وقتی حضرت آقای سید تقی انواری از اعاظم سادات کلخوران اردبیل از دنیا رفتند حضرت آیت‌الله خویی در نجف برای ایشان مجلس ترحیم و بزرگداشت برگزار کردند.
 فردای مجلس مرحومین آقای سید محمد مفتی الشیعه و سید احمد موسوی ننه‌کران به محضر حضرت آیت‌الله خویی رسیدند تا تشکر کنند. در این مجلس آیت‌الله سید احمد موسوی سؤال کردند که حضرت آقا! شما راضی به پذیرش مرجعیت نبودید و رساله نمی‌نوشتید، چطور شد این منصب را پذیرفتید؟
فرمودند: بخاطر حسناتی که از بابت غیبت‌ها و بهتان‌هایی که از پذیرش این سمت به طرف من سرازیر می‌شد این سمت را پذیرفتم!
از اطرافیان آقا مشکینی می‌گوید به آقا عرض کردم در کشور آذربایجان بر علیه شما در مطبوعات قلم می‌زنند، فرمود :پس من از آنجا هم درآمد دارم؟!
مرحوم فخرالمحققین فرزند علامه حلی از علماء بسیار مدقق شیعه است و به همراه پدر یعنی علامه حلی خدمت بزرگی به مذهب اهل بیت کرده و بارها در کتاب فقهی خود یعنی ایضاح‌الفوائد بیان کرده که این مطلب را پدرم در قزوین یا آذربایجان یا همدان یا... گفت. یعنی پدر و پسر با هم مدرسه سیاری جهت ترویج مذهب اهل بیت درست کرده بودند.
 متاسفانه تهمت بسیار خطرناکی به این عالم جلیل‌القدر زده شد و بالاخره سر برگرفت و رفت و هنوز هم معلوم نیست به کجا رفته است، او به کتاب الفین علامه حاشیه زده است.
 الفین یعنی دو هزار، در این کتاب علامه دو هزار دلیل بر ولایت امیرالمومنین آورده است.
 او در حاشیه یکی از این ادله می‌نویسد: اینجا خواب مرا گرفت در خواب پدرم را دیدم. عرض کردم پدر چه مصیبت‌ها که از این مردم دیدم. پدرم با صدای بلند گفت خاموش! مگر نمی‌خواهی بدون زحمت سود ببری!
 در روایت است فردی از امام صادق(ع) غیبت کرده بود، حضرت یک طبق خرما به ایشان فرستاد و گفت تشکر می‌کنم از اینکه حسنات خود را به دفتر اعمال من منتقل کردی.
 بعضی از بزرگان می‌گویند من به حسنات غیبت‌هایی که از من می‌شود زیاد امیدوارم تا به اعمالی که خودم انجام می‌دهم.
یکی از بزرگان ترک زبان اسم غیبت‌هایی را که از او می‌شد گذاشته بود «موفته گلیر منبعی» یعنی «منبع در آمدهای مفت!»
 در صحیح بخاری از رسول خدا(ص) روایت شده که حضرت به اصحاب مکرم خود فرمودند آیا می‌دانید مفلس کیست؟ عرض کردند یا رسول‌الله مفلس نزد ما کسی است که پول و دارایی نداشته باشد.
 حضرت فرمودند براستی مفلس کسی است که در روز قیامت با نماز و روزه و زکات می‌آید در حالی که به یکی توهین کرده، به دیگری تهمت زده، مال شخصی را خورده و خون فردی را ریخته است. تمام اینها از حسناتش گرفته می‌شود اگر حسناتش تمام شود قبل از اینکه خطاهایش قضا شود، از خطاهای آنها گرفته می‌شود و به او منتقل و در آتش افکنده می‌شود.
 یک بازاری اهل معرفت در قم که مغازه‌اش مورد سرقت قرار گرفته بود به کاتب این حروف گفت:
 مال آدم را یک جا ولی ایمانش را هزار جا می‌برند!
 حفظ عمل و صیانت آن از غارت و تاراج شیطان سخت‌تر و بالاتر از انجام خود عمل است.
نقل است که مرحوم میرزای قمی در منزل خود کار بنایی داشت و عمله‌ها مشغول کار بودند وقتی کارگری با حیوان باربر مصالح ساختمانی را در محل کار تخلیه کرد میرزا بلند شد ودر گوش حیوان نجوا کرد ! از او سؤال کردند این مقام جای چه نجوایی است؟ فرمود به دراز گوش گفتم خوش به حالت که بارت را به منزل رساندی آیا ما هم خواهیم توانست بار خود را به منزل برسانیم؟!
 امیرالمومنین در عمر نفیس و پربرکت خود فقط یک بار گفته است «فزت» و آن زمانی بود که یقین کرد بار به منزل رسیده است همانجا فرمود فزت و رب الکعبه