فعالیت‌های آیت‌الله جنتی در سال 1343 باعث شد که ساواک کنترل سخنرانی‌های ایشان را در دستور کار قرارداده و پرونده‌ای برای ایشان تهیه شود. سند زیر در سال 1344 به این موضوع اشاره دارد:
«به مامورين مربوطه آموزش لازم داده شد كه مراقبت‌هاي لازم را معمول در صورت استماع اظهارات خلاف از شخص مورد نظر طبق دستور صادره اقدام نمايد.»
گزارش‌های ساواک نشان می‌دهد که آیت‌الله جنتی در سال 1344 نیز همچنان با مشارکت در تهیه اعلامیه و صدور تلگراف فعال بوده است. انتقال حضرت امام (ره) در مهر ماه 1344 از ترکیه به عراق که محیط مناسب‌تری برای یک عالم شیعی داشت، باعث خرسندی یاران امام شد. آیت‌الله جنتی و سایر اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به همین مناسبت با صدور اعلامیه‌هایی برای حضرت امام(ره) نسبت به این موضوع واکنش نشان دادند:
«گر چه انتقال حضرتعالی از ترکیه به عراق از این جهت که محیط مناسب‌تری است مایه خوش‌وقتی [است]، ولی ادامه محرومیت ملت ایران و مخصوصاً حوزة علمیه قم از افاضات آن مرجع عظیم‌الشأن موجب افسردگی شدید عموم است. امیدواریم در آینده نزدیک با مراجعت حضرتعالی به قم مردم ایران از نعمت رهبری‌های ارزنده آن زعیم عالیقدر که موجب مصالح عالیه عموم اسلام و مسلمین است بهره‌مند گردند.»
در همین زمان مجدداً نامه سرگشاده‌ای با امضای «حجج اسلام و فضلا و محصلین حوزه علمیه قم» خطاب به حضرت امام خمینی (ره) منتشر و خواستار مراجعت ایشان به کشور شدند:
«هر چند انتقال حضرت‌عالی از ترکیه به عتبات عالیات از جهتی مایه خرسندی است ولی ادامه تبعید آن مرجع عالی‌قدر که به خاطر دفاع از قرآن و حقوق ملت اسلام و حمایت از استقلال و تمامیت ارضی کشور اسلامی ایران صورت گرفته است بسی موجب تأثر و تنفر عموم ملت ایران است. ملت شریف مسلمان ایران و حوزه علمیه قم که از منویات مقدس آن قائد عظیم‌الشأن پیروی می‌کنند و برای تأمین و اجرای آن[از] هیچ‌گونه فداکاری دریغ ندارند انتظار دارند که به زودی موانع برطرف شود تا با مراجعت حضرت‌عالی به حوزه علمیه قم و با تدبیرات خردمندانه و رهبری‌های ارزنده آن زعیم عالی‌قدر مصالح عالیه اسلام و ایران و حقوق از دست رفته ملت تأمین گردد. ادام الله ظلکم علی رؤوس الانام».
منسجم‌کردن فعالیت‌های سیاسی یاران امام(ره)
در اواخر سال 1344 در جلسه‌ای در منزل آیت‌الله مشکینی تعدادی از مدرسین و فضلای حوزه علمیه قم از جمله آیت‌الله جنتی، تصمیم‌ مهمی در خصوص مبارزه با رژیم پهلوی و دفاع از امام(ره) گرفتند که در روند حرکت انقلابی نیروهای مذهبی اهمیت زیادی دارد:  
«در ساعت 21 روز 23/12/44 علي حجتي كرماني، جنتي اصفهاني، رباني شيرازي، احمد آذري و منتظري اصفهاني در منزل ميرزا علي مشكيني  جلسه‌اي تشكيل داده و تصميماتي به شرح ذيل اتخاذ نموده‌اند.
1- براي مراجعت خميني اعلاميه‌هايي در ايام عيد چاپ در قم و تهران و ساير شهرستان‌‌ها پخش نمايند.
2- مراجعه دسته‌جمعي به منزل روحانيون طراز اول و تقاضا از آنان جهت اخذ تصميمات شديدتري به منظور اعاده خمینی به قم
3- چنانچه این اقدامات موثر واقع نگردید تصمیمات شدیدتری از قبيل تهديد و ارعاب و حتي ترور گرفته شود.»
اهمیت این جلسات به حدی بود که باعث واکنش شدید سپهبد نصیری رئیس ساواک شده و ناصر مقدم مدیرکل اداره سوم، خواستار دستگیری«موزعين هر نوع اعلاميه و تراكت مضره» شد. به این ترتیب در دوم فروردین ماه 1345 «آیت‌الله عبدالرحیم شیرازی»،«آیت‌الله احمد آذری قمی» و «آیت‌الله حسینعلی منتظری» دستگیر شدند. آیت‌الله جنتی به همراه روحانیون و جامعه مدرسین حوزه‌ علميه قم‌ خطاب به‌ مراجع‌ عظام‌ عراق‌ و ايران‌ به این اقدام رژیم اعتراض کردند.
«ما مدرسين‌ و محصلين‌ حوزه علميه قم‌ از پيشگاه‌ مبارك‌ تقاضا داريم‌ كه‌ دستور فرماييد: اولاً مراتب‌ تأثر و تنفر عموم‌ روحانيت‌ ايران‌ به‌ جهت‌ دستگيري‌ اساتيد بزرگ‌ حوزه علميه قم‌ به‌ مقامات‌ مسؤول‌ ابلاغ‌ گردد.
ثانياً پس‌ از استيضاح‌ مقامات‌ مربوطه‌ راجع‌ به‌ اين‌ عمل‌ غير قانوني‌ و بيشرمانه رفع‌ مزاحمت‌ از اساتيد عظيم‌الشأن‌ حوزه علميه قم‌ و ساير بازداشت‌ شدگان‌ بيگناه‌ خواسته‌ شود. ثالثاً به‌ مقامات‌ مسؤول‌ كشور تذكر داده‌ شود آنها كه‌ به‌ چنين‌ اقدامات‌ گستاخانه‌اي‌ دست‌ مي‌زنند، دانسته‌ يا ندانسته‌، مقدمات‌ يك‌ انفجار عميق‌ را در حوزه علميه قم‌ و ساير نقاط‌ كشور فراهم‌ مي‌نمايند.»
در تاریخ 30/1/1345 آیت‌الله جنتی نیز توسط ساواک قم دستگیر شد. پس از بازرسی و تفتیش منزل و کشف تعدادی اعلامیه و کتاب حضرت امام (ره)، ایشان را در ساواک قم به عنوان «يكي از محركين و طرفداران خميني» مورد بازجویی قرار داده و سپس به تهران منتقل و در زندان قزل قلعه به اتهام «اقدام علیه امنیت داخلی مملکت و همکاری و هماهنگی با جناح‌های افراطی مذهبی و همچنین ضبط و پخش اعلامیه و نشریه‌های مضره» بازداشت کردند.
آیت‌الله جنتی پس از 77 روز بازداشت در تاریخ 14/4/1345 آزاد شد. استقبال مردم از ایشان و دیگر روحانیون آزاد شده در اسناد ساواک انعکاس یافته است:
«طبق اطلاع چهار نفر از متهمين زنداني به اسامي: شيخ علي اصغر مرواريد   2- شيخ حسین نوري 3- جنتي و فهیم كرماني در سه‌شنبه 14/4/45 بدون اطلاع اين ساواك از زندان آزاد و به شهر قم مراجعت، ورود آنان مصادف با ميلاد حضرت رسول بوده و عموماً بالاخص شیخ علي اصغر مرواريد در منزل جمعيت زيادي به ديدن وي رفته‌اند.»
پس از آزادی آیت‌الله جنتی، مقدم مدیرکل اداره سوم ساواک از ساواک قم خواستار کنترل ایشان شد:
«دستور فرماييد كماكان اعمال و رفتار مشاراليه وسيله منابع مربوطه تحت كنترل قرار گيرد.»