آن‌جا که خاتمی، نتوانست توقعات اصلاح‌طلبان افراطی را برآورده کند، و رو در روی انقلاب و رهبری بایستد، لذا شعار «عبور از خاتمی» از طرف برخی از دوم‌خردادی‌ها شنیده می‌شد. شرط و شروط‌هایی که از سوی برخی جناح‌های اصلاح‌طلب و متفکرین این جریان، برای حمایت از خاتمی در دورة دوم گذاشته می‌شد، علی‌الظاهر در خاتمی ایجاد تردید‌هایی برای حضور در انتخابات کرده بود. به عنوان نمونه،‌‌هاشم ‌آغاجری می‌گفت: «خاتمى بايد شفافيت، صراحت و نشان دادن عزم جدى براى تغيير وضع موجود و تداوم قدرتمند اصلاحات در چهار سال دوم را همچنان در پيش بگيرد... صريحاً با آنها عهد ببندد كه در چهار سال بعد با اتكاء به اين رأى قاطع ملت در مقابل همة موانع خواهد ايستاد و هرگونه مماشات و محافظه‌كارى و درواقع ملاحظه را كنار خواهد گذاشت!»1
البته جریان اصلاحات، کسی بهتر از خاتمی را سراغ نداشت تا روانة میدان رقابت انتخابات کند، لیکن برای جلب توجه بیشتر مردم و القاء این نکته که خاتمی به اصرار مردم و نخبگان وارد صحنة انتخابات می‌شود، اقدام به تنظیم نامه در مجلس شورای اسلامی از سوی 225 نماینده، خطاب به خاتمی نمودند و از او درخواست کردند تا برای نامزدی اقدام نماید! خاتمی پس از انتشار این نامه در روز جمعه 14 اردیبهشت 1380، در وزارت کشور اقدام به ثبت‌نام کرد و هنگام ثبت‌نام «چشمانش اشکبار» شدند. او با این حرکت سوژه‌ای شد برای بهروز افخمی که فیلم تبلیغاتی او را بر مبنای این صحنه بسازد و دلربایی کند!
اما در جریان تبلیغات انتخاباتی، هواداران دوم خرداد و جریان اصلاحات، هدف خود را از دورة دوم ریاست جمهوری خاتمی،‌ به صراحت نشان دادند. آنان همان چیزی را نمایش دادند که‌هاشم آغاجری به عنوان شرطِ آمدن خاتمی مطرح کرده بود. شعارهای «عدم کفایت اختیارات رئیس‌جمهور» و «تبدیل انتخابات به همه‌پرسی» به خوبی پرده از پشت صحنة نمایش کاندیداتوری خاتمی برمی‌داشت. آنان رئیس‌جمهور را به مقابلة با رهبری و نهادهای مرتبط فرا می‌خواندند و دوگانگی در حاکمیت را می‌خواستند از نظریه به واقعیت تبدیل کنند و آنچه در کودتای تیر 1378 موفق به انجام آن نشده بودند، در دورة دوم ریاست جمهوری خاتمی، خواهان تحققش بودند!
حجم انبوه تبلیغات انتخاباتی، از عزم همة جناح‌ها و اشخاص جریان اصلاحات برای پیروزی خاتمی با آراء بالا و تبدیل آن به اپوزیسیون انقلاب، حکایت می‌کرد. به گزارش رئیس‌ستاد انتخابات خاتمی، برپایی 8400 ستاد انتخاباتی، 1600 سخنرانی، 6 هزار همایش و انتشار 7 و نیم میلیون پوستر و تراکت با هزینه بیش از 12میلیارد تومان، بخشی از این تبلیغات بود! تشکیل ستاد‌های رأی‌اولی‌ها (سیمرغ) و کارناوال‌های انتخاباتی و جشن‌های تبلیغاتی، نوع جدید از تبلیغات انتخاباتی بودند که دوم خردادی‌ها به آن اقدام کردند.2
خاتمی در این انتخابات، رقیب جدّی نداشت. وی که از سوی حزب کارگزاران، مجمع روحانیون مبارز، حزب مشارکت، سازمان مجاهدین انقلاب و نهضت آزادی و دیگر گروه‌های چپ و شخصیت‌های وابسته به جریان نفاق مدرن، حمایت می‌شد؛ با 77درصد آراء رأی‌دهندگان به عنوان هشتمین رئیس‌جمهور اسلامی ایران، انتخاب گردید. رهبر معظّم انقلاب اسلامی در 12 مرداد 1380، حکم ریاست جمهوری خاتمی را تنفیذ نمودند.
محورهای مهم بیانات رهبری در مراسم تنفیذ به این شرح می‌باشد:
1- توجه رئیس‌جمهور به یاد خدا، اخلاص در عمل، قدردانی از ملت، مراقبت از منافع ملی، اولویت دادن به نیاز قشرهای مستضعف، گرامی شمردن ارزش‌های والای دین و انقلاب.
2- همه مسئولان نظام در مقابل خدا، مردم و قانون اساسی مسئولند.
3- اعتبار مسئولان به کمرِ بستة دین خدا، متعهد به قانون اساسی و موظف به تأمین خواسته‌های مردم بودن است. در غیر این صورت خود به خود از سمت خود عزل می‌شوند.
4- مسئولان بدون مردم هیچ‌اند و اقتدار ‌آنان در داخل و خارج مرهون ایستادگی مردم است و پایداری آنان نیز مرهون ایمان است. بنابر این ایمان مردم را باید حفظ و تقویت کرد و جلوی تهاجم به این عامل سعادت‌بخش را گرفت.
5- فوری‌ترین کار برای دولت، توجه به مسائل اقتصادی و معیشتی مردم و در رأس آن، ایجاد اشتغال است.
6- دشمنان انقلاب، تلاش‌های سیاسی و تبلیغاتی زیادی را برای فلج کردن کشور از طریق مشکلات اقتصادی، انجام می‌دهند.
7- فرهنگ عمومی کشور و توجه به آن از مسائل مهم و ضروری است. دشمن تلاش می‌کند با تبلیغ اباحه‌گری اعتقادی و عملی، باورها و تکیه‌گاه‌های اعتقادی مردم را سست کند که در داخل هم عده‌ای غافل، در حرف و عمل همین کار را می‌کنند.
8- ترویج فساد و تشویق جریان‌های خلاف اخلاق از دیگر روش‌های دشمنان برای ترویج اباحه‌گری است که مسئولان باید با کمال توجه در مقابل این‌گونه تهاجمات به فرهنگ عمومی بایستند.
9- اسلام، مرتکب منکر را نصیحت و هدایت می‌کند، اما برای او حدّ و مجازات هم تعیین کرده است. بنابر این مسئولان باید با قدرت جلوی جریان فساد و منکرات را بگیرند و اجازه ندهند عده‌ای به نام ‌آزادی، بی‌بند وباری را در جامعه ترویج کنند.
10- مسئولان باید در برابر جریان فساد اخلاقی که موجب بدبینی و کنار نشستن متدینین و در نهایت تضعیف و شکست نظام می‌شود، به‌گونه‌ای عمل کنند که اعتماد مردم مؤمن سلب نشود.
11- جلب اعتماد مردم به هیچ وجه مجوز قانون‌شکنی نیست. چرا که قانون‌شکنی جرم است. اگر روزی لازم شد مردم وارد عمل شوند، رهبری به مردم خواهد گفت.
12- مقابله با مفاسد مالی و اقتصادی، طبق نامة 8مادّه‌ای به رؤسای قوا، بزرگترین وظیفه مسئولان و با همکاری همة قوا باید انجام شود.
در دولتی که خاتمی به مجلس معرفی کرد، تغییراتی نسبت به دولت قبلی وی ایجاد شده بود که آن را بیشتر درون حزبی و به عبارتی «ارتقاء نیروهای تشکیلاتی» دانسته‌اند.3 دکتر حسن حبیبی از دولت خارج شده و عارف به عنوان ریاست سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی تعیین گردید. بیشترین مخالفت‌ها با وزارت بیژن زنگنه بر نفت، مرتضی حاجی با مدرک کاردانی برای ‌آموزش و پرورش و علی عبدالعلی‌زاده برای وزارت مسکن و شهر‌سازی بود که کمترین آراء موافق را هم داشتند اما تمامی وزرا رأی اعتماد گرفتند!