌ای از جوانان را دچار انحراف فکری می‌نماید، خواهشمند است دستور فرمایید به علت اهمیت فوق‌العاده امر، نسبت به انجام موارد مورد نظر (تعطیلی این مراکز) اقدام ‌نمایید و نتیجه را اعلام تا از شرف عرض ملوکانه بگذرد.
رئیس شهربانی کل کشور - سپهبد صدری 
گیرنده: ریاست سازمان اطلاعات و امنیت کشور (ساواک)...»
ـــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ
1- استاد مطهری، دکتر شریعتی و حسینیه ارشاد از زبان رهبر معظم انقلاب، ماهنامه آموزشی، اطلاع‌رسانی معارف، مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی.
2- مجموعه مستند «محراب انقلاب»، قسمت پنجم، شبکه قرآن، 16 بهمن 1384.