بعد از دستگیری شهید امانی، شهید عراق و من، در بازجویی‌ها از شهیدان مطهری و بهشتی سؤال شد که با این موضوع چه ارتباطی دارند؟ ما گفتیم که با این دو نفر در مجامع عمومی جلسه داشته‌ایم و آنها نقشی در جلسات مخفی نداشته‌اند.‌اندکی بعد از این موضوع شهید بهشتی برای مدیریت مرکز اسلامی به‌هامبورگ آلمان رفت. همچنین شهید لاجوردی مقاومت فوق‌العاده‌ای برای معرفی نکردن شهید مطهری داشت و این‌گونه توجیه کرده بود که ما با ایشان جلسات خصوصی نداشتیم.
در مورد شخص آیت‌الله انواری اما موضوع فرق می‌کرد. در ماجرای اخد فتوا، وقتی ما گفتیم که باید از امام در این باره فتوا بخواهیم، ایشان پرسیده بود: کسی پیدا می‌شود که این کارا انجام دهد و وقتی ما گفته بودیم بله، ایشان فرمود: «اگر کسی پیدا شود، باعث امیدواری است». همین یک جمله زمینه دستگیری و محکومیت 15 ساله زندان برای ایشان را فراهم کرد که البته حضورشان در زندان بسیار مثبت و خوبی بود.
در بازرسی‌های بعدی ماموران توانستند اساسنامه موتلفه را پیدا کنند. حاج صادق امانی واقعا صادق بود و دروغ نمی‌گفت. به سراغ ایشان رفته و گفتند شما چه ارتباطی با این تشکیلات(بخش سیاسی موتلفه) داشتید؟ وی گفت چون این مجموعه با مبارزه سخت مخالف است، از آنها جدا شدیم. کار ما به آنها مربوط نیست، چون کار سیاسی می‌کنند.
شاید وی بعضی از اسامی را هم گفت. برای اساسنامه به سراغ من هم آمدند، چون وقتی آیت‌الله مطهری و آیت‌الله بهشتی اساسنامه را تنظیم فرموده بودند، من برای توجیه گفتم که آن را برای ارائه به بزرگان در اختیار داشتم و گفتم که اساسنامه غیرقانونی نیست و این جمعیت هم غیر قانونی نیست. اما آنها به سراغ بعضی از کسانی که اسم آورده بودند، رفتند. آنها هم برای اینکه به موضوع اعدام حسنعلی منصور وصل نشوند، راجع به موتلفه صحبت کردند، به همین دلیل بود که حدود نه نفر از شورای مرکزی موتلفه هم دستگیر شده و پرونده هیئت‌های موتلفه اسلامی، به یک پرونده امنیتی تبدیل شد. همچنین یک پرونده دیگر هم راجع به وعاظ و مقامات روحانی که با برنامه‌های موتلفه همراه بودند، تشکیل شد.
دادگاه اعضای هیئت‌های موتلفه اسلامی
افراد دستگیر شده بعد از تعیین وقت دادگاه بود که توانستند همدیگر را ملاقات کنند. در مسیر دادگاه به این تصمیم رسیدیم که از ما 13 نفر هرکس اعدام خودش را حتمی می‌داند هم از هدف و هم از راه مجموعه دفاع کند و به هیچ وجه نباید کوتاه نیاید. افرادی هم که احتمال اعدام خود را می‌دهد با درصد کمتری می‌دهد و شاید زندانی شود، سعی کند از برنامه‌ای که تا آن زمان انجام شده دفاع کند، اما در عین حال نگوید که اگر این عمل را به من پیشنهاد می‌کردند، انجام می‌دادم. کسانی هم که اصلا احتمال اعدام‌ شدنشان نیست سعی کنند دفاع حقوقی بکنند و اصلا راجع به هدف که برقراری حکومت عدل اسلامی است و راه که سرنگونی رژیم منحط پهلوی است و اقداماتی که انجام شده سخنی نگویند و فقط دفاع حقوقی بکنند. این تصمیم تقریباً عمل شد.
چهار نفر اصلی یعنی شهیدان امانی، بخارایی، نیک‌نژاد و صفار هرندی گفتند ما هیچ تردیدی نداریم که شهادت برای ما هست و اینها ما را اعدام می‌کنند. آنها هم از هدف، هم از راه و هم از برنامه دفاع کردند و هیچ‌کدام کوتاه نیامدند. دو نفر بعدی که شهید عراقی و حاج‌هاشم امانی بودند، دفاعی از اصل برنامه داشتند ولی سعی کردند اینطور جلوه نکند که اگر به خودشان پیشنهاد می‌شد، انجام می‌دادند. از نفر ششم که گذشت نفر هفتم و بنده که هشتم بودم تا سیزدهم همه وظیفه‌مان این شد که همه مسائلی که هست را رد نکنیم اما دفاع حقوقی بکنیم و همین کار هم شد.
 در نتیجه در دادگاه اول چهار حکم اعدام، دو حبس ابد برای شهیدان عراقی و حاج‌هاشم امانی صادر شد و علاوه‌بر آنها چهار نفر دیگر از ما را هم حبس ابد دادند، یک نفر 15 سال، یک نفر 10 سال و یک نفر هم 5 سال حبس.
در شرایط بازجویی، بازپرسی و دادگاه هیچ کدام از این اعضای سیزده‌گانه را نتوانستند در مقابل دیگری قرار بدهند. دادستان هم به همین تکیه می‌‌کرد و می‌گفت از اینکه این افراد یکپارچه حرف می‌زنند و بر علیه هم صحبت نمی‌کنند پیداست که یک تشکیلات منسجم هستند.
با فاصله کمی دادگاه دوم شکل گرفت. در دادگاه دوم شهیدان عراقی و حاج‌هاشم امانی تندتر از دادگاه اول صحبت کردند، لذا حکم شهید عراقی و حاج‌هاشم امانی از ابد تبدیل به اعدام شد. فردی به نام «صلاحی عرب» رئیس‌دادگاه بود و تعبیر خود عوامل دادگاه درباره او «سلاخ عرب» بود. او حتی وقتی آیه قرآن می‌خواندند، می‌گفت این عربی‌ها چیست که می‌خوانید، از خودتان دفاع کنید! یک چنین آدم وحشی‌ای بود.
پس از اینکه از دادگاه دوم بیرون آمدیم و شش نفرمان به اعدام، چهار نفر به ابد و 6 نفر دیگر به 15 و 10 و 5 سال حبس محکوم شدیم‌،به این نتیجه رسیدیم که باید اعتصاب غذا کنیم و بگوییم ما باید دور هم جمع بشویم. ابتدا خشن برخورد کردند ولی بالاخره کوتاه آمده و درها را باز کردند. ما در سالن بهداری زندان موقت شهربانی که بعدها کمیته مشترک ضدخرابکاری در آنجا متمرکز شد، نگهداری می‌شدیم.